Власти хорошо понимали опасность эпидемий и принимали по рекомендациям Аптекарского приказа надлежащие противоэпидемические меры. Возможно, именно благодаря им эпидемия не дошла до Новгорода, Пскова и Сибири. Однако какие-либо действия начинались после указа царя, а на местах – после распоряжений местного воеводы, что занимало какое-то время.
Дворы, где умирали все, приказывалось ломать или даже сжигать. В государственных учреждениях приказывалось закладывать окна кирпичом. При этом рабочие должны были находиться снаружи здания, чтобы не занести заразу внутрь.
Врачи обслуживали только царский двор и армию. Заражаясь от трупов, массово умирали священники, поэтому им под страхом смертной казни запретили проводить отпевания. Тела обязывали захоранивать за чертой города в специально обозначенных местах или на территории двора, где они умерли. Но предписание это обычно игнорировалось, потому что погребение вне церковного места в глазах человека того времени означало невозможность попадания в лучший мир после смерти. Например, в Москве на территории усадеб XVII века массовых скоплений человеческих останков не найдено. Зато были переполнены все прицерковные кладбища. Братские могилы появились даже на Красной площади, возле Покровского собора и деревянных церквей. Существовало убеждение, что трупы заболевших заразны даже спустя несколько лет после смерти, поэтому после эпидемии на кладбищах, где они были зарыты, запрещались новые захоронения.
Главными средствами дезинфекции были огонь, вода, мороз. Также применялся известный на Руси издревле дым от сжигания можжевельника и полыни, которым окуривали дома и предметы. Вещи и одежда заболевших сжигались на кострах. Письма по пути следования передавали «через огонь»: с одной стороны от костра стоял гонец и выкрикивал содержание написанного, а на другой переписывали на новую бумагу. Перевозимые между городами деньги предписано было промывать в воде, а одежду «вымораживать и вытресать». Причем выполняться эти манипуляции должны были руками людей, которые «в моровых болезнях были», здоровые же должны были «ни к чему не касатца».
На пути в Калязин перед царской семьей перевезли тело умершей от чумы женщины. Было приказано наложить на этом участке дороги и вокруг нее дров, поджечь, а уголь с землей собрать и увезти подальше, после чего навезти другой земли издалека.
Эпидемия в столице достигла пика в конце августа – начале сентября. В это время царская семья переехала в Калязинский монастырь. В Москве, оставшейся без начальства и стражи, начались грабежи, прекратилась торговля, из тюрем бежали преступники, всюду лежали трупы, которые не успевали хоронить. Все ворота Кремля наглухо закрыли, оставив лишь одну калитку. Из-за смертей Пронского и И. В. Хилкова управление столицей без государева указа вынуждены были взять на себя И. А. Хилков и А. Иванов.
В донесении Троице-Сергиева монастыря сообщалось, что в монастыре и округе 417 человек умерло «с язвами», проболев 1–4 дня; «без язв», проболев 4–7 дней, – 848. Какая именно это была формы чумы – неясно, но точно не легочная, раз никто не упоминает в списке симптомов кровохарканье.
А чума вместе с беженцами уже пробралась в другие города.
1 августа первые случаи чумы замечены в Туле, 4 августа – в Торжке, 10 августа – в Калуге, 15 августа – в Звенигороде, 16 августа – в Ржеве и Суздале, 18 августа – в Соли Галичской, 23 августа – в Коломне, 31 августа – в Нижнем Новгороде, 1 сентября – в Шуе, Вологде, Костроме, Белеве и Мценске, 5 сентября – в Дедилове и Малоярославце, 6 сентября – в Кашине, в сентябре эпидемия началась в Городце, Ярославском, Тверском и Старицком уездах.
Данные по Нижнему Новгороду: «скорой смертью» умерло 1793 человека (947 с язвами и 846 без язв), «протяжной болезнью» – 58 человек (56 без язв и двое с язвами). Под продолжительной болезнью понимался срок от 4 дней. Современные исследователи предполагают, что под «протяжной болезнью без язв» параллельно чуме проходила какая-то другая болезнь, достаточно смертельная, чтобы ее тоже приняли за чуму (малярия, сыпной тиф или что-нибудь еще).
Таким образом, эпидемия охватила почти всю центральную часть России: на северо-западе не затронула Новгород Великий, но дошла до Старой Руссы, на западе достигла Ржева, на юге – Рыльского уезда и Шацка, на востоке – Нижнего Новгорода, на севере – Вологды, на северо-востоке – Соли Галичской. На юге она свирепствовала в Астрахани, Казани, на западе от Руси – в Великом княжестве Литовском и в Киеве, которые входили в состав Речи Посполитой. Там она дополнилась голодом, который, по свидетельству Яна Цедровского, был вызван увеличившимся количеством портивших хлеб полевых мышей. Цедровский писал, что моровое поветрие в княжестве Литовском объявилось в октябре 1653 года и продолжалось до 1658 года.
Патриарх Антиохийский Макарий III из-за чумы застрял в Коломне, где стал свидетелем страшных картин морового поветрия:
«Бывало, когда она [чума] проникала в какой-либо дом, то очищала его совершенно, так что никого в нем не оставалось. Собаки и свиньи бродили по домам, так как некому было их выгнать и запереть двери. Город, прежде кишевший народом, теперь обезлюдел. Деревни тоже, несомненно, опустели, равно вымерли и монахи в монастырях. Животные, домашний скот, свиньи, куры и пр., лишившись хозяев, бродили, брошенные без призора, и большею частью погибли от голода и жажды, за неимением, кто бы смотрел за ними. То было положение, достойное слез и рыданий. Мор, как в столице, так и здесь и во всех окружных областях, на расстоянии семисот верст, не прекращался, начиная с этого месяца, почти до праздника Рождества, пока не опустошил города, истребив людей.
В одну яму клали по нескольку человек друг на друга, а привозили их в повозках мальчики, сидя верхом на лошади, одни, без своих семейных и родственников, и сваливали их в могилу в одежде. Часть священников умерла, а потому больных стали привозить в повозках к церквам, чтобы священники их исповедовали и приобщили св. Таин. Священник не мог выйти из церкви и оставался там целый день в ризе и епитрахили, ожидая больных. Он не успевал, и потому некоторые из них оставались под открытым небом, на холоде, по два и по три дня, за неимением, кто бы о них позаботился, по отсутствию родственников и семейных. При виде этого и здоровые умирали со страха».
Павел Алеппский, сын Макария III, который тоже был с отцом в путешествии в Московию, в своих записках писал о внезапных смертях, что стоит, бывало, человек и вдруг моментально падает мертвым; или: едет верхом или в повозке и валится навзничь бездыханным, тотчас вздувается как пузырь, чернеет и принимает неприятный вид.
Случаи, когда с виду здоровые люди умирали мгновенной смертью, отмечали и другие свидетели. Сейчас известно, что таким образом может протекать легочная чума.
В октябре-ноябре, когда похолодало, эпидемия пошла на спад. И.А. Хилков сообщал Никону и царской семье, которые уже было хотели уехать из Нерли в Новгород, что с 10 октября моровое поветрие в Москве стало утихать. Некоторые источники пишут о второй половине ноября. В первых числах декабря в Москву прибыл Б.М. Хитрово с заданием узнать и записать, сколько в городе находится мертвых и живых. Подсчет вел дьяк Кузьма Мошнин. К 17 декабря он завершил работу. В декабре царю сообщили о том, что морового поветрия в Москве больше нет и «в рядах сидят, торгуют», но он решил повременить с приездом.