В ходе допроса пленных выяснилось, что на погибшей подводной лодке можно найти много интересного. Практически сразу было принято решение о подъеме «U-250», после чего группа специалистов аварийно-спасательной службы флота под руководством капитана 3-го ранга А. Разуваева приступила к делу. Подводная лодка лежала на скалистой отмели на глубине 33 метра. Судоподъемные работы производились ночью, так как противник всячески препятствовал работе водолазов, обстреливая место гибели субмарины с юго-западного берега Выборгского залива. В ночь на 1 сентября немцы предприняли еще одну попытку уничтожить корпус подводной лодки глубинными бомбами со «шнелльботов», но ничего не добились, потеряв на мине торпедный катер «S-80».
14 сентября 1944 года «U-250» была поднята и отбуксирована в Кронштадт, где поставлена в док. Ожидание богатых трофеев оправдалось. В ходе осмотра отсеков подводной лодки на ней, кроме различных судовых документов, шифров, кодов, была обнаружена шифровальная машинка «Энигма-М», но самое главное — в наши руки попали новейшие самонаводящиеся акустические торпеды «Т-5» с эксплуатационными инструкциями. После того как торпеды были извлечены из подводной лодки и подняты на стенку дока, началось их доскональное изучение. Новые немецкие торпеды представляли интерес не только для советского командования. 30 ноября 1944 года премьер-министр Великобритании У.Черчилль обратился с посланием к И. В. Сталину: «…Адмиралтейство просило меня обратиться к Вам за помощью по небольшому, но важному делу. Советский Военно-Морской флот информировал Адмиралтейство о том, что в захваченной… подводной лодке были обнаружены две германские акустические торпеды Т-5… Изучение образца торпеды Т-5 было бы крайне ценным… Адмирал Арчер просил советские военно-морские власти, чтобы одна из двух торпед была немедленно предоставлена для изучения и практического испытания в Соединенном Королевстве…» Торпеду англичанам не передали, но предоставили необходимые документы и возможность изучить ее на месте. Эта тема затрагивалась еще в переписке глав двух стран 14 и 23 декабря 1944 года.
6 ноября 1944 года приказом наркома ВМФ была создана комиссия под председательством капитана 1-го ранга М. А. Рудницкого, на которую была возложена работа по изучению трофея. Советскую сторону интересовали как вопросы внедрения в СССР германского опыта подводного кораблестроения, так и особенности бытовых условий экипажа вражеской субмарины.
«U-250» вошла в состав ВМФ СССР под обозначением «ТС-14» («трофейная средняя») 20 апреля 1945 года, но в строй она так и не вошла, и уже через 4 месяца ее исключили из списков и сдали на разборку.
Тем временем борьба продолжалась. В последний день июля «U-370» в проливе Бьеркезунд потопила катер «МО-101». В начале августа немецкие подводные лодки были выведены из Выборгского залива. Район их действий переместился в Нарвский залив, где советские катера проводили траление южного фланга заграждения «Зееигель». Утром 5 августа «U-479» безуспешно атаковала торпедами группу катеров-тральщиков 1-го дивизиона, а затем, всплыв, пыталась задействовать палубное орудие. Находившийся здесь же малый охотник «МО-522» заставил подводную лодку погрузиться, а появившаяся авиация окончательно отогнала субмарину. На следующий день неудачную попытку вступить в бой с тральными силами предприняла «U-679». 26 августа против тральщиков немцы попробовали использовать несколько лодок для группового артиллерийского боя, но и эта попытка завершилась неудачей. Советская авиация буквально вымела немецкие корабельные дозоры вдоль линии заграждения. Доставалось и подводным лодкам. Хотя во всех случаях субмарины успевали погрузиться, это угнетающе действовало на экипаж. Действия немецких подводных лодок внутри контролируемой советским флотом зоны приносили пусть малые, но успехи. 25 августа у Шепелевского маяка «U-242» потопила килектор «ККО-2» и катер «ВРД-96». На следующий день «U-745» потопила тральщик «Т-45», бывший онежский буксир «Антикайнен», совершавший транспортный рейс по доставке оружия гарнизону острова Нерва.
