Считается, что 12 октября чума прекратилась в Шуе, 13 октября – в Казани, к 18–23 октября – в Вологде, к 19 октября – в Ярославле, к 6 декабря – в Соли Галичской, к 25 декабря – в Коломне. В Галиче пик эпидемии пришелся на 23 ноября – 12 декабря.
3 февраля 1655 года в Москву прибыл Никон. Он описал вид опустошенного безлюдного города: «Непрестанно плакал смотря пустоты Московския, пути и домов, идеже преж соборы многие и утеснение, тамо никаково, великия пути в малу стезю и потлачены, дороги покрыты снеги и никем суть не следими, разве от пес. Ох, ох!»
И только 10 февраля в Москву приехал царь Алексей Михайлович.
И хоть эпидемия почти полностью утихла, но оставшиеся кое-где очаги спровоцировали новую вспышку. Летом 1656 года моровое поветрие объявилось в низовьях Волги. Узнав об этом, власти немедленно приказали окружить пораженные районы заставами и никого через них не пускать. Возможно, это было сделано слишком поздно, поскольку сообщение со столицей занимало несколько дней, но как бы то ни было чума вскоре уже распространилась на Казань, Смоленск и другие области. Москву в этот раз не затронула. Новая вспышка была намного менее страшной, чем в 1654 году, хоть и затронула более 35 городов и территорию в 30 000 кв. км. Есть сведения, что чума появлялась в Вятке и низовьях Волги и в 1657 году.
Народ видел в эпидемии наказание Божие за грехи, поэтому и путь к спасению видел в вере. Проводились крестные ходы с чтимыми иконами и мощами, молебны, паломничества, закладывались церкви. Набожность русского народа в это бедственное время отметил патриарх Антиохийский Макарий III: «Подлинно, этот народ истинно христианский и чрезвычайно набожен, ибо, как только кто-нибудь, мужчина или женщина, заболеет, то посвящает себя Богу: приглашает священников, исповедуется, приобщается и принимает монашество, [что делали] не только старцы, но и юноши и молодые женщины; все же свое богатство в имущество отказывает на монастыри, церкви и бедных. Хуже всего и величайшим гневом Божиим была смерть большинства священников и оттого недостаток их, вследствие чего многие умирали без исповеди и принятия св. Таин».
Во время моровых поветрий было распространено строительство обыде́нных храмов. Вологду чума покинула после того, как 18 октября для утоления гнева Божиего горожане возвели деревянную Спасообыденную Всеградскую церковь. Спустя четыре дня в такой же короткий срок местный иконописец по желанию вологжан написал икону Всемилостивого Спаса. В Ростове обыденная церковь Всемилостивого Спаса на Торгу появилась по обету после прекращения морового поветрия.
Никон послал воеводе Пронскому икону Казанской Божией Матери, которая должна была защищать москвичей от чумы. Связывали прекращение эпидемии с чудотворными иконами в нескольких городах: принесение Югской иконы в Рыбинскую слободу, Седмиозерной – в Казань, молебны перед Боголюбской иконой в Угличе, написание новой иконы Богоматери в Шуе, которая была позднее названа Шуйско-Смоленской иконой, вмешательство Толгской и Смоленской икон в Ярославле. В Москве, по преданию, многие люди выздоровели благодаря заступничеству от иконы Грузинской Божией Матери. Спасение Твери в 1655 году приписывают мощам князя Михаила Ярославича, а спасение Бежецка – иконе Николая Чудотворца. Известны случаи, когда общины в челобитных царю упрашивали его прислать чудотворные реликвии, например крест с мощами.
Установить точное количество погибших невозможно, в итоге каждый историк называет свое предположительное число. Тем не менее чуму 1654–1655 годов называют самой крупной эпидемией XVII века в России.
Современники-иностранцы в своих записках говорили о нескольких сотнях тысяч погибших от эпидемии при том, что население всего государства составляло чуть более 7 миллионов. Английский дипломат У. Придо 15 августа 1655 года писал, что в течение последнего года не менее миллиона человек стали жертвами чумы. С. Коллинз, врач царя Алексея Михайловича, приехавший в Россию уже после эпидемии, писал, что от нее в стране погибло 700–800 тысяч человек. Другие авторы того времени пишут о числах от 70 до 480 тысяч.
Современные историки называют от 300 до 800 тысяч. Цифры, приведенные в официальных документах, намного меньше: из «Актов исторических» следует, что погибло 23 250 человек.
Основной источник о жертвах в Москве, отчет Кузьмы Мошнина от 17 декабря 1654 года, свидетельствует о высокой смертности в столице. Особенно тяжелая ситуация была там, где люди жили в тесноте: в монастырях и боярских дворах. В Чудове монастыре умерло 182 человека, в живых осталось 26. В Вознесенском умерло 90 стариц, осталось 38. В Ивановском умерло 100 стариц, осталось 30. Почти четверть дворов бояр, окольничих, думных дворян и дьяков вымерла полностью. У боярина Я.К. Черкасского умерло 423 человека, живых – 110. У Б.И. Морозова умерло 343, живых – 19. Высокий процент умерших наблюдался и в слободах.
Данные о погибших в других городах берутся главным образом из «Актов исторических» и из трудов историка С.М. Соловьева. Судя по этим цифрам, процент умерших колебался от 30 до 85 %. Рукопись «О чуме…» сообщает о 10 тысячах погибших в Нижнем Новгороде, 20 тысячах в Костроме и 80 тысячах в Ярославле.
Хотя чума и не коснулась русского войска, она усложнила его снабжение, ослабила тыл, из-за чего пришлось временно приостановить наступление. Тем не менее поход 1654 года в целом оказался удачным для России, были возвращены территории, потерянные в войне 1609–1618 годов. Во время войны в Россию с захваченных территорий переселялись поляки и белорусы, причем не только в качестве пленных, но часто и добровольно. Селились они в опустевших от эпидемии районах. Алексей Михайлович намеревался переселить в Москву и окрестности до 300 тысяч человек. Столько переселить не удалось, но все же на этих землях оказалось большое количество новых людей с совершенно другой культурой и обычаями.
Перерыв в торговле и обработке земли привел к голоду. Появились цинга и другие болезни, которые вместе с голодом дали новую волну смертности. Власть не могла собирать налоги, в казне не хватало денег. Это стало одной из причин денежной реформы Алексея Михайловича.
После солнечного затмения 2 августа 1654 года, которое в обстановке разгорающейся эпидемии было воспринято как божественное знамение, противники Никона объявили главным виновником гнева Божиего патриарха с его реформами и недавним «надругательством» над иконами, написанными «не по старине». Сам Никон считал, что эпидемия была наказанием за вмешательство царя и бояр в права церкви в уложении 1649 года, однако в своем «Поучении о моровой язве» 1656 года сказал, что никому о причинах этого бедствия знать не надлежит. 25 августа перед Успенским собором в Москве собралась толпа. Люди принесли к крыльцу собора выскобленные иконы, ругали патриарха и обвиняли его в том, что он бежал из Москвы вместо того, чтобы молиться о своей пастве. Все это способствовало росту популярности старообрядчества. Многие его приверженцы сочли эпидемию чумы предвестницей скорого конца света. Одни недовольные Никоном стали видеть в нем антихриста, другие же считали патриарха лишь его предтечей. Старообрядцы еще долго припоминали Никону эпидемию, даже протопоп Аввакум в челобитной Алексею Михайловичу от 1664 года писал о том, что именно патриарх Никон повинен в эпидемии.
