В Индокитае и Сиаме (Таиланде) миссионеры португальского патроната также вели упорную, но обреченную на поражение борьбу против посягательств апостолических викариев и миссионеров посланцев «короля-солнца» (Людовика XIV) Франции, которые считали себя значительно лучше подготовленными и образованными, чем миссионеры «короля-бакалейщика» Португалии. Постоянные споры по поводу церковной юрисдикции между двумя сторонами были разрешены в пользу вновь прибывших в послании папы Климента X в 1673 г., направленном архиепископу Гоа, который на практике выводил из-под юрисдикции патроната все территории, которые в то время не находились под управлением королевской администрации (extra dominium temporale regni Portugalliae). Португальские миссионеры из Макао, которые основали процветающие миссии в Тонкине и Кохинхине (Северный и Южный Вьетнам), продержались до 1696 г. Позже к ним присоединились испанцы (из Манилы) и итальянцы. Но первыми здесь были французы во главе с монахом-иезуитом по имени Александр де Род, который сыграл большую роль в пропаганде христианства во Вьетнаме и адаптации его к культуре и обычаям местного общества. Это было нечто подобное тому, чем занимался Маттео Риччи в Китае. За два века миссионерам удалось сформировать местное священство и создать христианскую общину, которая в некоторой степени была наиболее сильной и влиятельной в Азии. Последствия этого, не всегда положительные, прослеживаются вплоть до наших дней.
Когда португальские власти и священники в 1656–1658 гг. были изгнаны с Цейлона, голландцы начали преследовать новообращенных католиков во внутренних равнинных и приморских областях острова. Католические общины были спасены от грозившего им уничтожения благодаря усилиям, которые приложил для этого ораторианец Жозе Ваш из миссии в Гоа, прибывший на Цейлон в 1687 г. и умерший там в 1711 г. Обосновавшись во внутренних горных районах буддистского государства Канди, он и его последователи стали духовными наставниками и возглавили сопротивление местных жителей господству кальвинистов, своих основных гонителей. Будучи по происхождению индийскими браминами, они могли, переодевшись, относительно свободно перемещаться по острову и смогли восстановить связи между католиками Цейлона и их единоверцами на континенте. Движение по возрождению буддизма в Канди во второй половине XVIII в. вынудило местных правителей менее терпимо относиться к католическим миссионерам в их среде, но к тому времени ораторианцы из Гоа уже укрепились в прибрежных провинциях и могли обойтись без столицы Канди в качестве своей базы. Кальвинистская церковь на Цейлоне уже не была больше церковью для прозелитов (неизвестно, насколько таковой она являлась), и местные голландские чиновники не стремились строго выполнять законы, направленные против католицизма. Когда англичане пришли на смену голландцам на Цейлоне в конце XVIII в., они обнаружили действующую католическую общину. Несмотря на то что она не была столь многочисленной, как на пике португальского владычества, когда насчитывалось около 75 тысяч христиан только в тамильском государстве Джафна, на всем острове встречались истинно верующие, чья вера была жива благодаря самоотверженным трудам ораторианцев из Гоа. В 1717 г. Совет по делам заморских территорий сообщал монарху: «Эти миссионеры достигли таких замечательных успехов, что только они и священники компании могут считаться истинными миссионерами в деле обращения в истинную веру жителей Азии».
Церковные власти патроната, управлявшие диоцезом Мелиапур (Маилапур), образованным в 1606 г., в который входил прибрежный район Индии, Бенгалия и Пегу, просуществовали до 1776 г. В этом году французские власти в Пондишери отменили право юрисдикции португальского патроната на французские территории в Индии, и Рим признал это fait accompli (свершившимся фактом). Но Калькутта и Мадрас продолжали оставаться под властью патроната вплоть до 1834 г. Район Мадурай на крайнем юго-восточном окончании полуострова Индостан частично был обращен в христианство миссионерами-иезуитами, которых вдохновлял итальянец Роберто де Нобили (ум. 1656). Он терпимо относился к кастовому устройству индийского общества, намереваясь привлечь к истинной вере представителей высших каст. «Малабарские обряды», как их стали называть, неизбежно попали под подозрение как неортодоксальные, подобно китайским обрядам, и после ожесточенных споров (нашедших отражение в европейской литературе) папа Бенедикт XIV осудил их в 1744 г.
Тем временем португальский патронат столкнулся с серьезными проблемами, когда Бомбей оккупировали англичане и португальских священников заподозрили в нелояльности. В мае 1720 г. Ост-Индская компания изгнала этих священников из Бомбея, и им на смену в апостольское викариатство в Дели пришли итальянцы-кармелиты. Португальские власти в Лиссабоне и Гоа постоянно и настойчиво протестовали против явного нарушения прав патроната. Но только спустя почти 70 лет Ост-Индская компания решила пойти навстречу этим требованиям, поскольку у португальцев уже не было больше возможностей повторно овладеть «Провинцией Севера» маратхов. В мае 1789 г. Бомбей вновь перешел в юрисдикцию архиепископа Гоа, но многие местные католики встали на сторону низложенных итальянских кармелитов и вступили в конфликт с католиками – приверженцами португальского патроната, и об этом вскоре стало известно в Лиссабоне, Лондоне и Риме. После длительных сомнений и раздумий Ост-Индская компания наконец-то решила проблему, по крайней мере на время, приняв соломоново решение, передав два прихода патронату и два – апостолическим викариям.
В XVII и XVIII вв. миссиям патроната в Восточной Африке, казалось, ничто не угрожало, за исключением Абиссинии (Эфиопии), откуда иезуиты были изгнаны (или умерли мучениками) в 1632–1638 гг. С этого времени страна закрыла свои границы для европейцев, как это произошло и в Японии при сёгунах Токугава. На другой стороне Африканского континента короли-христиане старого королевства Конго, где прежде действовала образцовая португальская миссия, в XVII в. настойчиво стали просить папский престол передать их в церковную юрисдикцию непосредственно Рима, выведя их из португальского патроната. Они не были в этом успешны. Власть епископа Луанды (именно сюда в 1676 г. официально была переведена кафедра Сан-Салвадор в Конго), который на расстоянии осуществлял свое управление, полностью прекратила в тот период свое существование вследствие полнейшей анархии, в которую вновь погрузилось королевство банту. Итальянские капуцины, направленные Конгрегацией пропаганды веры для служения в Конго и Анголе, принесли клятву верности патронату в 1649 г. По всеобщему мнению, они были наиболее успешными в своей деятельности на протяжении более века. Но их смертность от тропической лихорадки была невероятно высока. К 1800 г. только двое из них остались в живых, и их столь длительное время процветавшая миссия практически закончила свое существование. Все хорошее, чего они достигли, осталось в наследство тем, ради кого они трудились. Путешественники, посещавшие Африку в середине XIX в., стали свидетелями «любви и преклонения перед этими людьми со стороны всего негритянского населения, сохранившего о них благодарную память». Конгрегация пропаганды веры с 1648 г. по 1730 г. отправляла также испанских и итальянских капуцинов для создания миссий в Бенине, Варри и в Нижней Гвинее (современная Нигерия), вначале просто игнорируя заявления португальского патроната, но затем делая это в сотрудничестве и с согласия португальской монархии. Успех миссий был недолгим, причиной чего отчасти была высокая смертность среди миссионеров, а отчасти и их неумение и даже нежелание глубже познакомиться с религиозными воззрениями тех, кого они собирались обратить в христианство.
