Эта перемена в отношении стала явной и преобладающей, хотя и не была всеобщей, начиная со второй половины XVI в. Это было в основном следствием того, что главным экспортным товаром страны вместо красного дерева стал сахар, и потому потребовалась дисциплинированная (или рабская) рабочая сила. На протяжении первых трех десятилетий этого периода все контакты с Бразилией ограничивались кратковременным посещением ее торговцами и моряками, которые приплывали выменивать железные инструменты и европейские дешевые безделушки и украшения на бразильскую древесину, попугаев, обезьян и пропитание, необходимое для самих португальцев на время их пребывания. Эта деятельность не предполагала строительства постоянных поселений; только беглецы и изгнанники приживались на новых местах и становились членами индейских племен.
Эта основанная на бартере экономика вела к установлению в целом дружественных отношений, несмотря на неизбежное взаимонепонимание в некоторых вопросах и случавшиеся стычки. Более того, французские моряки и купцы из Нормандии и ее столицы Руана также часто посещали побережье Бразилии с целью приобретения красного дерева, их бартерная торговля велась иногда даже с большим размахом, чем португальская. Вначале американские индейцы не делали различия между двумя соперничавшими европейскими странами. Но к 1530 г. они научились это делать. Старое межплеменное соперничество еще более обострилось: тупинамба в основном поддерживали французов, племя тупиникин – португальцев.
Растущая французская угроза в этом районе Южной Америки, который был предназначен Португалии согласно Тор-десильясскому договору (1494), естественно побудила короля Жуана III основательно взяться за колонизацию Бразилии. Согласно принятому им в 1534 г. плану, участок побережья между местом впадения в океан Амазонки и Сан-Висенти был разделен на 12 капитаний (порт, capitania — административно-территориальная единица), протягивавшихся с севера на юг на расстояние от 40 до 100 лиг и на неопределенное расстояние внутрь континента. Четыре северные капитании, расположенные между Параиба-ду-Норти и Амазонкой, не были заселены в XVI в., хотя землевладельцы, которые их получили (donatarios), безуспешно пытались добиться этого. Из оставшихся восьми только Пернамбуку на северо-востоке и Сан-Висенти на крайнем юге смогли преодолеть трудности начального периода освоения, и они стали относительно важными центрами экономического роста с достаточным населением. Другие или были оставлены в результате нападений индейцев, или пребывали в полной заброшенности, имея небольшие группы поселенцев на отдельных участках побережья, где они смогли как-то «зацепиться». Следующий шаг был предпринят королем в 1549 г., когда новый генерал-губернатор был направлен для создания капитании в Баии, занимавшей центральное положение среди всех капитаний. Она перешла под прямое управление представителя короля. Его сопровождали иезуиты-миссионеры, имевшие задачу обращения в христианство американских индейцев и призванные наряду с этим заботиться об образовании и нравственности колонистов, многие из которых были ссыльными. Французы, которые тем временем обосновались в Рио-де-Жанейро, были изгнаны из «Южной Франции», как они претенциозно называли его, в 1565 г. Прибрежные районы Бразилии были с тех пор под португальским контролем. Единственным местом, где поселенцы проникли вглубь страны, была Пиратининга, самый южный район Сан-Паулу.
Ссыльные, которые были пожалованы землей в 1534 г., и их наследники не были ни знатными дворянами, ни зажиточными купцами, но представителями мелкопоместного и нетитулованного дворянства. Они не имели, в большинстве своем, капитала и достаточных средств для освоения земель, несмотря на все правовые и налоговые привилегии, дарованные монаршей властью. Эти привилегии предусматривали также право основывать небольшие поселения и предоставлять им права самоуправления, право смертной казни раба, язычника и представителей низшего класса христианского вероисповедания, право сбора на местном уровне налогов, за исключением налога на ряд товаров (в том числе красного дерева), бывших монополией государства, и право на строительство сахарных заводов, а также сбора десятины на ряд производимых продуктов, таких как сахар, и с вылова рыбы. Система дарений (donatario), представлявшая собой смешение феодальных и капиталистических отношений, прежде находила удачное применение в деле развития Азорских островов и Мадейры и менее успешно действовала на островах Зеленого Мыса и в течение краткого времени в Анголе (1575).
Были ли они в итоге успешными или нет, учреждение этих капитаний и образование центральной государственной власти в Баии привлекло тысячи поселенцев из Португалии, осевших на бразильском побережье. Это было значительным изменением в случайных до этого связях португальцев с американскими индейцами. Пионеры-поселенцы в первое время сильно зависели от бартерной торговли с местными жителями. Их снабжали продуктами питания и давали возможность получить работу случайные торговцы и лесорубы, занимавшиеся заготовкой древесины. Но когда поселенцы начали выращивать различные продовольственные культуры (в основном маниок) на расчищенных от леса участках и закладывать сахарные плантации, как они это делали в Пернамбуку и Баии, они столкнулись с нехваткой рабочих рук. Аборигены были готовы работать временно за орудия труда и различные дешевые украшения, но не имели ни малейшего желания заниматься постоянным каторжным трудом на ферме, в поле и на плантации.
С другой стороны, португальцы, эмигрировавшие в Бразилию, хотя и были прирожденными крестьянами, не собирались заниматься ручным трудом в этой новой, согласно их представлениям, «земле обетованной», если бы представилась возможность избежать этого. Все это неизбежно привело к тому, что поселенцы постарались использовать индейцев в качестве рабов. Те становились рабами после того, как их «выкупали», или попадали в плен в результате частых межплеменных войн, или их просто захватывали во время нападений на те индейские деревни, которые считались недружественными в отношении к поселенцам. Обращать индейцев в рабство категорически запрещал королевский указ 1570 г., за исключением тех случаев, когда они становились пленными во время «справедливой войны» или принадлежали к племенам каннибалов. Этот указ не был воспринят серьезно большинством поселенцев; к тому же различные другие факторы повлияли на сокращение количества работников на плантациях. Многие племенные группы были уничтожены вследствие войн и распространения различных болезней, принесенных европейцами, например оспы; плантационное рабство также вело к высокой смертности среди рабов. Таким образом, поселенцы были вынуждены искать какой-то выход из сложившегося положения, другие источники пополнения рабочей силы во второй половине XVI в.
Этот источник был найден в дальнейшем росте торговли черными рабами из Западной Африки. Труд этих рабов уже интенсивно использовался на островах Зеленого Мыса и в меньшей степени на Мадейре и в южных районах самой Португалии. Большие партии рабов в середине XVI в. отправляли на Антильские острова и в Испанскую империю в Новом
Свете. Но наиболее удачно и эффективно рабский труд негров использовали на островах Сан-Томе и Принсипи в Гвинейском заливе. Эти острова, когда их открыли португальцы в 1470 г., были безлюдны; и здесь сложилось смешанное население, представленное белыми поселенцами из Португалии (включая детей евреев, депортированных в 90-х гг. XV в.) и неграми-рабами из самых различных племен, привезенных с материка, многие из которых впоследствии обрели свободу. Почвы и климат Сан-Томе оказались очень благоприятными для выращивания сахарного тростника, и на острове в XVI в. произошел настоящий экономический подъем, продолжавшийся на протяжении всего столетия, в связи с резким увеличением спроса на сахар в Европе. Процветавшее на островах производство сахара увеличилось с 5 тысяч арроб в 1530 г. до 150 тысяч арроб в 1550 г. Именно пример Сан-Томе привел к решению перенести производство сахара вместе с неграми-рабами также и в Бразилию.