В августе группа немецких лодок, действующих на Балтике, пополнилась «U-290», «U-717», «U-745» и «U-1001». В свою очередь, «U-748» и «U-1193» вернулись к своим обязанностям в составе учебной флотилии.
Сентябрь 1944 года круто изменил обстановку на балтийском театре. 2 сентября Финляндия объявила о разрыве с Германией. Вскоре финское правительство заключило перемирие с Советским Союзом. Финские подводные лодки были поставлены на прикол в Хельсинки. После подписания Парижского мирного договора в 1949 году Финляндия потеряла право иметь подводный флот. Финские субмарины были проданы на разборку в Бельгию, но одна из них избежала этой печальной участи. В 1962 году «Весикко» установлена в качестве национального мемориала в старой крепости Свеаборг близ финской столицы.
Тем временем советские войска начали наступление в Эстонии, и немецким подводным лодкам пришлось перебазироваться на Виндаву и Либаву. С выходом Финляндии из войны немецкие заграждения в Финском заливе потеряли свое значение. Они уже не могли препятствовать проникновению советских кораблей в открытую часть Балтийского моря. Задачи и районы действий для немецких подводных лодок изменились. Теперь им предстояло действовать в устье Финского залива, в шхерах между Ханко и Аландскими островами и в Ботническом заливе. Советский флот не торопился развертывать свои силы на финские порты. Поэтому в сентябре немецкие субмарины не провели ни одной атаки, ограничившись постановкой мин на шхерном фарватере у Порккала-Удд. (Мины ставили «U-242» и «U-1001», единственной их жертвой стал финский пароход «Ригель» 1495 брт. 28 октября.)
В октябре немецкие подводные лодки вели борьбу не только с советскими кораблями, но и с судами своего недавнего союзника — Финляндии. 9 октября южнее Ханко подводная лодка «U-370» повредила артогнем финский вооруженный буксир «764», конвоировавший каботажный пароход из Ханко в Осмуссаар, 15 октября у Осмуссаара «U-481» артогнем потопила 3 небольшие финские парусно-моторные шхуны общим тоннажем около 150 брт., а 24 октября примерно в этом же районе «U-958» уничтожила артиллерией финское судно «Линнеа» (40 брт.) и буксир «Пиикие». Из кораблей КБФ, возможно, жертвой «U-1165» мог стать малый охотник «БМО-512», погибший 17 октября северо-западнее полуострова Суурупи. 31 октября «U-475» у острова Осмуссаар добилась успеха, потопив самоходную баржу «СБ-2».
Зона подводной войны постепенно смещалась к западу. Последний раз в Нарвском заливе и Лужской губе немецкую подводную лодку (возможно, «U-479») видели в конце октября. Вскоре действия немецких субмарин сосредоточились в юга-западной части Финского залива и у островов Хийумаа и Сааремаа. В ноябре в группу «U-ботов», действующих против советского флота на Балтике, вошли «U-637» и «U-676».
18 ноября в 9 милях северо-западнее Палдиски «U-679» потопила охотник «СК-62». На следующий день в 8 милях от Осмуссаара «U-481» уничтожила несамоходную баржу «№ 112600». Командир «U-679» доложил, что в результате атаки 27 ноября близ Палдиски его субмариной потоплен тральщик типа «Фугас», на деле оказавшийся «стотонником» «Т-387». 24 декабря севернее мыса Пакринем торпедой «U-637» потоплен охотник «МО-594». 11 января 1945 года «U-745», которая сумела проникнуть в зону, контролируемую КБФ, в районе острова Аэгна потопила тральщик «Т-76» («Коралл»). Это была последняя победа немецких субмарин на Балтике. Уже в декабре 1944 года в устье Финского залива началось сооружение противолодочной позиции. При этом использовались трофейные сети немецко-финского заграждения между Наргеном и полуостровом Порккала-Удд. Суда из Швеции и Финляндии могли беспрепятственно ходить в советские nорты. Из 160 транспортов не повезло только вышеназванному пароходу «Ригель», nодорвавшемуся на мине.
