Через 16 дней после рождения сына царевича Алексея в семье государя тоже родился сын, которого тоже назвали Петром. Со стороны близких государю людей, прежде всего супруги, Екатерины Алексеевны, и ближайшего сподвижника А. Д. Меншикова, начались интриги в пользу объявления наследником престола новорожденного царевича Петра Петровича. Главным аргументом в пользу этого стало нежелание царевича Алексея активно участвовать в государственных делах. Результатом интриг стало объяснение государя со старшим сыном, во время которого государь потребовал от царевича Алексея ответа на прямо поставленный вопрос: или сын начинает активно сотрудничать с ним в государственных делах, или принимает монашеский постриг. Алексей Петрович выбрал монашество. На том и порешат.
Однако, когда в 1716 г. государь Петр Алексеевич поехал в Данию, царевич Алексей Петрович убежал в Австрию, к императору Карлу VI. С ним отправилась его возлюбленная угро-финского происхождения, крепостная князя Никифора Вяземского Евфросиния Федоровна. Там, в Австрии, Алексей Петрович решил с ней обвенчаться (влюбленные ожидали появления на свет плода их любви).
Когда государь узнал о побеге сына, он направил на его поиски своего сподвижника П. А. Толстого. Толстой задачу выполнил, и 31 января 1718 г. Алексея Петровича с Евфросинией Федоровной доставили в Москву. Здесь Алексей Петрович отрекся от престола в пользу сводного брата, царевича Петра Петровича. Затем государь потребовал от сына выдать своих сообщников. Началось следствие по делу царевича Алексея. В марте 1718 г. царский двор переехал в Петербург, и там следствие продолжилось. В результате открылся заговор против государя. Заговорщиков казнили. Верховный суд из генералитета, сенаторов, членов Синода и офицеров гвардии, назначенный государем, также приговорил Алексея Петровича к смертной казни. 26 июня 1718 г. царевич Алексей Петрович скончался в Трубецком бастионе Петропавловской крепости при невыясненных обстоятельствах.
После смерти царевича Алексея Петровича государь забрал его детей в царский дворец, а дворец Алексея Петровича перешел в дворцовое ведомство. Со временем дворец превратился в здание для хозяйственных нужд царского двора. Автор книги «Описание Санкт-Петербурга 1749–1751» А. И. Богданов отметит: «Дворец Бывшей Государя Алексея Петровича, называемой Дворец Царевичев, в котором ныне варят про Дом Ея Императорского Величества меды, квасы, полпива и прочее; строен из мазанок». То есть к тому времени дворец будет перестроен под производственное помещение для приготовления различных напитков, подаваемых к царскому столу.
Федор Матвеевич Апраксин
Письмом от 7 марта 1712 г. государь потребовал от находившегося в Азове генерал-адмирала графа Федора Матвеевича Апраксина прибыть в Петербург. Летом того же года 50-летний граф прибыл на берега Невы. Он принял главное начальство над отвоеванными у шведов провинциями – Эстляндией, Ингерманландией и Карелией.
Это был представитель старинного дворянского рода, который возвысился после того как сестра Федора Матвеевича Марфа Матвеевна вышла замуж за государя Федора Алексеевича, сводного старшего брата царя Петра I. С 1681 г. Федор Матвеевич состоял комнатным стольником при Федоре Алексеевиче, а после его кончины поступил в том же звании к юному царю Петру. Находясь при нем, он участвовал в потешных забавах юного царя в селах Преображенское и Семеновское, где Петр создавал будущие гвардейские полки. Это предопределило его дальнейшую судьбу – он стал сподвижником Петра Великого.
В 1693 г. государь назначил его двинским воеводой и архангельским губернатором, называя его «мейн герр губернатор Архангел». В этом звании Апраксин руководил постройкой первого казенного торгового корабля на Соломбальской верфи, ведь Архангельск в то время был единственным торговым портом России. После постройки торгового судна Апраксин снарядил его российскими товарами и отправил за границу, чем доставил большую радость государю.
В 1696 г. Федор Матвеевич принял участие в Азовском походе русской армии, результатом которого стало взятие крепости Азов и создание российского военно-морского флота с базой в этой крепости. Ближайшим к Азову центром судостроения была Воронежская верфь, руководить которой государь поручил Апраксину, произведя его в полковники. В 1700 г. Федора Матвеевича назначили главой Адмиралтейского приказа и губернатором крепости Азов. До 1706 г. он проводил почти все время попеременно то в Азове, то в Воронеже, где у него был собственный дом, то на Азовском море, где обследовал фарватер. При этом основал город Таганрог, построил верфь в Таврове и пушечный завод в Липцах. С 1706 г. управлял Оружейным и Ямским приказами, а также Монетным двором.
В 1708 г. Апраксин прибыл на Балтику, где в сентябре и октябре успешно оборонял Петербург от нападения шведских войск под командованием генерала Г. Либекера. За это он получил графский титул, в его честь выбили медаль. В 1710 г. командовал войсками, которые содействовали взятию Выборга, за что пожалован знаками ордена Андрея Первозванного.
После Прутского похода, по заключении мира с турками, Федор Матвеевич вновь вернулся в Азов. На сей раз ему пришлось уничтожать все, что было сделано им с такими усилиями пять лет назад, – разрушить крепость и уничтожить корабли. Азовский флот в соответствии с мирным русско-турецким договором подлежал уничтожению. После этого Апраксин и прибыл в Петербург, где принял начальство над сухопутными войсками, назначенными для действий в Финляндии. Государь, находившийся тогда в Карлсбаде, отправил в Сенат указ от 30 октября 1712 г., где говорилось: «Понеже для важных дел приедет к вам господин адмирал, по которого предложению неотменно все исправьте, понеже зело нужно».
В 1712 г. Апраксин во главе армейского корпуса предпринял поход в Финляндию. В 1713 г., используя Галерный флот, захватил города Борго и Гельсингфорс, чем лишил противника маневренной базы в Финском заливе. Затем силами армейского корпуса разгромил войска шведского генерала Армфельдта при реке Пялькане.
В июле 1714 г., командуя Галерным флотом, Апраксин у полуострова Гангут (Ханко) одержал победу над шведским флотом под командованием контр-адмирала Эреншельда. После этой победы Балтийское море перестало быть «шведским островом». Государь повелел в честь этой победы выбить специальную медаль и построить в Петербурге храм у Фонтанки (Пантелеймоновская церковь). Однако для Апраксина радость победы омрачилась обвинениями в растрате казенных средств в период похода, хотя он был невиновен. Государь подверг его штрафу за злоупотребления подчиненных ему лиц. Позже, желая вознаградить Апраксина за эти потери, государь в 1716 г. подарил ему поместья, оставшиеся после смерти его сестры царицы Марфы Матвеевны.
В конце 1717 г. Федора Матвеевича назначили президентом вновь учрежденной Адмиралтейств-коллегии. Эту должность он занимал до конца жизни. В этом же году он получил звание сенатора.
В 1719 г. Апраксин сопровождал государя на Олонецкие минеральные воды. Его назначили ревельским губернатором, и в этом звании он, начальствуя Галерным флотом, из Аландских шхер перешел в Стокгольмские, высадил десант на берег Швеции, произведя разорение на всем протяжении от Гевеля до Нючёпинга, угрожая самому Стокгольму, к которому русские войска подойдут на 15 верст.