Верховный Правитель России адмирал Колчак придавал расследованию обстоятельств гибели Царской Семьи значение важнейшего государственного дела. Предписанием № 36 от 17 января 1919 г. им была реорганизована созданная еще ВСП Особая Комиссия по «расследованию обстоятельств убийства Царской Семьи и членов Дома Романовых на Урале». Руководство работой поручалось опытному юристу, судебному следователю по особо важным делам Омского окружного суда Н. А. Соколову и генерал-лейтенанту М. К. Дитерихсу. Повышение статуса следствия определялось тем, что в отличие от первоначальных предписаний со стороны прокуратуры и общего собрания отделений Екатеринбургского окружного суда судебному следователю по важнейшим делам А. Наметкину и члену окружного суда И. А. Сергееву (расследовался факт преступления по статье 1453 Уложения о наказаниях: «убийство с обдуманным заранее намерением или умыслом») теперь его должен был вести следователь по особо важным делам под контролем министра юстиции (в статусе генерал-прокурора Сената). Расследование должно было вестись строго централизованно, поскольку в первые дни после занятия Екатеринбурга, помимо судебного ведомства, судьба Царской Семьи интересовала контрразведку штаба генерала Войцеховского и комендатуру Екатеринбурга. На Дитерихса же возлагалось «общее руководство по расследованию и следствию по делам об убийстве на Урале Членов Августейшей Семьи и других Членов Дома Романовых». Помимо раскрытия обстоятельств этого злодеяния большевиков, Комиссия должны была не только выяснить вопрос о возможном спасении кого-либо из арестованных Романовых и вести «розыски тел мученически погибших бывшего Императора, членов Его Семьи и состоявших при нем придворных и слуг», но также и «выяснить дело с юридической, исторической и национальной точек зрения». 6 февраля 1919 г. Соколов заявил Колчаку, что «расследование должно быть построено на началах закона… устава уголовного судопроизводства», «во главе расследования должны стоять не коллегиальная, а единоличная авторитетная власть». Кроме надежд на «чудесное спасение», несомненно, учитывалось также и то, что члены Царской Семьи даже после отречения могли считаться легитимными носителями высшей государственной власти. Поэтому решать вопрос о форме правления в Учредительном Собрании, устанавливать общероссийские, постоянно действующие законы (в отличие от ситуации 1917 г.) можно было только после достоверно подтвержденного факта гибели Царской Семьи и ее ближайших родственников.
Тщательность следствия была максимально возможной в тех условиях. Малейшие, имеющие хоть какое-либо отношение к цареубийству предметы, свидетельства скрупулезно собирались и анализировались. Специальным распоряжением от 3 марта 1919 г. Колчак «повелевал всем местам и лицам исполнять беспрекословно и точно все законные требования Судебного Следователя по особо важным делам Соколова и оказывать ему содействие при выполнении возложенных на него по моей воле обязанностей по производству предварительных следствий об убийстве бывшего Императора, его Семьи и Великих Княжен». Все документы сохранялись в трех экземплярах (для Дитерихса, Соколова и английского журналиста Р.А. Вильтона, фотографировавшего материалы следствия и готовившего информацию на Запад), копии с наиболее ценных материалов отправлялись также министру юстиции Г. Тельбергу. Соколов получил специальный поезд, в котором жил и работал на станции в Екатеринбурге. К работе периодически подключались офицеры контрразведки под непосредственным наблюдением главного начальника военно-административных управлений Восточного фронта генерал-майора С. А. Домонтовича. Раскопки в лесу и их охрану выполняли солдаты. Всего в следствии принимало участие более 1000 человек. В начале июня начались раскопки непосредственно на Коптяковской дороге, в урочище Ганина Яма. Раскопки шли вплоть до сдачи Екатеринбурга красным войскам, произошедшей почти через год после гибели Царской Семьи, 15 июля 1919 г.
