Негодование по поводу давящего бремени колониальных налогов было всеобщим. Особенно отрицательным было отношение к уплате одной пятой части всех доходов королю и церковной десятины, взыскание налогов с подрядчиков королевских монополий. Все эти налоги были достаточно высокими в штате Минас-Жерайс, и власти не сделали ничего, чтобы упорядочить их, когда произошло резкое снижение добычи золота. Коррупция и неэффективность колониальной бюрократии, чей труд был низкооплачиваемым, усугублялись постоянной необходимостью обращаться по многим вопросам к министрам в далекий Лиссабон, которые были непревзойденными мастерами затягивать решение дела. Монархи из династии Браганса рассматривали Бразилию как свою «дойную корову», что было сказано первым ее представителем; и во многих местах подобный очевидный факт вызывал растущее недовольство. Население континентальной Португалии к концу XVIII в. достигло, вероятно, 3 миллионов человек, а Бразилии – около 2,5 миллиона человек. Но одна треть последних были негры-рабы, а большая часть оставшихся были, как их называли колониальные чиновники, «люмпен-пролетарии» (infima plebe). Во многих областях Бразилии росла напряженность во взаимоотношениях коренных бразильцев – плантаторов, священников, чиновников и армейских офицеров – с уроженцами Европы купцами и торговцами, которые часто были монополистами и оптовиками во всех отраслях колониальной торговли, а также теми, кто был назначен на высокие посты в церкви и государстве через голову бразильцев. Напряженность в отношениях между этими двумя группами не следует, как часто бывает, преувеличивать. Заключалось много смешанных браков, и многие португальцы-европейцы (Reinois) участвовали в неудавшихся заговорах и мятежах еще до получения Бразилией независимости, да и после этого события.
Одно из первых и наиболее известных движений за отделение Бразилии или по крайней мере части ее от Португалии и учреждение республики получило название Инконфиденсия Минейра и имело место в 1789 г. в Минас-Жерайсе. Движение, плохо организованное, так и не успело выйти за рамки всеобщей дискуссии преисполненных смутных надежд заговорщиков, когда предатель выдал их властям. Главари движения, среди которых были как бразильцы, так и европейцы, были арестованы и преданы суду. В итоге из осужденных на смерть 11 человек был казнен только один заговорщик, остальные отправлены в ссылку в Африку или получили разные сроки тюремного заключения. Так случилось, что милосердие, проявленное монархом в этом случае, резко контрастировало с жестоким подавлением подобного движения в Гоа двумя годами ранее. Заговор, целью которого было изгнать португальцев и объявить Гоа республикой, был еще на стадии подготовки, когда был раскрыт из-за предательства одного из его участников. Во главе заговора стояли некоторые священники Гоа, которые побывали во Франции и вернулись, вдохновленные идеями Просвещения. Пятнадцать жителей Гоа, как гражданских лиц, так и военных, были варварским образом казнены; и, хотя сан спас виновных священников, некоторые из них были брошены умирать в тюрьму в Лиссабоне, даже не представ перед судом. Трудно поверить, что различное отношение к заговорщикам объяснялось чисто расовыми предрассудками, потому что в Бразилии все инконфиденты были белыми, а в Гоа все жертвы были цветными.
Недостаточно хорошо подготовленный республиканский заговор, вдохновленный успехом Французской революции, был раскрыт в Баии в 1798 г.; участники этого движения были цветные из низшего класса и негры-рабы. Его подавили, казнив четырех зачинщиков. Более серьезным был республиканский мятеж в Ресифи в 1817 г. Он быстро распространился в окрестных районах; его поддержали священники, чиновники, солдаты и плантаторы. Спустя два месяца он был подавлен португальскими войсками, посланными из Баии, но казнь восьми вожаков и аресты многих его участников только усилили нелюбовь местных уроженцев к прирожденным португальцам; их неприятие здесь было более глубоким, чем в других областях Бразилии.
