В голландском флоте Корнелиус от матроса дослужился до капитана торгового судна. Он обошел на торговых кораблях, что называется, «полсвета», приобретя богатый мореходный опыт. При этом, среди прочего, ему приходилось заниматься даже работорговлей и каперством, что было характерным для многих торговых судов того времени. Кроме того, он участвовал в подъеме затонувших торговых кораблей.
В 1696 г. Корнелиуса пригласили на службу в амстердамское Адмиралтейство, где он получил должность унтер-экипажмейстера. В круг его обязанностей входили снаряжение и надзор за голландскими военными кораблями. Должность была временной, на период войны между Францией и Нидерландами, к тому же хлопотной. В период ее исполнения Корнелиус был и бит подрядчиками, и обвинен чиновниками в мошенничестве. Но главное то, что война (1688–1697 гг.) заканчивалась, и 42-летний моряк мог оказаться безработным.
Тут-то и свела судьба Корнелиуса с русским царем, который постигал тогда в Голландии искусство строительства морских судов. Петр предложил Крюйсу службу в России. После некоторых колебаний Корнелиус принял предложение, подписав соответствующий контракт 9 апреля 1698 г. Колебания были неслучайными. В Европе в то время существовало мнение, что Россия является «форпостом варварства перед европейской цивилизацией».
Однако условия службы были заманчивыми. В контракте отмечалось, что Крюйс, не имевший в Голландии никакого военного или военно-морского чина, принимается на русскую службу в чине вице-адмирала с ежегодным окладом 4000 рублей. Кроме того, ему положено 36 четвертей муки да 72 рубля на содержание денщиков, личный секретарь и личный переводчик с голландского. Здесь же отмечалось, что Крюйсу гарантируется получение прежней должности в амстердамском Адмиралтействе, если он не захочет продлить контракт с русскими властями через три года, а в случае захвата его в неприятельский плен русские власти обязуются его выкупить.
В сентябре Крюйс прибыл в Москву, где царь встретил его со всеми почестями. Началась его русская служба, которая продлилась до самой кончины. Для начала Крюйс составил первые правила морской службы, заимствуя их из уставов голландского и датского флотов. Затем Корнелий Иванович отправился на юг России, где принял участие в строительстве Адмиралтейства в Воронеже, Таганрогского порта и укреплений в Азове. При этом он составил атлас и описание реки Дон, а также карту Азовского моря.
Затем, в 1702 г., Крюйс отправился в Архангельск. Здесь он готовил город к обороне, ходил с Архангельской эскадрой в Белое море до Соловецкого монастыря и селения Нюхчи в Онежском заливе, а осенью отправился на иностранном купеческом судне в Голландию. Здесь он заведовал наймом иностранцев для русского флота и распределением по кораблям, портам и школам посланных с ним русских юношей для обучения их морскому делу и кораблестроительному мастерству. В эту поездку Крюйс принял к себе секретарем 19-летнего Генриха Остермана, ставшего впоследствии российским вице-канцлером, а также завербовал будущего полярного путешественника и российского адмирала Витуса Беринга. В Голландии Корнелий Иванович напечатал свою карту Азовского моря и устья реки Дон, пользуясь которой российские капитаны успешно проводили свои суда через мелководье Дона в Азовское море.
После возвращения в Россию летом 1704 г. Крюйсу было поручено сначала управление, а затем командование Балтийским флотом. Здесь он установил порядок в распределении команд по судам, дал инструкции по снабжению судов и Адмиралтейства всем необходимым, укрепил оборонительные сооружения острова Котлин. В итоге деятельности Корнелия Ивановича флот был приведен в боевую готовность. И вовремя.
В начале июня 1705 г. к Котлину подошел шведский флот под командованием адмирала Анкерштерна в составе 7 линейных кораблей, 6 фрегатов и многих мелких судов. Казалось, что судьба Санкт-Петербурга решена. Шведам достаточно было овладеть островом, свободно пройти в устье Невы и захватить строящийся город, воплотив идею своего короля Карла XII, который однажды сказал: «Пусть брат Петр строит, нам это пригодится». Однако благодаря грамотно организованной Крюйсом обороне малочисленного русского флота и укрепленного им острова враг вынужден был отказаться от амбициозных планов.
Кампания 1706 г. не была для Крюйса примечательной ничем, кроме серьезной ссоры вице-адмирала с шаутбенахтом Боцисом, за что вице-адмирал получил «неудовольствие» российского монарха. Видимо, Петр не зря поручил им одинаковые роли на своей свадьбе, пытаясь наладить контакт между этими непримиримыми морскими начальниками, одинаково ревностно служившими морской славе России.
После царской свадьбы Корнелий Иванович отправится с эскадрой на корабле «Рига» защищать Кронштадт от нападения шведов. 24 июля 1712 г. он упустил три шведских корабля, которые могли быть пленены или потоплены. За это его судили, но не строго. А вот в следующем, 1713 г., во время погони за шведскими судами, его корабли «Рига» и «Выборг» сели на мель, да так, что «Выборг» русские вынуждены были сжечь, чтобы не достался неприятелю. Новый суд с участием государя приговорил Крюйса к смертной казни, которую заменили ссылкой в Казань.
В 1715 г. Крюйса возвратили из ссылки, в 1717 г. назначили вице-президентом Адмиралтейств-коллегии, а по случаю заключения мира со шведами в 1721 г. произвели в адмиралы. Корнелий Иванович до самой смерти, наступившей 3 июля 1727 г., прослужил в Адмиралтейств-коллегии, редко в последние годы приезжая на службу, подписывая бумаги на дому. Российского адмирала похоронили в Амстердаме, а его вдова пожизненно владела деревнями, пожалованными супругу за службу в России.
Петербургский дом адмирала Крюйса был одной из первых построек на берегу Невы, на будущей Дворцовой набережной. Он находился на участке, занимаемом ныне южным павильоном Малого Эрмитажа и западной частью Нового Эрмитажа. Первые деревянные хоромы Крюйс построил в 1705–1706 гг. по собственному проекту. Это было одноэтажное здание на высоком цоколе с главным фасадом на Неву, от которого отходили два дворовых флигеля. Дом венчала высокая двускатная крыша, покрытая тесом.
В одном из помещений дома собиралась протестантская община Петербурга, а в 1708 г. во дворе дома построили деревянную лютеранскую церковь, которую возглавил пастор Вильгельм Толле, привезенный Крюйсом в Петербург в 1704 г. Храм освятили во имя Святого апостола Петра. При церкви работала немецкая школа. Впоследствии эта школа переехала на Невский проспект и получила название «Петришуле». В настоящее время школа является старейшим учебным заведением Петербурга.
В 1719 г. Крюйс начал строить на своем участке каменное здание по проекту и под руководством архитектора Маттарнови, который скончался осенью того же года. Руководство строительством, которое в основном закончилось к 1724 г., перешло к архитектору Н. Ф. Герблю. В этом новом каменном доме Крюйс провел остаток жизни, а после его смерти лютеранскую церковь Св. Петра перенесли на Невский проспект (ныне дом 22–24). Она с перестройками просуществовала до 1832 г., а затем архитектор А. П. Брюллов перестроил ее в камне.
