Отстранение Помбала от власти приветствовалось с неподдельным чувством облегчения большинством португальцев, за исключением торговцев-монополистов и крупных предпринимателей, которые получали прибыль за счет государственных компаний и других начинаний маркиза. Клерикальная реакция, неизбежно последовавшая вслед за восхождением на трон глубоко набожной королевы Марии I, не повлекла за собой полного пересмотра политики Помбала новым правительством, хотя современники называли это «переворотом» (Viradeira). Многие из ближайших соратников и сторонников опального диктатора были отправлены в отставку, но некоторые из наиболее известных были оставлены на своих постах, включая министра по делам колоний Мартинью де Мелу-и-Каштру. Один из его влиятельных чиновников Инасиу де Пина-Манике был назначен генерал-интендантом полиции. Старший сын Помбала, граф Оэйраш, был оставлен в своей должности председателя муниципального совета Лиссабона. Королева сразу же освободила всех политических заключенных, исполняя последнюю волю отца, но отказалась восстановить права иезуитов (хотя некоторым из них она назначила пенсию). Пересмотр в судах дел тех, кто был обвинен в заговоре против короля в 1758–1759 гг., привел к реабилитации многих из них, некоторые оправданы не были. Совесть королевы настолько тяготило это дело, что, несомненно, оно было основной причиной часто повторявшихся приступов меланхолии и психической неуравновешенности, которые доставляли ей немалые страдания и впоследствии в 1792 г. привели к неизлечимому сумасшествию.
Начавшееся возрождение некоторых отраслей и торговли в Португалии и Бразилии в последние годы диктатуры Помбала продолжилось в первые годы нового царствования, в основном благодаря нейтралитету Португалии в войне 1776–1783 гг., в которую были вовлечены Великобритания, ее североамериканские колонии, Франция, Испания и Нидерланды. Проводя политику ничем не ограниченного регализма, Помбал склонил короля Жозе подписать в июле 1776 г. указ, закрывающий все португальские порты для кораблей из Северной Америки и предписывающий относиться к ним как к пиратским судам. «Потому что такой пагубный пример, ими подаваемый, побудит всех незаинтересованных правителей отказать в помощи и покровительстве, прямо или опосредованно, отдельным вассалам, которые открыто восстали против своего законного суверена». Правительство королевы действовало более благоразумно. Несмотря на то что оно не приняло во внимание письмо Бенджамина Франклина от 16 июля 1777 г., который просил отменить вышеупомянутый указ, оно продолжало следовать выгодной ему политике нейтралитета, пока официально не признало США в феврале 1783 г.
Правительство королевы продолжило традиционную колониальную политику Помбала, стремясь поднять продуктивность сельского хозяйства и увеличить экспорт сахара, риса, хлопка и какао из Бразилии, в то же самое время запрещая производить там товары, например текстиль, которые могли конкурировать с промышленными товарами, экспортируемыми из Португалии, хотя не все они были португальскими. Это объяснялось тем, что монархия получала значительную часть своих доходов от пошлин на подобные товары. В 1756 г. английское министерство торговли подсчитало, что из 100 фунтов стоимости каждой партии британских товаров, поставляемых в Бразилию, 68 фунтов выплачивалось в виде налогов Португалии. Поэтому королевский указ 1785 г. запретил производство всех текстильных товаров в колонии, за исключением грубой хлопковой материи, шедшей на одежду для рабов и пошив мешков. С другой стороны, правительство поощряло производство риса, например освободив от уплаты таможенной пошлины выращенный в Бразилии рис в период с 1761 по 1804 г. По инициативе наместника короля маркиза Лаврадиу в капитании Рио-де-Жанейро успешно шло разведение индиго. К концу столетия существовало 206 производств для получения индиго на плантациях в районе Кабу-Фриу; в 1796 г. они дали 5 тысяч арроб ценного красителя. Этот явно многообещающий проект закончился ничем, так как британская Ост-Индская компания после потери американских колоний вложила большие капиталы в производство индиго в Индии. Бразильское индиго, которое было худшего качества, уступило в конкуренции индийскому и было вскоре вытеснено с мирового рынка.
Отсталость сельскохозяйственной технологии в Бразилии была основной причиной, почему наиболее важные экспортные культуры страны не могли (как правило) противостоять своим конкурентам. За исключением, пожалуй, краткого периода нейтралитета Португалии в войне британских колоний в Северной Америке за независимость и крушения сахаропроизводящих французских колоний в Вест-Индии во время революционных и Наполеоновских войн. В 1788 г. Ямайка экспортировала больше сахара, рома и тростниковой мелассы, чем все капитании Бразилии, вместе взятые. Кайу Праду указывал, что тростниковые выжимки вначале использовались в качестве топлива при производстве сахара на бразильских плантациях в 1809 г. В то время как эти выжимки уже использовали таким образом за полвека до того в Британской, Французской и Голландской Вест-Индиях. В 1792 г. Э. Уитни изобрел хлопкоочистительную машину, и ее начали широко использовать в районах производства хлопка в Соединенных Штатах. В Бразилии ее не видели и 25 лет спустя.
Это безразличие к современным технологиям объяснялось инертностью и консерватизмом бразильских плантаторов. В самой Португалии в последней четверти XVIII и в начале XIX в. росла заинтересованность образованных людей экономическими, аграрными и социальными проблемами страны. Королевская Академия наук, основанная в Лиссабоне в 1779 г., ставила для себя, среди прочего, задачу «распространения национального образования, совершенствования наук и искусств и роста народной промышленности» в Португалии и империи. Ее научные труды, опубликованные в 1790–1812 гг., обращали особое внимание на сельскохозяйственные и экономические проблемы, но большинство авторов не осознали важность для страны промышленного прогресса в Британии и Франции и были сосредоточены прежде всего на недостатках сельского хозяйства в Португалии и Бразилии. Кроме этих научных работ принц-регент (впоследствии король Жуан VI) способствовал публикации 10-томного труда бразильского монаха-францисканца Ж.М. де Консейсана Велозу «Землевладелец Бразилии» (О Fazendeiro do Brazil). Его с полным основанием можно назвать учебником тропического земледелия, в который вошли в основном переводы лучших английских и французских работ того времени. К сожалению, его книгу в Бразилии проигнорировали, в частности, и из-за того, что Велозу в 1798 г. выступал за использование жмыха в качестве топлива.
Труды французских физиократов и энциклопедистов вдохновляли как образованных португальцев, стремившихся воплотить в жизнь административные, аграрные и образовательные реформы, так и образованных бразильцев, которые, усвоив политические и социальные идеи энциклопедистов, вывели колонию на дорогу к независимости. Труды просветителей были запрещены в Португалии и по всей империи даже и после реформы образования Помбала. Но значительное число зажиточных бразильцев посылали теперь своих сыновей учиться в Европу, и не только в Университет Коимбры, но и в Монпелье и другие учебные заведения Франции. Эти молодые люди возвращались в Бразилию с новыми европейскими идеями, рожденными Войной за независимость в Северной Америке, бурным развитием Промышленной революции, распространением масонства и в атмосфере ожидания грядущей Французской революции. Эти идеи могли получить отклик только в среде высокообразованных соотечественников, и они не предусматривали разрыва с Португалией, хотя получение независимости Соединенными Штатами подтолкнули бразильцев к мысли о подобном шаге. Все больше распространялось недовольство португальским правлением, но причины этого были различны в зависимости от области страны.
