Цель созыва Совещания определялась так: «Среди… государственного и общественного распада, среди самых гонений нерушимо стояла в нашем многострадальном Отечестве Святая Православная Церковь. Среди общего распада она, Матерь наша, одна устояла… Творческие силы Церкви проявили себя в созванном летом 1917 года Поместном Всероссийском Церковном Соборе… Продолжающаяся ныне гражданская война сосредоточена по линии всего Приуралья. Вследствие этого Сибирь и весь Восток Православной России оказался отрезанным от Москвы и пребывающих в ней Всероссийского Святейшего Патриарха и при нем Высшего Церковного управления. Прекращение общения со Святейшим Патриархом для нас началось с мая месяца настоящего года, и неизвестно, когда оно может быть восстановлено… Посему, после взаимного обмена мнениями, архипастыри и члены Всероссийского Священного Собора из епархий, освобожденных от советской власти, решили в наиболее удобном месте собраться… и так создалось Томское Соборное Совещание»
[634].
Сибирское Совещание приняло принципиально значимые Положения, определившие взаимоотношения между Церковью и всероссийской властью. Главным было Положение о Высшем Временном Церковном Управлении (ВВЦУ), принятое 6 ноября 1918 г. Данным Положением учреждалась новая структура, полномочия которой определялись как «сношения с Государственной Властью и разрешение неотложных и недоуменных вопросов, в особенности в деле строительства Церковно-приходской жизни». Территориально Управление (в составе двух епископов, двух пресвитеров и двух мирян из состава членов Всероссийского Церковного Собора) распространяло свою власть на «епархии, свободные от советской власти», однако это никоим образом не означало некоего «разрыва» со Святейшим Патриархом, Синодом и Высшим Советом. Первым же пунктом Положения подчеркивалось, что отношения между Церковью и властью в белой Сибири должны основываться на положениях, разработанных Собором 1917/1918 гг.: «В вопросе об отношении Церкви к Государству Совещание стоит на точке зрения, какая выражена в определении Всероссийского Собора». Отдельно отмечалось, что ВВЦУ «прекращает свои полномочия с момента восстановления сношений с Святейшим Патриархом, которому и отдает отчет о своей деятельности». Определенным признаком преемственности с Поместным Собором было признание полноправного участия в его работе членов Всероссийского Поместного Собора, оказавшихся на Востоке России.
Согласно Положению посредником между властью и Церковью был Председатель Управления, устанавливавший прямые отношения с «Высшей Государственной Властью» (или через особо уполномоченного из состава ВВЦУ). При этом должность председателя была не постоянной, а определялась должностью «Епархиального епископа того города, где пребывает возглавляемое им Церковное Управление». Соответственно, местопребыванием ВВЦУ являлся «тот город, в котором находится резиденция Временного правительства (Директории)».
В ноябре 1918 г. таким городом мог быть только Омск, и, следовательно, архиепископ Омский Сильвестр (Ольшевский) должен был возглавлять Управление. Однако отдельным пунктом определялось, что ВВЦУ само должно решить вопрос с резиденцией, во избежание излишних трудностей при переезде из Омска в другой город. В состав ВВЦУ, помимо архиепископа Омского и Павлодарского Сильвестра (Ольшевского), вошли также архиепископ Симбирский и Сызранский Вениамин (Муратовский), епископ Уфимский Андрей (Ухтомский), протоиерей, профессор богословия Томского университета, известный своими трудами по философии и библейской истории Я. Я. Галахов, протоиерей Владимир Садовский, будущий глава Министерства исповеданий Российского правительства, профессор Томского университета, доктор церковного права П. А. Прокошев и профессор Казанской Духовной Академии, доктор истории Церкви Л. И. Писарев. Их заместителями были избраны епископ Красноярский и Енисейский Назарий (Андреев), епископ Екатеринбургский Григорий (Яцковский), законоучитель Красноярской учительской семинарии протоиерей Василий Тюшняков, преподаватель Красноярской духовной семинарии, кандидат богословия И. В. Фигуровский. Формально, «для постоянного присутствования в Церковном Управлении», было достаточно двух епископов, одного пресвитера и одного мирянина. Остальные присутствовали по выбору председателя. Предполагалось также участие в работе членов Совещания – епископа Златоустовского Николая (Ипатова), епископа Тобольского Иринарха (Синеокова-Андреевского). При Высшем Церковном Управлении учреждался также Центральный Свечной Комитет, а также и Центральная Церковная казна, «сосредотачивающая все капиталы общецерковного значения, как то: сметные ассигнования правительства, свечные и кружечные сборы»
[635].
Не менее важным, в условиях гражданской войны и приоритета военных методов руководства над гражданскими, становилось установление отношений Церкви с белыми армиями. Специфика гражданской войны, как военно-политического противостояния, широкий социальный состав белых армий, участие в Белом движении различных социальных групп и слоев населения приводили к необходимости разъяснительной работы по обоснованию политического курса, лозунгов, программ Белого движения непосредственно в армии. Совещание приняло решение об «учреждении должности Главного Священника Сибирской армии – впредь до восстановления связи с Военным Протопресвитером» (каковым продолжал считаться Протопресвитер Георгий Шавельский). В целях усиления пропаганды в войсках военному духовенству, штатные должности которого были восстановлены во всех частях Сибирской армии, рекомендовалось «устройство периодических собраний под председательством епархиальных либо викарных епископов и организация деятельной борьбы с распутством, сквернословием, большевизмом и другими разрушительными антихристианскими явлениями современной жизни путем усиленных религиозных занятий, лекций и наставничества солдат». Считалось особенно необходимым «в беседах, сохраняя такт, избегая политиканства, выяснять ложь большевизма и других подобных анархистских учений и их гибельность для России». Военное духовенство белых армий вообще гораздо быстрее определилось в своем отношении к важности ведения антибольшевистской работы в войсках.
Во исполнение указаний Совещания Главным Священником Сибирской армии протоиереем Алексеем Русецким 13 декабря 1918 г. было написано пастырское обращение к военному духовенству, в котором отмечалось: «Военные священники… должны помнить, что Церковь Православная переживает времена чрезвычайные, что представители ея – Архипастыри и Пастыри подвергаются гонениям, жесточайшим мучениям и даже смерти за Веру Христову, что Православная Церковь стала, как в первые века Христианства, воинствующей и должна поэтому выступить во всеоружии своей духовной мощи на борьбу с врагами Христовой Веры. Но… нам нужно твердо верить, что все успехи наших врагов ничтожны и временны, что эти успехи явились следствием оскудения духа нашей молодой армии; укреплению ее веры в помощь Божию, в правоту своего дела, в свои собственные силы, для чего необходимо нам самим укрепить эти чувства и передать их в молодые, восприимчивые сердца молодых воинов». Поэтому протоиерей «усерднейше просил всех военных священников Сибирской армии усугубить свою пастырскую работу о поддержании бодрости духа в молодой армии». Для этого требовалось «в первую очередь восстановить, где это еще не восстановлено, утреннюю и вечернюю молитвы; возможно чаще посещать окопы, казармы и все места расположения воинских частей со словами утешения, мира и любви; возможно чаще вести задушевные беседы с гг. офицерами и солдатами; возможно чаще совершать Богослужения: Всенощные, Литургии, Молебны, Акафисты и пр., не стесняясь ни местом, ни временем, ни количеством молящихся; в беседах, сохраняя такт, избегая политиканства, выяснять ложь большевизма и других подобных анархических учений и их гибельность для России; раскрыть опасность упадка духа воинов, для чего самим быть примером мужества, стойкости и воинской дисциплины».