Во 2-ю бригаду подводных лодок (командир капитан 2-го ранга Орёл А. Е.) входили 6-й (командир капитан 2-го ранга Федотов М. В.), 7-й (командир капитан 3-го ранга Егоров В. А.), 8-й (командир капитан 3-го ранга Юнаков Е. Г.) дивизионы. 6-й и 7-й дивизионы базировались на Таллин, 8-й — на Ханко. В состав 6-го дивизиона входили «щуки» — «Щ-309», «Щ-310», «Щ-311» и плавбаза «Полярная Звезда». 7-й состоял из «Щ-317», «Щ-318», «Щ-319», «Щ-320», «Щ-322», «Щ-323» и «Щ-324» при плавбазах «Амур» и «Ока». 8-й состоял из «малюток» XII серии — «М-90», «М-94», «М-95», «М-96», «М-97», «М-98», «М-99», «М-102» и «М-103» и базировался на Ханко. В ночь на 22 июня 1941 года «М-99» находилась в дозоре в устье Финского залива.
Подводные лодки учебной бригады подводных лодок КБФ (командир контр-адмирал Заостровцев А. Т.) находились в Ленинграде и Кронштадте. В его состав входили 9-й дивизион под командованием капитан-лейтенанта Мохова Н. К. («М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76»), 13-й и 14-й («Л-1», «Л-2», «Л-20», «Л-21», «Л-22») дивизионы ПЛ. В отдельный учебный дивизион при учебном отряде подводного плавания в Ораниенбауме входили: «П-1», «П-2», «П-3», «Щ-301», «Щ-302», «Щ-305», «Щ-306», «Щ-307», «Щ-308», «Б-2», «Л-55». Кроме того, учебная бригада и отдельный учебный дивизион включали в себя ремонтирующиеся либо незавершенные постройкой «Щ-303», «Щ-304», «Щ-405», «Щ-406», «Щ-407», «Щ-408», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414», «Р-1», «М-200», «М-201», «М-202», «М-203», «М-204», «М-205», «М-206», «М-400», «М-401», «К-3», «К-22», «К-51», «К-52», «К-53», «К-54», «К-55», «К-56», «Д-2», «С-11», «С-12», «С-13», «С-19», «С-20», «С-21».
По уровню боевой подготовки подводные лодки делились на три линии. Первая включала в себя полностью боеготовые подводные лодки, т. е. не имевшие перерыва в боевой подготовке за исключением зимнего периода. Хотя начиная с 1940 года подготовка проводилась в течение всего года без деления на летний и зимний периоды, сезонность в ее проведении оставалась. Вторая линия включала в себя подводные лодки, находящиеся в ремонте либо имеющие значительную смену личного состава. К третьей линии относились подводные лодки, вновь построенные и недавно вступившие в строй. К началу войны КБФ насчитывал лишь 4 подводные лодки первой линии («М-78», «М-79», «М-96» и «М-97»). Остальные подводные лодки входили во вторую линию (26 единиц) и считались относительно боеспособными, числились на оргпериоде (11 единиц) или «вне линии», т. е. в ремонте.
В отличие от РККА первые залпы войны не застали флот врасплох. Несколько подводных лодок находились в боевом дозоре. Базы, наиболее приближенные к границе, были затемнены, часть крупных кораблей перебазирована в Кронштадт. В первый день войны советский ВМФ не потерял ни одного корабля. 23 июня началось развертывание подводных лодок КБФ в районах судоходства противника. «С-4» вышла в район Мемеля, «С-6» — в Померанекую бухту, «С-10» — в Данцигскую бухту, «Щ-309», «Щ-310» и «Щ-311» — в среднюю часть Балтийского моря, «М-90» — в Финский залив. На следующий день «С-5» вышла в район Борнхольма. Подводный минный заградитель «Л-3» выставил мины в районе Мемеля.
Последующие события, вероятно, стали холодным душем для командования флотом. 23 июня в своей оперативной зоне наткнулись на мины эсминец «Гневный» и крейсер «Максим Горький». Крейсеру оторвало нос, но его удалось отбуксировать в Кронштадт. Эсминец, получивший значительные повреждения, пришлось затопить.
«С-1» в таком состоянии подводную лодку увидели в Либаве немцы в конце июня 1941-го
Уже вечером 22 июня противник подошел к ВМБ Либава, где ремонтировались 6 подводных лодок и эсминец «Ленин». На следующий день пять субмарин и эсминец пришлось взорвать. Одна из ремонтирующихся подводных лодок сумела выйти из Либавы, но была перехвачена и потоплена германскими «шнелльботами». Еще одна подводная лодка потоплена германской субмариной при переходе из Либавы в Усть-Двинск. С каждым днем потери росли.
Следует отметить, что противник в это время не вел активных боевых действий на Балтике. Согласно директиве № 21 (план «Барбаросса»): «По отношению к Советскому Союзу военно-морской флот выполняет следующую задачу: охрана собственного побережья и недопущение прорыва вражеских военно-морских сил из Балтийского моря. Поскольку по достижении германскими войсками Ленинграда русский Балтийский флот лишится последней базы и окажется в безнадежном положении, крупных морских операций до этого следует избегать. После ликвидации русского флота встанет задача полного восстановления сообщения по Балтийскому морю, включая снабжение северного крыла армии, которое необходимо будет обезопасить (траление мин)». Те силы противника, которые действовали против КБФ, сумели без помех минировать воды в оперативной зоне советского флота, и наши корабли часто гибли, так и не успев сделать ни одного выстрела по врагу.
На первом этапе вторжения немцы прекратили свое судоходство по Балтийскому морю, но спустя три недели, к 12 июля, восстановили его в полном объеме. Так что недостатка в целях не было. Фактическим итогом действий советских подводных лодок на Балтике в июне — июле 1941 года стали приговоры военных трибуналов о расстреле командиров «С-8» и «Щ-308». 1-я бригада была практически разгромлена, потеряв из своего состава к сентябрю 1941 года 13 подводных лодок из 24 числящихся в ее составе к началу войны.
Противник советских подводников. Минный заградитель «Руотсинсалми».
Фронт стремительно откатывался на восток. Обстановка на театре развивалась настолько быстро, что командиры лодок, выходя в море, не знали, в какую базу им придется возвращаться. В конце августа советские войска оставили Главную базу флота Таллин, а в сентябре немцы были уже у Ленинграда. Флот снова оказался запертым в «Маркизовой луже». Принимая во внимание сложившуюся ситуацию, командование КБФ приняло меры к переброске части подводных лодок на другие театры. Строящиеся «малютки» XV серии («М-200», «М-201», «М-202», «М-203», «М-204», «М-205» и «М-206») были по внутренним водным путям переведены в Астрахань, где к концу войны три из них удалось достроить. На Каспий были также перебазированы недостроенные «С-19», «С-20», «С-21» и экспериментальная «М-401». В Молотовск (ныне Северодвинск) переведены для достройки имевшие высокую степень готовности «Л-20» и «Л-22».
На Север были отправлены новейшие «К-22», «К-3», «С-101» и «С-102». Три последние успели в начальный период войны совершить по одному боевому походу на Балтике. «С-101» (командир капитан 3-го ранга Векке И. К.) 27 июня вышла на позицию в западной части Ирбенского пролива. В течение 17 суток лодка отлеживалась на грунте, лишь изредка всплывая под перископ. