Работа по перитониту и другие труды Лаэннека, написанные в студенческие годы, привели его к серии важных исследований в сфере нормальной и патологической анатомии. Именно в это время он описал волокнистые оболочки, покрывающие многие органы брюшной полости. Исследуя рубцовую печень алкоголиков, он обратил внимание на приобретаемый ими характерный тускло-коричневый цвет. От греческого слова kirrhos или tawny, которое Лаэннек использовал для описания этого оттенка, произошло эпонимическое название болезни «цирроза Лаэннека». Спросите любого современного врача, что для него значит имя Лаэннека, и он обязательно скажет о циррозе, а не о стетоскопе, поскольку мало кто помнит в наши дни, что это более важное открытие также принадлежит ему.
Рене намеревался получить знания, которых было бы достаточно, чтобы вернуться в Бретань и работать вместе со своим дядей Гийомом. Но в нем уже зародилась страсть научного исследователя. Его увлекали не только изыскания в области патологии, он жаждал добиться признания. Молодому человеку из провинции было трудно противостоять своим амбициям. Его попросили остаться в Париже сначала Биша, а затем и Гийом, понимавший, что, отправив своего племянника изучать медицину, он положил начало успешной карьере, которая не должна ограничиться Нантом. Теофиль писал Рене о его дяде: «Он как Пигмалион в экстазе перед своим шедевром».
Молодой Лаэннек был успешным не только как исследователь, но и прекрасно справлялся со своей основной обязанностью хорошо учиться. Когда в 1803 году правительство учредило награды студентам всех специализированных школ в Париже, он принял участие в конкурсе, выиграв первый приз по медицине и единственный приз по хирургии. Вместе награды составляли денежную сумму в шестьсот франков, которые несколько улучшили его трудное финансовое положение. Тем не менее ему пришлось взять в долг у отца, чтобы приобрести достаточно приличный костюм и достойно выглядеть на церемонии вручения призов, состоявшейся в Лувре.
Была ли тому причиной его бесконечная упорная работа, нищета или слабое от природы здоровье, в это время у Лаэннека начались приступы затрудненного дыхания, которые он называл астмой, но которые в действительности были, вероятно, проявлениями коварно прогрессирующего туберкулеза. Однако он игнорировал собственные легкие, концентрируясь более чем когда-либо на изучении легких других. Он взял на себя новые обязательства. В ноябре 1803 года он начал давать частные уроки по патологической анатомии, значительная часть учебного материала которых состояла из результатов исследований, сделанных им самим и одним из его коллег Гаспаром Лораном Бейлем. Именно в презентациях для занятий он определил понятие основного патологического признака при туберкулезе – туберкулезного бугорка.
Слово «бугорок» происходит от латинского tuberculum, что означает «небольшая неровность» или «комок». Болезнь получила свое название из-за крошечных, похожих на зернышко сгустков, образуя которые тело пытается защитить себя с помощью процесса воспаления от вторжения организма, вызывающего болезнь Mycobactérium tuberculósis. Белые клетки крови направляются в область микробного вторжения с целью уничтожить опасные бактерии, и сами, в свою очередь, поглощаются более крупными клетками.
Эти более крупные клетки меняют форму и свойства, потом начинают собираться вместе, формируя скопление, которое называется «бугорок» или гранулема. Поначалу микроскопические, постепенно бугорки достигают достаточно больших размеров и становятся видимыми невооруженным глазом. Лаэннек не пользовался примитивными микроскопами того времени и делал все свои наблюдения либо невооруженным глазом, либо с помощью маленькой увеличительной линзы. Поэтому то, что он видел, могло быть обнаружено любым врачом, который взял бы на себя труд провести такое исследование, особенно если учесть, что бугорки имеют тенденцию увеличиваться и объединяться, приобретая значительные размеры, после чего нередко происходит казеозный некроз центра бугорка, в результате которой образуются хорошо известные полости, часто наблюдаемые на поздних стадиях заболевания. Хотя о существовании видимых бугорков было известно уже более ста лет, считалось, что они образуются только в легких. Лаэннек показал, что они могут поражать любой орган тела вплоть до костей. В результате его работы от старого, времен Гиппократа названия диагноза «чахотка» постепенно отказались, заменив его на анатомически точный «туберкулез». Такое преобразование само по себе являлось констатацией прогресса медицинской науки. Терминология, которая берет свое начало в работах Корвизара, Бейля и Лаэннека, является отражением того факта, что болезнь с тех пор рассматривалась как результат анатомо-патологических трансформаций. Избавившись от «чахотки», греческого слова, означающего истощение или разложение, мир медицины начал отказываться и от греческого способа классификации болезней с использованием единственного известного им метода анализа основных симптомов, которые могут быть визуально определены или описаны живым пациентом. Использование термина «туберкулез» стало признанием того, что терминология, связанная с болезнями, в том числе название диагноза, должны опираться на патологические изменения в тканях и органах.
Даже самые величайшие из исследователей, заканчивая обучение, должны пройти строгое заключительное тестирование, чтобы получить степень доктора. Названия курсов, по которым Лаэннек сдавал квалификационные экзамены в конце зимы и весной 1804 года, дают некоторое представление об учебной программе лучших медицинских школ того времени, включающей анатомию, физиологию, внутреннюю патологию и нозологию (формально закрепившую классификацию, основанную на органических нарушениях), фармакологию и фармацию, гигиену и судебную медицину и, наконец, терапию.
После успешной сдачи экзаменов Лаэннек переехал в новую квартиру, располагавшуюся на месте нынешнего бульвара Жермен. Возможно, преподавание патологии обеспечивало ему достаточный доход, чтобы он мог позволить себе арендовать более презентабельные апартаменты, но, скорее всего, он рассчитывал, что вскоре сможет получать достойный доход от частной практики. Мишо покинул Париж, чтобы занять место атташе при префекте Уаза, и вместо него соседом Рене по комнате стал старший сын дяди Гийома Кристоф.
Лаэннек начал работу над докторской диссертацией, темой которой была доктрина Гиппократа применительно к практической медицине. 11 июня 1804 года он успешно защитил ее перед жюри, состоящем из трех профессоров, одним из которых был Корвизар. Теофиль, никогда не упускавший перспективных возможностей, советовал сыну посвятить работу одному влиятельному министру правительства. Но Рене, не сомневаясь ни одной секунды, посвятил ее своему горячо любимому Пигмалиону – дяде Гийому.
Молодой выпускник добился наивысшего успеха, достижимого для французского студента-медика. Его избрали членом Общества медицинского образования – организации, которая в дореволюционные дни называлась Королевским медицинским обществом. Мало того, что он платил взносы за участие в собраниях его участников, он также автоматически становился официальным спонсором престижного журнала, посвященного вопросам медицины, хирургии и фармации (Journal of Medicine, Surgery, and Pharmacy). Хотя он опубликовал в нем ряд статей еще в студенческие дни, регулярное появление в печати его работ после окончания медицинской школы все больше способствовало его известности в научных кругах.