В 1720 г. Апраксин руководил укреплением Кронштадтской крепости и вооружением корабельного флота, во главе которого стал выходить в море, держа флаг на корабле «Гангут». После заключения Ништадтского мира Апраксин получил разрешение от царя носить на этом корабле кайзер-флаг.
В 1722 г. Федор Матвеевич принял участие в персидском походе, командуя морскими силами Каспийского моря. После возвращения в Петербург он возглавил Балтийский флот, который к тому времени состоял из 24 линейных кораблей и пяти фрегатов. Во время торжественного вывода на Котлинский рейд петровского ботика («дедушки российского флота») 11 августа 1723 г. генерал-адмирал Апраксин занял в экипаже почетное место.
В самом начале 1725 г. Апраксин посетил смертельно больного государя Петра Алексеевича, и тот напутствовал его на проведение экспедиции через Ледовитое море к далеким камчатским берегам. Экспедиция под руководством капитан-командора Беринга вскоре отправилась в путь.
После смерти государя Федор Матвеевич продолжил командовать Балтийским флотом и пользоваться влиянием. 21 мая 1725 г. он присутствовал на свадьбе царевны Анны Петровны с герцогом Голштинским в качестве посажёного отца невесты. Новая императрица Екатерина I даровала ему 30 августа 1725 г. орден Александра Невского.
В 1726 г. Федора Матвеевича назначили во вновь учрежденный Верховный тайный совет, который фактически руководил государством.
В 1727 г., тяготясь разгоревшимися дворцовыми интригами, граф Апраксин отошел от государственных дел и переехал в Москву, где скончался в возрасте 67 лет. Его похоронили в Златоустовском монастыре.
В 1712 г. генерал-адмирал Федор Матвеевич Апраксин перестроил свой деревянный дом в каменный двухэтажный. Его деревянный дом построили в июне – июле 1705 г. на берегу Невы, в северо-западном углу нынешнего Зимнего дворца. Выбор места строительства соответствовал нормам «фортификационной эспланады», то есть допустимому расстоянию между стенами Адмиралтейской крепости и объектами городской застройки, которое составляло не менее 200 саженей. С южной стороны к дому Апраксина примыкал дом олонецкого коменданта И. Я. Яковлева, руководившего возведением Адмиралтейской верфи и заготовкой материалов для строительства самой крепости-верфи и морских судов. После смерти Яковлева в 1707 г. его участок занял А. В. Кикин.
Каменный дом, построенный в 1712 г. Апраксиным по проекту Доменико Трезини по соображениям пожарной безопасности, недолго удовлетворял хозяина в плане комфорта. Приехавший в 1716 г. в Петербург знаменитый архитектор Ж.-Б. Леблон в ноябре того же года согласится сделать проект двухэтажного дворца Апраксина «на французский манер». Строительство закончилось к 1723 г. Специально для нового дворца Апраксин заказал римским художникам несколько новых картин, а в Гааге оригинальные водостоки в виде змеиных голов. При дворце построили два больших флигеля, разбили прекрасный сад, устроили оранжерею и галерею, где можно будет принимать гостей в хорошую погоду на свежем воздухе.
Ф. В. Берхгольц в своем «Дневнике» отметил, что дворец Апраксина «самый большой и красивый во всем Петербурге, притом стоит на Большой Неве и имеет очень приятное местоположение… Дом весь меблирован великолепно и по последней моде, так что и король мог бы прилично жить в нем…».
Дворец Апраксина, или, как его еще называли, «Адмиральский дом», обозначил красную линию застройки Верхней набережной, или Набережной линии, как тогда именовалась нынешняя Дворцовая набережная. Здесь селились царские любимцы – С. В. Рагузинский, П. И. Ягужинский, Г. П. Чернышев, К. Н. Крюйс, И. Д. Олсуфьев и Броун.
Не имея наследников, генерал-адмирал все свое имущество завещал родственникам, а дворец на берегу Невы – малолетнему императору Петру II. Этот государь так и не воспользовался подарком, уехав из Петербурга навсегда в Москву, ставшую столицей. Императрица Анна Иоанновна вернула в 1732 г. городу столичный статус, вернувшись в Петербург на постоянное место жительства с двором и правительством.
В Петербурге у новой императрицы возник вопрос: где жить? Старый Зимний дворец Петра и Екатерины ее не устроил из-за маломерности и, соответственно, тесноты. Тогда она обратила внимание на дворец Апраксина и указала архитектору Растрелли перестроить его под свои нужды.
Реконструкции подверглись не только дворец Апраксина, но также прилежащие к нему дома – дом Морской академии (бывший дом Кикина) и выкупленные у владельцев участки домов Рагузинского и Ягужинского. На реконструкцию дворца было выделено 200 000 руб. Главный фасад нового дворца обратился в сторону Адмиралтейства. В конце 1733 г. императрица Анна Иоанновна уже поселилась во дворце. Об этом творении В. В. Растрелли впоследствии написал:
«По своем прибытии императрица Анна велела мне построить большой каменный Зимний дворец в четыре этажа, не считая погребов и мезонинов. Это здание было возведено рядом с Адмиралтейством, против большой площади, так что жилой корпус выходил на реку Большую Неву. В этом здании был большой зал, галерея и театр, также и парадная лестница, большая капелла, все богато украшенное скульптурой и живописью, как и вообще во всех парадных апартаментах. Число комнат, которые были устроены в этом большом дворце, превышало 200, кроме нескольких служебных помещений, лестниц и большого помещения для караула, дворцовой канцелярии и пр.».
На втором этаже дворца Растрелли расположил театральный зал на тысячу мест, получивший несколько названий – «Комедиантский зал», «Комедия-опера», «Зимний большой театр», «Оперный дом». Интерьер зрительного зала размером 24,5 × 22 м, выполненный по эскизам Растрелли под руководством столярных дел мастера Иоганна Геринга, был украшен живописью и архитектурными деталями.
Обстановку зрительного зала можно легко представить по описаниям иностранцев, проживавших в Петербурге в царствование Анны Иоанновны. Вот что напишет английская гувернантка Элизабет Джастис: «Театр просторен и величествен. Он хорошо отапливается восемью печами. Декорации очень хороши; одежды актеров богаты…» Ее дополнил ученый швед Карл Рейнхольд Берк:
«Дом комедии. Он большой и устроен хорошо. Театр имеет хорошую глубину, красивые ширмы и достаточную освещенность. Ложи не разделены, лишь на обоих этажах и вокруг партера спереди сделаны в виде аркад и украшены масками, фестонами и т. д., что придает превосходный вид и уподобляет древним амфитеатрам… Государыня и принцессы чаще всего садятся в партере, а позади них придворные, иностранные министры и сановники. По бокам – места для офицеров и иной почтенной публики, которой дозволено сюда входить. Первые ложи предназначены лишь для знатных дам, но другие могут занимать также горничные и мелкие придворные служащие… На жалованье и театральные костюмы этой компании ежегодно тратится значительная сумма, в которую те, кто посещает спектакли, не вносят ни единой копейки».
29 января 1736 г. в «Оперном доме» Зимнего дворца состоялось выступление итальянской оперно-балетной труппы под руководством композитора и дирижера Франческо Арайи, приуроченное ко дню рождения императрицы. В этот день итальянцы дали оперу «Сила любви и ненависти». Спектакль стал важным событием в театральной жизни Петербурга. Считается, что этим спектаклем было положено начало оперному и балетному театру в России.