Семинария Святой веры, таким образом, была многонациональным учебным учреждением в самом прямом смысле слова; и в таком качестве она была уникальной. Неизбежно среди португальцев в Индии вначале были самые разные мнения о характере и возможностях местных учащихся. Даже некоторые иезуитские миссионеры были настроены скептически в отношении всего эксперимента. Эти критики разделяли широко распространенное мнение, которое нашло потом отражение в афоризме, приписываемом Хилеру Беллоку: «Вера – это Европа, и Европа – это вера». Один из первых ректоров отец Антониу Гомиш утверждал: «Народ этой страны слаб в вере, и без португальских священников мы ничего не достигнем. Португальские миряне не пойдут на исповедь к индийскому священнику или метису, но только к чистокровному португальцу». Св. Франциск Ксаверий, который поддержал и реорганизовал семинарию и иезуитскую Коллегию Св. Павла, не поддерживал идеи, что индийские отпускники должны быть приняты в Общество Иисуса. Он и его последователи надеялись, что индийцы станут хорошими катехизаторами и помощниками приходских священников, которые набирались в основном из среды европейского монашества. Отдельные первые индийские священники, которые были рукоположены францисканцами до прибытия иезуитов, не оправдали возложенных на них надежд. Некоторые из учащихся в Коллегии Св. Павла не смогли окончить курса, поскольку на старших отделениях обучение шло только на латинском языке. Это разочарование в результатах своей деятельности, неудачи которой были неизбежны для первого и второго поколения христиан, наряду с презрительным отношением верующих португальцев к священникам-индийцам и метисам, привело к ужесточению политики всех религиозных орденов, работавших в сфере патроната в восточных странах. Некий иезуит, побывавший с официальным визитом в Гоа, писал генералу Общества Иисуса в Рим в декабре 1568 г.:
«Приобретенный нами опыт привел нас к мысли, что ныне неподходящий момент принимать местных уроженцев в Общество, даже если они и метисы. Настоятели монашеских орденов также пришли к такому же заключению. Со своей стороны я считаю, что если они хорошо обучены и тверды в вере, то некоторые из них вполне могут помочь нам вести службу; и со временем они могут стать вровень с нами, и потому не следует закрывать двери перед любой нацией, ведь Христос, наш Господь, умер за всех нас».
Несмотря на предложение иезуита, только один индиец был рукоположен в священники в Обществе Иисуса до того, как оно было упразднено в 1773 г. Это произошло в 1575 г., и это был индиец из варны браминов, ставший христианином, по имени Перу Луиш. Несмотря на то что он оказался замечательным священником и незадолго до смерти в 1596 г. настоятельно просил о принятии в общество своих соотечественников, четвертый генерал иезуитов Эверард Меркуриан решительно закрыл дверь перед уроженцами Азии и метисами в 1579 г. По рекомендации Алессандро Валиньяно, великого реорганизатора иезуитских миссий в Азии между 1574 и 1606 гг., вскоре было сделано исключение в пользу японца по национальности для посвящения в священники. А затем позволение было дано китайцам, индокитайцам и корейцам. Но Валиньяно был настроен решительно против принятия индийцев в общество и с недоверием относился к метисам: «…потому что смуглолицые представители этой расы очень глупы и порочны и пребывают в плену самых низменных чувств; и португальцы относятся к ним с величайшим презрением, и даже среди населения страны к ним относятся с меньшим уважением, чем к португальцам. Что же касается метисов, то мы можем принять только некоторых, а то и вовсе ни одного. Потому что чем больше у последних местной крови, тем больше они напоминают индийцев и тем меньше их уважают португальцы».
Те же самые аргументы выдвинул почти столетие спустя другой иезуит падре Нуну да Кунья в Риме. Он заявил, что 160-летний опыт проповеди христианства на Востоке показал, что индийцы пригодны только на то, чтобы быть простыми приходскими священниками. Ни индусы, ни мусульмане не уважали их, в отличие от европейских миссионеров. Индийский клир не снискал того уважения и не обрел того статуса, что давало ему право вести проповедь христианства. Даже когда отцы-ораторианцы в Гоа доказали, что местные уроженцы клирики могут отвечать самым повышенным требованиям, иезуиты продолжали отказывать им в приеме в свое общество, одновременно с похвалой отзываясь о добродетелях отца Жозе Ваша и его соратников.
Раньше или позже, но и другие религиозные ордена, трудившиеся в азиатском отделении патроната, начали следовать примеру иезуитов. Францисканцы, которые в 1589 г. принимали в послушники метисов в Гоа (хотя им и не разрешали это делать их настоятели в Португалии), пятьдесят лет спустя гордились тем фактом, что у них был строгий запрет принимать цветных. В 30-х гг. XVII в. монахами-францисканцами в Гоа, родившимися в Европе, была предпринята решительная попытка помешать креолам (рожденным от белых родителей на Востоке) занимать высшие должности в азиатском филиале ордена. Эта попытка была сорвана креолами, направившими в Рим своего представителя отца Мигела да Purificacao (дословный перевод «очищение»), родившегося неподалеку от Бомбея. Он взял с собой синдика индийца, чтобы показать его святейшеству папе разницу между креолом и индийцем. Отец Мигел удачно завершил свою миссию и получил от папы послание, в котором за монахами, рожденными от белых родителей, подтверждалось право занимать высшие должности в ордене. Однако ему удалось достичь этого результата, только преодолев ожесточенное сопротивление со стороны францисканцев – уроженцев Португалии. Прибывшие из Европы монахи утверждали, что креолы в младенчестве были вскормлены индийскими кормилицами и потому кровь их «заражена» до конца жизни. Отец Мигел опроверг этот аргумент, резко возразив, что многие смуглые португальцы, приехавшие в Индию, были в действительности мулатами и квартеронами, «зараженными» негритянской кровью, «хотя они и уверяют, что сильно загорели во время путешествия».
Что касается доминиканцев, то, несмотря на то что они приняли в свой орден брата верховного вождя, или «императора», племенного союза Мономотапа в Замбези, это было одно из немногих исключений, что подтверждают общее правило. Итальянский аристократ и театинец Антонио Ардицоне Спинола, который лично знал в Гоа этого доминиканского монаха из племени банту, впоследствии вспоминал: «Хотя он и примерный священник, ведущий образцовую жизнь, и ежедневно служит мессу, даже сутана не спасает его от косых взглядов, просто потому, что он чернокожий. Если бы я его не увидел, то не поверил бы этому». Ардицоне Спинола был известным критиком расовой сегрегации в португальской церкви и государстве, о чем он говорил в своих проповедях, произнесенных во время его пребывания в Гоа (1639–1648) и которые он поместил в книге, изданной в 1680 г. за свой счет, после возвращения в Европу. Он обвинил португальцев в Индии в том, что в их представлении люди иных рас (в особенности индийцы и африканцы) по праву занимают более низкое положение в обществе в сравнении с белыми. Он утверждал, что португальские священники и прелаты часто отказывают в причастии цветным новообращенным представителям низшего класса общества и неграм-рабам, хотя подобные им случаи дискриминации отсутствовали в самой Португалии.
«Рабовладелец спросит возмущенно: «Должны мои кафры принимать причастие? Избави бог, чтобы я когда-нибудь разрешил им это!» Его жена говорит то же самое: «Должна моя служанка-негритянка принимать Господа? Боже упаси!» И если вы спросите их, почему бы и нет, то первый ответит: «Они недостойны этого, они отъявленные мошенники». Последняя заметит: «Она ведьма и глубоко порочна»».
