На тот момент теория Земмельвейса о причинах возникновения послеродовой лихорадки была на грани признания, несмотря на то, что ее автор использовал иногда контрпродуктивные способы ее продвижения. Она получила поддержку новых руководителей медицинского общества Вены, а также благодаря открытому обсуждению прошла клинические и лабораторные испытания, которые только упрочили ее успех. Но в то же самое время, практически мгновенно, Земмельвейс сделал две серьезные самоубийственные ошибки. Во-первых, он не опубликовал свою презентацию и материалы, подготовленные для дебатов в Венском медицинском обществе; поскольку он не представил их в письменном виде, его лекции и комментарии публиковались только в виде кратко сформулированных тезисов, в отличие от возражений его оппонента Эдуарда Люмпа, напечатанных полностью. (Аргументы Люмпа опирались на старый тезис о том, что большие сезонные колебания в заболеваемости послеродовой лихорадкой доказывали, что причиной не могла быть так называемая «трупная инфекция». Так как Земмельвейс еще не опубликовал свою работу, а труды его друзей были фрагментарными, Люмп не верил, что сезонный характер заболевания был менее очевидным, чем подлинная причина инфицирования.) Во-вторых, когда Земмельвейсу предложили невысокую клиническую должность, некоторым образом ограничивающую его преподавательские прерогативы, для его уязвленного эго это стало последним оскорблением. Пять дней спустя, даже не попрощавшись со своими друзьями и сторонниками, не поделившись ни с кем своими планами на будущее, он сбежал из Вены.
Рокитанский, Шкода, Гебра и другие были шокированы. Они дарили ему воодушевление, поддержку и дружбу, с нетерпением ожидая, что он достигнет высокого положения в медицинской школе. Лишь спустя годы Рокитанский простил его, а Шкода никогда не писал ему и, говорят, больше никогда не произносил имя Земмельвейса. Такой поступок был сродни дезертирству верного воина посреди решающего боя.
Велик соблазн назвать побег Игнаца Земмельвейса иронией; сказать, как многие биографы, что, когда победа оказалась на расстоянии вытянутой руки, он струсил. Вместо этого можно предположить, что не было никакой иронии, а был почти обдуманный шаг на жестоком пути самоуничтожения, выбранном Земмельвейсом. Кроме того, победа и назначение профессором в священной Венской медицинской школе были несовместимы с судьбой, которую он себе бессознательно пророчил. А его представление о самом себе как о жалком, неуклюжем аутсайдере не могло сосуществовать с приближающимися продолжительными открытыми прениями, на которых неизбежно пришлось бы выступать против некоторых выдающиеся современных акушеров из других городов. По всей вероятности, он не мог заставить себя писать на своем провинциальном немецком из-за страха сравнения с элегантным стилем своих соперников. Поэтому он сбежал назад в Венгрию, как возвращаются к матери, потому что с ней безопасно, и верил фантазии о своей непризнанности, потому что она рационализировала его стремление в надежные материнские объятия.
Пешт был не похож на Вену. В 1850 году до этого города все еще не долетели ветры, несущие перемены в интеллектуальную жизнь его горожан. В то время как революции 1848 года принесли в Вену некоторые академические свободы, для руководства университета Пешта они послужили лишь основанием усилить репрессии. Земмельвейс подал заявку и получил неоплачиваемую должность директора акушерского отделения в больнице Рохус, где он добился впечатляющего снижения показателей материнской смертности до 0,85 процента. В 1855 году он был избран профессором кафедры акушерства в университете, администрация которого руководствовалась практически исключительно политическими соображениями, а академические стандарты обучения были в лучшем случае посредственными.
Тем, кто считает, что Игнац Земмельвейс был одиноким исследователем, сделавшим великое открытие, которое замалчивали и скрывали обиженные коллеги, имеет смысл прочитать описание, представленное факультету в день его избрания в проспекте к голосованию: «Игнац Земмельвейс, 36 лет… Его широко известное открытие получило признание академии наук в Вене, и он считается перспективным исследователем».