В 1807 г. в Португалию вторглись французские войска – после того, как принц-регент, преодолев свою нерешительность, все-таки отказал Наполеону в требовании к его стране присоединиться к континентальной блокаде Великобритании. Королевская семья была вынуждена бежать в Бразилию, где в Рио-де-Жанейро королевский двор пребывал до 1821 г. Сразу же по прибытии в Бразилию принц-регент под давлением англичан принял декрет об открытии всех бразильских портов для торговли с дружественными государствами. В действительности это касалось, прежде всего, англичан – вплоть до окончания Наполеоновских войн. В 1815 г. Бразилия была провозглашена королевством, а в следующем году дон Жуан стал королем Португалии и Бразилии после смерти безумной престарелой королевы-матери. Он не захотел возвращаться в Европу, хотя война на полуострове уже закончилась. Однако, когда в 1820 г. конституционный переворот в Португалии привел к формированию в Лиссабоне либерального представительного правительства, он был вынужден год спустя вернуться в столицу. Когда король Жуан VI наконец покинул Рио, у него было явное предчувствие, что Бразилии еще недолго оставаться единым целом с Португалией. Он сказал своему старшему сыну, остававшемуся регентом в Рио-де-Жанейро: «Педру, если Бразилия пойдет своим собственным путем, пусть это произойдет при тебе, сохранившем ко мне уважение, чем в правление различных авантюристов».
Назревшее отделение ускоряли безрассудные действия депутатов либеральных Конституционных кортесов, собравшихся в Лиссабоне в 1820–1821 годы. Вместо того чтобы принять предложения бразильских депутатов, что Португалия и Бразилия должны остаться единым королевством с равными правами обеих его частей, они настаивали на восстановлении полного контроля португальских воинских частей в Бразилии и требовали от дона Педру вернуться в Европу для завершения образования. Это бестактное отношение, естественно, вызвало глубокое возмущение в Бразилии, особенно в Рио, Сан-Паулу, Минас-Жерайсе и Пернамбуку. Многие известные бразильцы, во главе которых встал Жозе Бонифасиу ди Андрада-и-Силва, которого называли «Патриархом независимости», призвали дона Педру не оставлять страну. Командование португальского гарнизона в Рио угрожало насильно заставить его уехать, но вскоре военные капитулировали перед местным ополчением. События торопили его действовать, и, вспомнив, может быть, совет своего отца, дон Педру решил сделать то, что можно выразить одной фразой: «Если ты не можешь одолеть их, присоединись к ним». 7 сентября 1822 г. он театрально заявил: «Время пришло! Независимость или смерть! Мы отделились от Португалии». Декларация независимости не во всех частях Бразилии была встречена с энтузиазмом. Южные области и Пернамбуку в целом ее поддержали, но в Баии был сильный португальский гарнизон. Португальцы были незадолго до этого выбиты из Мараньяна и Пара силами морской экспедиции, возглавляемой британским авантюристом лордом Т. Кокрейном. К концу 1823 г. последние португальские войска покинули землю Бразилии, и во всей стране установилась власть императора Педру I. Отчасти в результате вмешательства британской дипломатии (или шантажа, как некоторые это называют) правительство Португалии все же признало в 1825 г. независимость Бразилии.
Потеря Бразилии пришлась на трудное для Португалии время, когда страна еще не восстановилась после катастрофических военных разрушений, вызванных тремя французскими вторжениями во время Наполеоновских войн. Открытие бразильских портов для английских купцов в 1808 г. было тяжелым ударом для португальской торговли с Бразилией. Только зарождавшаяся промышленность Португалии, у которой, как казалось в конце XVIII столетия, было многообещающее будущее, начала рушиться, столкнувшись с английской промышленной конкуренцией. Причиной этого была, по словам экономиста того времени Жозе Акурсиу даш Невеша, «магическая сила паровой машины, которая революционизировала механическое производство в течение последних нескольких лет и дала возможность англичанам производить настолько дешевые промышленные товары, что никто не мог соревноваться с ними в этом». В 1810 г. даш Невеш мрачно пророчествовал, что продукция все еще работавшей промышленности Португалии не сможет больше конкурировать с английским текстилем и другими промышленными товарами массового производства. Десять лет спустя он с грустью замечал: «Потеряв эксклюзивный рынок для нашей промышленной продукции, который был в основном бразильским, и не имея возможности, даже в Португалии, противостоять конкуренции со стороны иностранных промышленных товаров, мы наблюдаем, как исчезают наши мастерские теперь, после того как наше сельское хозяйство пришло в упадок в районах, затронутых войной, и у нас нет времени на передышку, которая дала бы нам возможность подготовиться к таким большим переменам».