Положение церкви в португальских колониальных владениях было зеркальным отражением дел в стране. Мы уже говорили, что именно иезуиты поддерживали миссионерскую проповедь на более высоком уровне, чем их коллеги из нищенствующих орденов и белого духовенства. Осознававшие свое моральное и интеллектуальное превосходство, тесно связанные esprit de corps (кастовым духом), чем иезуиты гордились, они легко могли оскорбить любого из простых людей своим высокомерным к ним отношением. В 1639 г. некий брат-мирянин, изгнанный из Общества, открыто говорил, что самый последний повар у иезуитов был более толковым теологом, чем любой образованный францисканский монах. В 1605 г. два испанских монаха-доминиканца с Филиппин, прожившие некоторое время в Гоа, на обратном пути в Европу сообщали, что, хотя иезуиты и прибегают к некоторым спорным миссионерским методам, никто не осмеливается на их открытую критику, поскольку сила и влияние иезуитов на португальское правительство опасно велики. «Вице-король полагает, что если иезуиты будут его лучшими друзьями, то ему не нужно будет искать других агентов влияния при дворе Его Величества, а если, неожиданно, они станут его врагами, тогда против него ополчится весь мир». Иезуиты не обращали особого внимания на критику доминиканцев, хотя подобные жалобы можно было услышать и от муниципальных советников и францисканцев в Гоа. «Заостренный кончик гусиного пера иезуита более опасен, чем острие арабского меча», – гласила пословица в Португальской Индии в конце XVII в. Иезуиты часто были исповедниками губернаторов и многих высших чиновников, которые не раз просили совета в мирских делах. Их влияние, несомненно, было велико в любой области деятельности в португальском мире.
Однако оно не шло ни в какое сравнение с влиянием иезуитов в области образования. Они контролировали Училище искусств, которое было подготовительной ступенью при поступлении в Университет Коимбры. В 1555 г. училище имело исключительное право преподавания латыни и философии. Тем самым оно открывало доступ в университет, имевший четыре факультета – богословия, канонического права, гражданского права и медицины. Несколько лет спустя училище иезуитов в Эворе было преобразовано в университет с такими же привилегиями, что и в Коимбре. Только в Эворе не было факультетов гражданского права и медицинского. Эти два университета – в Коимбре и Эворе – оставались двумя высшими учебными заведениями португальского мира до тех пор, пока Помбал не закрыл второй из них и не реорганизовал первый в 1772 г. Университет Коимбры вновь обрел статус единственного португальского университета, пока либеральное республиканское правительство не создало в 1911 г. университеты в Лиссабоне и Порту. Иезуиты и граждане Баии неоднократно обращались с прошением к королю преобразовать местное иезуитское училище в университет, но каждый раз безуспешно, отчасти из-за противодействия иезуитов и университета Коимбры. Это нежелание тратить деньги на образование в колониях говорит не в пользу португальцев, в отличие от испанских монархов, которые поддерживали образование университетов в Новом Свете в XVI в. (Санто-Доминго, 1511; Мехико, 1533; Лима, 1571).
Не говоря уже о привилегированном положении иезуитов в Коимбре и Эворе, они обладали поистине монополией на высшее образование, создав сеть училищ в Португалии и других областях империи – от Мараньяна до Макао. В этих учебных заведениях учились сыновья местных аристократов и незнатного дворянства, а также среднего класса и даже рабочих. Во всех этих училищах преподавание велось на основе иезуитского учебника для педагогов Ratio Studiorum, окончательно доработанного к 1599 г. и существенно не менявшегося до XIX в. Даваемое иезуитами образование, первоначально самое лучшее для своего времени, по словам Фрэнсиса Бэкона, не успевало за быстрым развитием знаний и появлением в XVII в. новых идей. За небольшими исключениями оно стало формалистским и консервативным; обучение при этом по многим предметам шло на латинском языке. Особое внимание уделялось изучению грамматики, диалектики (логики) и риторики. Основными целями было научить учащихся правильно говорить и писать на латинском языке; совершенствовать их способность к схоластической аргументации, не выходя при этом за рамки учения Римско-католической церкви; позволить заниматься литературными опытами, устраивать дебаты, соревнования, театральные представления и пр.
Учителям и учащимся не позволялось иметь свое независимое критическое суждение и выдвигать предложения, не поддерживаемые начальством, запрещалось говорить то, что могло бы дать повод усомниться в философских взглядах и повредить авторитету Аристотеля и Фомы Аквинского. Маколей, по-видимому, не ошибался, когда утверждал, что «иезуиты, как кажется, открыли ту точку в познании, за которой интеллектуальная культура может перейти в эмансипацию интеллекта». Присуждение научных степеней в области гражданского права и медицины оставались исключительной привилегией Университета Коимбры. Когда в этом появлялась необходимость, в иезуитских училищах преподавались начала истории, географии и математики.
Упор на классические исследования иезуитами не отвергался, но их одержимость культивирования латинского языка (меньше их интересовали древнегреческий и древнееврейский) не означала, что они принимали философские системы древних греков и римлян, которые могли противоречить учению Римско-католической церкви, утвержденному на Тридентском соборе. Как заметил наставник молодого короля Себастиана иезуит Мартин Гонсалвиш да Камара, предпочтительнее учить студентов быть «добрыми христианами и католиками, чем хорошими латинистами (mais cristaos е catolicos, ainda que menos latinos)». В течение столетий подобное отношение преобладало, но в любом случае иезуиты выпустили из учебных заведений много образованных людей, которые не перестали быть христианами. В библиотеках при училищах иезуитов в Гоа, Макао и Баии имелись труды Цицерона, Саллюстия, Вергилия, Теренция, Горация и прочих авторов. Такие же библиотеки были в Коимбре, Лиссабоне и Порталегри. Нищенствующие ордена также содержали школы, где давали такое же образование, но они, как правило, были немногочисленны, и руководство их оставляло желать лучшего. Их библиотеки имели меньшие фонды, хотя иностранцы, посетившие монастырь августинцев в Гоа, заметили, что монахи располагают прекрасной библиотекой, которая могла соперничать с таковой иезуитского училища Св. Павла.
Успехи церкви и гражданских властей в деле обучения учащихся в строгом соответствии с догматами католической церкви объяснялись строгой и бдительной цензурой (начиная с 1555 г.) преподаваемого материала. Португальское отделение инквизиции опубликовало свой первый список запрещенных книг в 1547 г. Этот список дополняли новыми названиями при его переиздании, и в 1624 г. появился наиболее полный и исчерпывающий список. Среди запрещенных книг были не только произведения еретиков и вольнодумцев, но также труды таких глубоко верующих католиков, как Жил Висенте, Жуан де Барруш и доминиканский монах Луис де Гранада. Начиная примерно с 1550 г. ни одна книга не могла быть издана в Португалии, не пройдя строжайшую тройную цензуру: Высокого суда, церковного управления диоцезов и инквизиции. Ввоз книг из-за границы тщательно контролировали инспекторы Священной канцелярии, которые встречали все прибывающие корабли. Все книжные магазины и библиотеки также периодически инспектировались. Эта тройная цензура действовала эффективно и бесперебойно на протяжении почти трех столетий, хотя она и начала ослабевать в правление короля Жуана V (1706–1750). Этот «надзор за мыслями» носил более тоталитарный характер, чем в других государствах, таких как Англия и Франция, где цензура не была столь строгой, или как в Северных Нидерландах, где цензура имелась только на уровне провинций и часто была просто фарсом.