В качестве профессора Земмельвейс внезапно приобрел большое влияние. Он развил бурную деятельность, став членом комитетов многочисленных факультетов и участником большого числа проектов, вступая при этом в бесконечные конфликты с коллегами. Импульсивный и бестактный, он обладал талантом вызывать неприязнь высокопоставленных людей. Хотя в Венгрии его теория никогда не встречала активного сопротивления, внимание к ней повсюду стало ослабевать, частично из-за незнания истинной основы его работы и отчасти из-за большого числа ее противников за пределами Вены.
Легенды и мифы об Игнаце Земмельвейсе гласят, что его недоброжелателями были отсталые глупцы. В этом утверждении не больше правды, чем в других выдумках о нем. Хотя, возможно, среди оппонентов Земмельвейса было несколько дураков, но ряды несогласных с его теорией включали и наиболее уважаемых врачей Европы. Даже такой решительный и, как правило, придерживавшийся прогрессивных взглядов представитель европейской медицины как берлинский патологоанатом Рудольф Вирхов годами занимал сторону оппозиции. То же самое происходит сегодня с новой, неадекватно описанной теорией профилактики заболеваний сердца, обнародованной, но все еще не опубликованной преподавателем небольшого государственного университета, противниками которого выступили Майкл де Бейки, главный хирург Эверетт Куп и директор Национального института кардиологии.
Существовали веские причины, по которым теория Земмельвейса не вызвала энтузиазма и не получила широкого распространения. Статистический анализ и клинико-патологические исследования в Вене носили уникальный характер в 1850-х годах. Поскольку Земмельвейс не опубликовал детали своих наблюдений и выводов, только те, кто был непосредственным свидетелем развития событий, имел веские причины признать правомерность новой концепции. Для доказательства своей теории Земмельвейс провел ряд экспериментов на кроликах, но очень немногим врачам было о них известно. Более того, его друзья, действуя из лучших побуждений, внесли некоторую путаницу, описывая трупную инфекцию как основу его доктрины; их заявления были слишком поверхностными и не отражали всех аргументов Земмельвейса. В отсутствие письменной работы самого автора концепции, его единомышленники могли бы разъяснить его идею, но венские ученые были обижены его дезертирством и в свою очередь бросили его. Таким образом, в целом оппоненты Земмельвейса не имели информации обо всех фактах и поэтому не могли в полной мере понять его теорию или осознать главную идею, на которой она была построена.
Оппозиция выдвигала два основных аргумента против доктрины Земмельвейса. Во-первых, многие из тех, кто попытался применить ее в работе, не смогли продублировать его результаты. Причина была в том, что в большинстве больниц, которые ввели мытье рук в воде с хлором, это правило соблюдалось далеко не всегда и плохо контролировалось, поэтому и результаты были предсказуемо плохими. Поколение спустя такого рода половинчатая гигиена будет мешать попыткам Джозефа Листера ввести антисептики в больницах Британии, вызывая недовольство многих потенциальных новообращенных.
Вторым аргументом против Земмельвейса был тот же, что использовал Лампе, обращая внимание на явно выраженный сезонный характер заболевания. Земмельвейсу удалось объяснить, просто сопоставив периоды увеличения и уменьшения заболеваемости, приписываемых смене сезонов, и обнаружив, что моменты распространения и отступления «эпидемий» послеродовой лихорадки полностью совпадали с теми, когда, по разным причинам, менялось в ту или иную сторону количество трупов, препарируемых студентами. Прибытие каждой новой группы учащихся, полных энтузиазма, повышала уровень смертности, который позже несколько снижался по мере уменьшения их интереса к обязанностям по вскрытию. Однако, поскольку он никогда не публиковал результатов своих наблюдений до 1860 года, они были неизвестны его критикам.