В Петербурге он вообще развил очень бурную деятельность. Упорное желание попасть в Академию наук, причём по археологическому «направлению», стимулировало не только активное изучение им археологии, но и не менее активную организаторскую работу. Стремясь обрести нужный вес в научных кругах, Кёне выступил инициатором создания в России специального нумизматического общества, но поскольку археология также привлекала его, он соединил две эти науки под одним «административным» названием — так в 1846 году появилось Археологическо-нумизматическое общество в Петербурге (позднее Русское археологическое общество). Президентом общества согласился стать герцог Максимилиан Лейхтенбергский (зять Николая I), вице-президентами сделались Жиль и Рейхель, а секретарями — И. А. Бартоломей и Кёне. По сути, вся организационная работа легла на плечи предприимчивого иммигранта, который сразу же постарался придать ей как можно более широкий размах.
Работа в обществе выявила несколько характерных черт деятельности Кёне. Во-первых, он сумел организовать издание «Записок» общества, шесть томов которых увидели свет в 1847–1852 годах. Во-вторых, Кёне отличала огромная научная активность, он выступал практически на каждом заседании общества, а его интересы были широки и разнообразны. Достаточно сказать, что когда в разросшемся обществе в 1851 году образовались три отдела (русской и славянской археологии, восточной археологии и древностей, и западной археологии), Кёне записался во все три и в третьем был избран секретарём. Наиболее крупной научной работой Кёне этого периода стала книга «Исследования об истории и древностях Херсонеса Таврического» (СПб., 1848). В-третьих, Кёне всячески стремился пропагандировать себя и общество в европейском масштабе. На нём лежала вся переписка с иностранными учёными. Работы самого Кёне печатались на семи языках. А иностранные научные общества неизменно принимали его в свои члены, так что к концу жизни Кёне являлся членом 30 зарубежных обществ и академий (при этом в Петербургскую он так и не попал). Кстати, ориентированность на Запад привела к тому, что Кёне старался не допускать на заседаниях докладов на русском языке (только на французском и немецком, издание «Записок» общества осуществлялось на французском, немецком и русском языках), и лишь после того, как в общество вступил этнограф и археолог Иван Петрович Сахаров (1807–1863), русский язык был восстановлен в своих правах.
В период деятельности Кёне в обществе и его работы в Эрмитаже ярко проявилась ещё одна его весьма нелицеприятная черта, отталкивавшая многих общавшихся с ним людей — «искательство», стремление заручиться поддержкой значительных фигур чиновного мира, очевидный карьеризм с авантюристическим оттенком. И действительно, со временем Кёне сумел войти в доверие к нескольким крупным вельможам, которым помогал формировать нумизматические коллекции. Делалось это, по-видимому, не всегда «чистыми» методами, и Кёне приобрёл репутацию ловкого дельца, успешно занимавшегося скупкой и продажей монет. Эта сторона его деятельности привела Кёне к конфликту с его непосредственным начальником Ф. А. Жилем, подозревавшим его в хищении монет из эрмитажной коллекции. Эти обвинения доказаны не были, но Кёне пришлось в 1850 году перейти на службу во Второе отделение Эрмитажа (картинная галерея)
[515].
Карьера Кёне в Русском археологическом обществе также оборвалась с приходом нового августейшего руководителя, брата Александра II великого князя Константина Николаевича. Он не утвердил избрание Кёне секретарём третьего отдела общества (единственный случай за всю историю общества), в результате чего в 1853 году Кёне покинул его ряды.
Существенные репутационные потери в научной среде Кёне сумел блистательно восполнить на геральдическом поприще. В 1857 году он возглавил Гербовое отделение Департамента герольдии Правительствующего сената (с оставлением в должности по Эрмитажу). Следующие почти 30 лет предприимчивый барон был руководителем практической геральдики в России. Именно Кёне создал проект Большого государственного герба Российской империи, утверждённого в самом начале царствования Александра И. В течение нескольких лет он осуществил масштабную геральдическую реформу, стремясь унифицировать и придать системность корпусу российских гербов путём приведения их в соответствие с правилами европейской геральдики (например, разворот фигур в правую геральдическую сторону, замена неподходящих для геральдики фигур другими и т. д.) и введения новых принципов и элементов (помещение губернского герба в вольную часть городского, система эмблем внешней части территориальных и городских гербов, отражающих их статус и т. д.). Надо сказать, что эти новации (особенно в отношении государственного герба) далеко не всегда встречали понимание. Хотя следует признать, что Большой государственный герб Российской империи стал настоящим апофеозом русской геральдики — его композиция вобрала в себя десятки территориальных гербов, различные регалии и т. п. элементы, составив в результате цельное и гармоничное явление.
Кёне много занимался историей русской геральдики и эмблематики и стремился подчеркнуть и даже реконструировать её «национальные», допетровские традиции. В частности, одной из его реконструкций было создание родового герба Романовых с грифоном (на основе эмблематики романовских вещей XVI — начала XVII века). Сыграл свою роль Кёне и в реконструкции московских палат бояр Романовых на Варварке. Ему принадлежит также авторство чёрно-жёлто-белого российского государственного флага (1858), решённого в цветах государственного герба (чёрный орёл в золотом поле).
На волне геральдического успеха Кёне стал заложником своей самоуверенности, что ярко проявилось в истории с «монетой князя Олега». Обнаруженная им серебряная монета была интерпретирована следующим образом. На лицевой её стороне помещено изображение воина с копьём и щитом и с нимбом над головой. Круговую надпись Кёне прочёл как латинские слова Oleg Rex. На оборотной стороне имеется изображение так называемого знака Рюриковичей, то есть их родовой тамги в виде трезубца. Легенду на этой стороне Кёне прочитал как латинское же Regwigw о Nrogad, что он интерпретировал как «Регвигв в Новгороде», приняв за личное имя некоего варяжского монетчика Регвигва в Новгороде. Саму монету Кёне отнёс к типу англосаксонской чеканки. При этом, поскольку Олег княжил в Новгороде, согласно летописной хронологии, с 879 по 882 год, то и монета приписывалась именно этому времени. Поразительно, что Кёне, уверенный в варяжском происхождении Олега и знавший об этимологии этого имени, не объяснил, почему на варяжской же монете имя древнерусского князя дано в славянизированном варианте, а не в собственно скандинавской форме Helgi (хотя он и упоминает в своей публикации об этом факте, но никак не объясняет его).
Получив записку Кёне о его открытии, Ф. А. Жиль, конфликт с которым был для Кёне (как, впрочем, и для самого Жиля) очень болезненным, передал её на рассмотрение А. А. Кунику. Куник, как опытный нумизмат и знаток русских древностей, практически сразу же понял, что перед ним рисунок с нового экземпляра Ярославова «сребра», то есть сребреников Ярослава Мудрого, чеканившихся в начале его правления (вторая половина 1010-х годов). Куник также предположил, что рисунок Кёне может быть неточен. Он составил своё заключение, после чего Жиль обратился к хранителю стокгольмского минц-кабинета Б. Э. Хильдебранду (1806–1884) с просьбой прислать гальванопластический снимок с монеты и прояснить её происхождение. Снимок был прислан, а насчёт поступления монеты в эрмитажную коллекцию Хильдебранд ответил, что конкретное происхождение этого экземпляра неизвестно, но что по работе, на его взгляд, эта монета принадлежит «не к Олегову веку…, а вероятно к позднейшему времени (около X века)».
