После публикации этой книги Паре проработал второе издание тома, посвященного огнестрельным ранениям. Он закончил свою работу как раз вовремя, чтобы по призыву о мобилизации отправиться в армию в Шампани и присоединиться к силам виконта де Рогана, который предпринял в 1552 году вторжение в Лотарингию и, потеснив войска Карла V, с легкостью захватил города Мец, Тул и Верден. Во время военных действий Паре удалось спасти жизнь обычного солдата, раны которого были настолько тяжелыми, что его товарищи уже выкопали для него могилу. Рядовые солдаты оценили милосердие личного хирурга виконта, который заботился о них так же, как о благородных капитанах.
При осаде Данвиллера, которая была частью кампании 1552 года, произошло важное событие, повлиявшее на эволюцию методов, используемых Паре в его практике. Во втором издании своей книги об огнестрельных ранениях он по-прежнему рекомендовал применять прижигание тканей раскаленным железом для остановки кровотечения при ампутации. Тем не менее он размышлял над тем, чтобы использовать лигатуры для перевязки крупных сосудов, как это делали некоторые хирурги при лечении обычных ран; бои при Данвиллере были хорошей возможностью для экспериментальных исследований. Когда один из офицеров виконта был ранен в ногу, Паре перевязал сосуды на культе после ампутации, не прибегая к прижиганию железом. Новый метод стал вторым значительным шагом вперед в военной медицине, который станет известен всей Европе благодаря сочинениям Паре, его ученикам и распространению славы талантливого хирурга.
Боевые действия в Лотарингии не только позволили Паре усовершенствовать хирургическую методологию, но и способствовали значительному продвижению в карьере новатора: о его достижениях узнал Генрих II и назначил его, несмотря на то, что он был лишь цирюльником-хирургом, одним из своих «хирургов-ординарцев».
Разгневанный из-за потери трех епископств Туля, Вердена и Меца, император Карл V взял на себя командование армией и попытался отбить Мец. Потери среди солдат были пугающе большими, и услуги Паре стали как никогда востребованы. Его тайно провели в осажденный город к большому облегчению французских офицеров.
Так или иначе, под руководством военного гения герцога де Гиза французские войска выдержали атаки императора, и осада была снята на следующий день после Рождества 1552 года. В своих книгах Паре со смесью горечи и иронии описал ужасы последующего отступления имперской армии по глубокому снегу. Насмешки Паре были вызваны его негодованием из-за варварского поведения испанских солдат во время осады. По иронии судьбы или по какому-то закону великого исторического возмездия, через 250 лет именно императору Франции, потерпевшему катастрофическое поражение в осажденном неприятельском городе, будет суждено пережить крушение своих надежд в позорном отступлении по заснеженной вражеской территории. Так же, как вывод армии Наполеона из Москвы ознаменовал начало заката его военной карьеры, закончившейся в конечном итоге полной потерей власти, в этот мрачный зимний день у Меца перед Карлом V открылась унылая дорога, ведущая его к отречению от престола в пользу Филиппа II.
Хотя императору еще предстояло несколько сражений, но не в Лотарингии. В 1553 году вернувшийся домой Паре был снова призван королем, на этот раз в Гедин в Пикардии, «где у меня было столько работы, что я без отдыха дни и ночи напролет перевязывал раненых». Битва была жестокой, существует несколько описаний этой войны, столь же колоритных и ужасающих, как то, что оставил нам Паре о событиях тех нескольких дней. Наконец, французский гарнизон капитулировал, став жертвой вероломства испанских солдат, которые пытали и убивали своих пленников, нарушив согласованные условия сдачи.
Известность таит в себе свои угрозы. Опасаясь, что его убьют, если он не сможет откупиться, Паре надел мундир простого солдата и остался в услужении одного из раненых французских офицеров. Не признавшись, что он знаменитый хирург короля, но не скрыв своих знаний медицины, он получил возможность относительно свободно передвигаться по территории, так как ему поручили лечение полковника вражеской армии с хронической язвой на ноге. После удачного побега он явился с докладом к королю Генриху, а затем снова вернулся в Париж.
Теперь сорокачетырехлетний опытный цирюльник-хирург был весьма популярен среди пациентов и коллег. Братья Святого Пришествия, которые раньше так стремились унизить и скомпрометировать цирюльников, понимали, что присутствие Амбруаза Паре на факультете добавит блеска репутации их колледжа. Он был не только признанным ведущим специалистом европейской хирургии, но и другом короля, вследствие чего ему с готовностью доверяла свое здоровье вся французская знать.
Проигнорировав требования об обязательном прохождении экзамена по латинскому языку, они признали его магистром-хирургом 18 декабря 1554 года. А в 1557 году Генрих снова послал Паре на поле битвы при Сен-Кантене, где французы потерпели сокрушительное поражение. В следующем году, когда Итальянские войны шли к завершению, он снова принял участие в военных действиях при Дурлане.
Все это время власть протестантов в стране усиливалась. Теперь у них было более двух тысяч церквей по всей Франции, а знатные гугеноты занимали руководящие посты среди духовенства и даже заключили союз с немецкими принцами и королевой Англии. Генрих считал необходимым уничтожить еретиков и утвердить свой политический контроль. Мирный договор был заключен с новым императором Священной Римской империи Филиппом II и скреплен, как отмечалось ранее, браком Филиппа с принцессой Елизаветой, дочерью французского короля.
Из-за случайной смерти Генриха во время брачных торжеств на трон взошел Франциск II и правил в течение года, а в 1560 году был коронован его одиннадцатилетний брат Карл IX, и власть фактически перешла к уже упомянутой Екатерине Медичи. Паре, который был хирургом Франциска, теперь был назначен личным хирургом Карла.
Гражданская война стала неизбежной, поскольку судебный совет, состоявший преимущественно из католиков, не желал делить власть с гугенотами. Резня протестантской конгрегации в Васси стала искрой, воспламенившей взрывчатую смесь. Весь остальной военный опыт Паре приобрел в течение почти сорока лет боевых столкновений, грабежей, массовых убийств и погромов, которые в учебниках истории торжественно называются религиозными войнами. После осады Руана Паре был возведен в должность главного хирурга короля.
Тот факт, что столь высокое положение занимал цирюльник-хирург, оказал огромное влияние на направление будущего развития французской медицины. Он означал, что наивысшая квалификация в лечении травм и некоторых болезней больше не ассоциировалась ни с врачами, ни с хирургами Святого Пришествия. В лице их главного авторитета, когда-то скромных цирюльников-хирургов, теперь признавали хорошо обученными и умелыми практиками, которыми они сейчас и являлись.
В 1564 году Паре опубликовал интересное сочинение под названием «Десять книг по хирургии со сборником необходимых для практики инструментов», содержащее серию ясных иллюстраций тех приспособлений, которые автор использовал в своей работе. Трактат состоит из глав, имеющих отношение как непосредственно к хирургии, например, раздел «Об извлечении стрел», так и к вопросам внутренней медицины, подобно статье о лечении инфекций мочевыделительной системы под заголовком, который в изложении английского переводчика звучит как «Общее лечение при болезненном мочеиспускании».