К моменту начала советско-финляндской войны подводные силы Балтфлота имели следующий состав: 1-я бригада подводных лодок под командованием капитана 1-го ранга Кузнецова К. М. при плавбазе «Смольный» и спасательном судне «Коммуна». В бригаду входили: 12-й дивизион в Таллине в составе одного минного заградителя «Л-1» (командир капитан-лейтенант Могилевский С. С.). Входившие в состав этого дивизиона подводные лодки «Л-2» и «Л-3» в конце ноября 1939 года были поставлены на длительный ремонт и участия в боевых действиях не принимали.
13-й дивизион в Таллине под командованием капитана 3-го ранга Тутышкина Г. Н. в составе: «С-1» (командир капитан-лейтенант Трипольский А. В.), «С-2» (командир капитан-лейтенант Соколов И. А.), «С-3» (командир капитан-лейтенант Малофеев К. И.).
16-й дивизион в Либаве в составе: «С-4» (командир капитан-лейтенант Абросимов Д. С.), «С-5» (командир капитан-лейтенант Бащенко А. А.), «С-6» (командир капитан-лейтенант Кульбакин Б. Ф.).
21-й дивизион в Таллине (с 11 ноября 1939 г. находился в подчинении командира 2-й бригады) под командованием капитан-лейтенанта Орла А. Е. в составе: «Щ-309» (командир капитан-лейтенант Веселов С. С.), «Щ-310» (командир старший лейтенант Овечкин Н. М.), «Щ-311» (командир капитан-лейтенант Вершинин Ф. Г.).
2-я бригада подводных лодок под командованием капитана 1-го ранга Косьмина Д. М., с 27 декабря 1939 г. капитана 2-го ранга Египко Н. П. Корабли бригады обеспечивала плавбаза «Полярная Звезда» в Таллине.
В бригаду входили: 17-й дивизион (командир капитан 3-го ранга Егоров В. А.) в составе: «Щ-317» (командир старший лейтенант Андронов А. Г., на момент начала советско-финляндской войны он был болен, поэтому лодкой командовал командир дивизиона), «Щ-318» (командир старший лейтенант Куликов Н. Н.), «Щ-319» (командир старший лейтенант Агашин Н. С.), «Щ-320» (командир капитан-лейтенант Мартемьянов Т. Г.) в Таллине.
22-й дивизион под командованием капитана 2-го ранга Червинского В. А. в составе: «Щ-322» (командир старший лейтенант Полещук В.А.); «Щ-323» (командир старший лейтенант Иванцов Ф. И.), «Щ-324» (командир капитан-лейтенант Коняев А. М.) в Таллине.
3-я бригада подводных лодок под командованием капитана 2-го ранга Виноградова Н.И. при плавбазах «Кронштадт» в Палдиски и «Ока» (командир интендант 3-го ранга Чернов Э. М.) в Таллине.
23-й дивизион под командованием капитана 3-го ранга Морозова Н. И. в составе: «М-72» (командир старший лейтенант Кулыгин Н. Н.), «М-73» (командир старший лейтенант Каланин В. П.), «М-74» (командир старший лейтенант Сазонов Д. М.), «М-75» (командир старший лейтенант Тарасов П. С.), «М-77» (командир старший лейтенант Чемоданов А. Е.) в- Ораниенбауме.
24-й дивизион под командованием капитан-лейтенанта Матвеева С. И. в составе: «М-71» (командир старший лейтенант Костылев Л. Н.), «М-76» (командир лейтенант Жаворонков Г. А.), «М-78» (командир старший лейтенант Афонин В. Д.), «М-79» (командир старший лейтенант Афанасьев В. К.), «М-80» (командир старший лейтенант Ярошевич Д. К.), «М-81» (командир старший лейтенант Кабо И. С.) в Таллине. Во время советско-финляндской войны дивизион находился в подчинении командира 2-й бригады подводных лодок.
26-й дивизион под командованием капитан-лейтенанта Юнакова Е. Г. в составе: «М-90» (командир старший лейтенант Сидоренко П. А.), «М-94» (командир старший лейтенант Ермилов В. А.), «М-95» (командир старший лейтенант Нечаев Н. П.), «М-96» (командир старший лейтенант Маринеско А. И.), «М-97» (командир старший лейтенант Мыльников А. И.), но из них лишь «М-90» закончила приемные испытания и вступила в строй.