Колчак приказал Дитерихсу все собранные вещи, принадлежавшие Царской Семье и не имеющие непосредственного отношения к следствию, отправить в Англию для передачи близким родственникам Николая II, в частности – его сестре Ксении Александровне. Собранные вещи – одежда, украшения, предметы домашнего обихода, книги, многочисленные иконы, а также части вырезанных пола и стен в подвале, где произошло убийство, – были тщательно упакованы в 50 ящиков и отправлены специальным поездом во Владивосток, откуда на английском крейсере «Кент» они должны были быть доставлены в Лондон. Однако по прибытии в порт оказалось, что ящиков всего 29. Остальные исчезли. 18 марта 1919 г. они были сданы командиру корабля, но по прибытии в Англию обнаружилась новая пропажа. После вскрытия ящиков обнаружилось, что большая часть вещей пропала и заменена разным мусором. Из всех реликвий Царственных мучеников сохранилась лишь Библия с пометами Государя и Государыни. Обнаруженная в комнате Ипатьевского дома, она находилась у самого Дитерихса, почитавшего ее как Святыню. После его кончины София Эмильевна Дитерихс передала Библию Обществу ветеранов Великой войны в Сан-Франциско, где она хранилась помещенной в красном углу Суворовского зала Общества.
Сведения о судьбе Царской Семьи были весьма разноречивы. Так, еще 14 июня 1918 г. (почти за месяц до Цареубийства) в ростовской газете «Вечернее время» (редактор Б. Суворин) под заголовком «Кошмарная весть» появилось сообщение об убийстве Государя Императора Николая Александровича и Государыни Императрицы Александры Феодоровны, а также о вероятном спасении Наследника Престола и Великих Княжон. 7 июля то же «Вечернее Время» вышло с траурной первой полосой, на которой сообщалось об убийстве Его Императорского Величества Николая Александровича Романова в Екатеринбурге 3 июля 1918 г. Наконец, из информации советской прессы представители монархических организаций на Украине, на Дону и Северном Кавказе узнали о расстреле Государя Императора Николая II. В поминание его в течение июля 1918 г. прошли заупокойные службы в Киеве, Харькове, Екатеринодаре, Ставрополе, Нахичевани, Ростове-на-Дону, Таганроге, Батайске, многих храмах Украины и Юга России. Но сведений об остальных арестованных Дома Романовых не было.
В августе – сентябре 1918 г. южнорусские газеты писали о возглавлении Великим Князем Михаилом Александровичем Сибирской армии; офицеры ЛГв Финляндского полка отслужили молебен о здравии Наследника Цесаревича Алексея Николаевича, а во время «переворота» капитана Чаплина на Севере весьма активно распространялись слухи о том, что Михаил Романов жив и прибыл в Архангельск. Только после приезда на Дон из Сибири генерала Гришина-Алмазова, в октябре 1918 г., в печати появилось сообщение: «Вся Царская Семья была расстреляна», сопровождавшееся публикацией интервью с одним из привлеченных к следствию. Сибирская же пресса отметила акт Цареубийства лишь спустя несколько месяцев, причем произошло это в «неофициальном порядке», поскольку любые публикации о результатах расследования правительственной Комиссии Дитерихса – Соколова были категорически запрещены. Однако по официальному запросу самого генерала Деникина в Омск министр юстиции С. Старынкевич, контролировавший ход следствия, ответил секретной телеграммой от 12 апреля 1919 г.: «Исключительная важность дела и диктуемая тем секретность его побудили меня, с согласия Верховного Правителя, впредь до окончания следственного производства опубликовать пока лишь голый факт убийства Императора без сообщения каких-либо подробностей этого преступления». В Екатеринодар был отправлен также секретный доклад, воспроизводивший всю хронологию содержания Царской Семьи в Екатеринбурге, а также приблизительный очерк самого Цареубийства (на основании показаний уже опрошенных к этому времени свидетелей и арестованных участников). Об интересе южнорусских официальных структур к акту расстрела Царской Семьи свидетельствует также сводка сведений, собранная контрразведкой Особого отдела Военного ведомства при разработке документов, захваченных в Одесской ЧК летом 1919 г. Наконец, осенью 1919 г. предварительные результаты следствия (в той части, что погибли все члены Царской Семьи) были опубликованы в прессе. Об этом сообщило агентство Рейтер, со ссылкой на источники в штабе Главкома ВСЮР, и это сообщение было перепечатано в целом ряде газет, включая, например, «Архангельские епархиальные ведомости» (1).
