В целом сложившаяся в 1919 г. система управления представляла собой видоизмененную модель, уже действовавшую в период октября 1918 г. Только тогда во Всероссийском Временном правительстве место Верховного Правителя России занимала пятичленная Директория. Налаженность исполнительно-распорядительного аппарата, чем гордилось ВСП, делала необязательными какие-либо изменения в установившемся с лета 1918 г. порядке делопроизводства. Деятельность правительства по-прежнему проходила в рамках Учреждения Совета министров 1906 г. («Совет министров состоит из министров, главноуправляющих отдельными частями, принадлежащими к общему министерскому устройству»). В Омске, по свидетельству прибывшего из Архангельска князя Куракина, находились «все учреждения Петроградского периода в эмбриональном состоянии». Попытки скорректировать новую систему, «в смысле расширения и точного определения прав председателя Совета министров, установления таковых для заместителя председателя Совета министров» (предложения П.В. Вологодского и Г. К. Гинса), не считались актуальными (8). В дополнение к статье 2 Учреждения 1906 г. постановлением от 1 апреля 1919 г. вводилась должность Члена Совета министров (как «министра без портфеля»), «назначаемого Указами Верховного Правителя». К ним относились, например, чиновники юрисконсультской части. Постановлением от 10 апреля Члены Совета министров уравнивались по классу и окладу с остальными министрами (9). Большое значение (в плане сочетания в своей работе делопроизводства Верховного Правителя и Совета министров) имел аппарат Управления делами Российского правительства. Он включал в себя Общую канцелярию из 3 отделений и Секретариат, Кабинет Верховного Правителя (в составе Канцелярии Правителя и комендантского управления), Управление делами Совета министров (в составе Канцелярии Совета и Юрисконсультской части), а также Отдел печати.
Статус Верховного Правителя отражала ст. 3 Конституции, провозглашавшая, что «власть управления во всем ее объеме принадлежит Верховному Правителю». Аналогии этому усматривались в ст. 10, 11 Основных законов Российской Империи, предусматривавших «непосредственную» власть Государя «в порядке верховного управления». Модель исполнительной власти отчасти копировала правовую систему, сложившуюся в период действия Высочайше утвержденных Основных законов Российской Империи 23 апреля 1906 г. (многие правомерно отмечали сходство ряда полномочий Верховного Правителя и Государя Императора). Верховный Правитель возглавлял исполнительную власть, делегируя при этом «определенную степень власти» «подлежащим местам и лицам», то есть конкретным министерствам и ведомствам. Исполнительная власть Верховного Правителя выражалась в издании «актов», которые (в отличие от законов и указов) не обсуждались Совмином и формально, post factum, «скреплялись» председателем правительства или главой ведомства, сферу деятельности которого эти «акты» затрагивали: «Все акты Верховного Правителя скрепляются председателем Совета министров и главным начальником подлежащего ведомства». Право назначения и увольнения министров (за исключением премьера) также находилось в компетенции главы исполнительной власти, в чем отмечалось сходство с правами «Правителя» по дореволюционным законам. Кроме этого, Верховный Правитель получал также право единоличного «принятия чрезвычайных мер для обеспечения комплектования и снабжения вооруженных сил и для водворения гражданского порядка и законности». Широкое толкование данного положения стало причиной последующих трений между Советом министров и Правителем.
Нормативные акты Совета министров (как и в Российской Империи), заверенные (контрассигнованные) подписями премьера или соответствующего министра и управляющего делами, должны были утверждаться Верховным Правителем. Колчак получал право неограниченной власти и в соответствии со своим статусом Верховного Главнокомандующего (по Положению о полевом управлении). Осуществление «диктаториальных полномочий» в случае необходимости проводилось им посредством издания такой специальной формы нормативного акта, как «Приказ Верховного Правителя и Верховного Главнокомандующего». Такие Приказы подписывались самим Колчаком (даже без чьей-либо контрассигнационной подписи) и, следовательно, не требовали предварительного обсуждения в Совмине. Правительственные «постановления» и «распоряжения» отдельных министерств подписывались министрами, главой Совета министров и, как выше отмечено, утверждались Верховным Правителем. Такую же процедуру утверждения проходили Законы правительства и Указы Верховного Правителя. Оригинальным видом нормативного акта были Грамоты и Рескрипты Верховного Правителя. Они напоминали Высочайшие Акты Государя Императора, не требовали утверждения Совета министров и могли лишь «скрепляться» подлежащим министром или председателем. Практика издания Грамот была восстановлена еще в период Сибирской Областной Думы и Уфимской Директории и в целом повторяла российскую правовую традицию издания актов, провозглашающих, гарантирующих определенные права и свободы. Грамоты могли сопровождаться соответствующим Рескриптом на имя главы Совета министров, например Грамота Казачьим Войскам России (1 мая), Грамота таранчинскому народу Семиреченской области (16 июля) или Грамота о созыве Государственного Земского Совещания (16 сентября 1919 г.).
Очевидно, что в практике любого государственного аппарата фигурируют различные категории законодательных актов, поэтому не всегда целесообразно перегружать высшую власть не требующими согласования ведомственными инструкциями и прочей «законотворческой вермишелью» (это входило в компетенцию, например, Малого Совета министров). Проблемы возникали в области профессиональной компетенции правительственных чиновников, установления пределов полномочий, которые, например, в отношении железнодорожных коммуникаций, в вопросах снабжения армии трудно было разграничить между военными и гражданскими властями. По оценке омских юристов, «при наличности основной идеи акта 18 ноября – идеи чрезвычайной власти при чрезвычайных переживаниях Государства – нельзя допустить, чтобы мы имели связанность носителя чрезвычайной власти не только в законодательстве… но и в области управления, природе которого свойственна энергия целесообразного действия, в пределах законом отмежеванных» (10).
Таким образом, статьи 3 и 4 Конституции выражали идею разграничения «законодательствования» и «области управления», сосредоточив последнюю в фактической компетенции Верховного Правителя и приблизив его статус к статусу Государя Императора по Основным государственным законам. Многие современники отмечали даже внешнее сходство организации белой власти с государственностью Российской Империи. Законодательная практика в 1919 г. во многом повторяла законодательную практику Российской Империи, вплоть до цвета папок в департаментах МИДа и Правительствующего Сената. «Настольными книгами» у Колчака были тома Свода законов Российской Империи, а принятый в омской резиденции церемониал развода караула практически полностью повторял принятый в Российской Императорской армии и напоминал Высочайшие приемы в Петербурге. В повестках заседаний Совмина встречались указания на учреждение нового Капитула орденов, хотя наградная система дореволюционной России (включая награждение орденом Св. Георгия) сохранялась. Но так ли необходимо было создавать громоздкий аппарат всероссийской власти? По оценке современников, возможно проще было обойтись «созданием временного аппарата для гражданского управления в тылу» (подобного тому, который действовал на белом Юге в форме Особого Совещания при Главкоме ВСЮР). Вместо этого «несложный и небольшой аппарат Сибирского правительства, достаточно справлявшийся с задачами краевой власти, стали в Омске, ни с чем не считаясь, развертывать в широком государственном объеме. Восстановлены были все министерства и государственные учреждения, судебные учреждения царского времени и даже Правительствующий Сенат с отдельными первым административным и кассационным департаментами.