Согласно предвоенным планам подводным лодкам КБФ ставились следующие задачи: уничтожить финские броненосцы береговой обороны и подводные лодки, предотвратив их уход в территориальные воды Швеции, прервать коммуникации Финляндии, не допуская подвоз войск и боевого снаряжения, а также высадку иностранных войск на Аландские острова, вести наблюдение за шведским флотом. Транспорты разрешалось уничтожать с соблюдением. международного права. Неограниченную подводную войну разрешалось вести только после правительственного объявления о зонах действий подводных лодок и получения особых указаний.
Для выполнения этих задач подводные лодки развертывались на 19 позициях. Позиции №№ 1 — 5 в Финском заливе занимали «малютки» 24-го дивизиона, а позиции №№ 6 — 19 (6 из них находились в Балтийском море, 4 — в Аландском море, 4 — в Ботническом заливе) обслуживали субмарины 1-й и 2-й бригады. Использование средних подводных лодок намечалось в одну смену. «Малютки» должны подменять друг друга. Для этого 23-й дивизион в Ораниенбауме должен был находиться в готовности к выходу в море.
За двое суток до начала войны с Финляндией началось развертывание подводных лодок на дозорных позициях в Балтийском море. В дозоре находились также эсминцы «Гордый», «Артем» и тральщик «Фугас». Охрана рейдов Таллина и Палдиски возлагалась на корабли эстонского флота. С началом войны подводным лодкам с дозорных позиций было приказана вернуться в Таллин, а субмаринам, находящимся на базах, начать развертывание на позициях согласно плану. С утра 30 ноября «малютки» 24-го дивизиона приступили к обслуживанию позиций №№ 1 — 5. Оно не было непрерывным. Все светлое время суток субмарины находились в назначенном районе в подводном положении, а вечером всплывали и отходили в среднюю и южную часть Финского залива, где ночью проводили зарядку аккумуляторов. В связи с тем, что после первых выходов на позиции две подводные лодки 24-го дивизиона потребовали ремонта, командование перебазировало в Палдиски из Ораниенбаума «малютки» 23-го дивизиона. Средние подводные лодки в начальный период войны заняли позиции №№ 6, 7, 11 и 15 — 19.
8 декабря 1939 года Советский Союз объявил о морской блокаде Финляндии, весь груз ведения которой был возложен на подводные лодки. Их действия осложняли суровые зимние условия, шторма и сильные морозы, отсутствие практики плавания в Ботническом заливе и финских шхерах, а также отсутствие подробных лоций и карт этих районов. Финны тем временем, прекратив судоходство в открытой части моря, вели активный подвоз материалов и вооружения как раз теми районами, которые являлись неблагаприятными для действий подводных лодок КБФ, — по шхерным фарватерам. 16 декабря в зону блокады включена и восточная часть Аландского моря, где под охраной шведских кораблей шло весьма оживленное судоходство. После того как вне зоны блокады было потоплено два нейтральных судна, нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов 13 декабря запретил обстреливать и топить суда нейтральных стран вне зоны блокады. С 20-х чисел января 1940 года тяжелая ледовая обстановка прекратила участие подводных лодок в блокадных действиях.
За 50 дней подводной «Зимней войны» подводниками Балтики потоплено разными видами оружия 5 транспортных судов, из них 4 единицы принадлежало нейтральным странам — Германии, Швеции и Эстонии. Один финский сторожевик стал жертвой трагической случайности при атаке советской подводной лодки. В свою очередь, балтийский подплав потерял подводную лодку «С-2» IX серии. Короткая военная карьера субмарины была следующей: 28 ноября 1939 года «С-2» под командованием капитана 3-го ранга И. А. Мороза вышла на позицию у северной оконечности острова Готланд (позиция № 16). Ничего, кроме германских транспортов, обнаружить не удалось, и уже 6 декабря подводная лодка вернулась в Либаву. 1 января 1940 года «С-2» ушла в свой последний поход. К этому времени лодкой командовал капитан-лейтенант Соколов Иван Александрович. На борту субмарины были также командир 13-го дивизиона ПЛ КБФ капитан 3-го ранга Тутышкин Гавриил Николаевич и флагманский штурман 1-й бригады ПЛ КБФ старший лейтенант Колесников Василий Кириллович. Вечером 2 января 1940 года «С-2» достигла Аландских островов и получила разрешение на форсирование Южного Кваркена. 3 января 1940 года в 04.20 была получена последняя квитанция с «С-2». Больше лодка на связь не выходила. 14 января плавбаза «Смольный», а 21 января лидер «Минск» якобы принимали сигналы с «С-2», но связь наладить они так и не смогли. Субмарина погибла на мине, выставленной в декабре 1939 года финским минным заградителем «Лоухи» в проливе Южный Кваркен у острова Маркет, и летом 1999 года обнаружена на дне шведскими подводными поисковиками.
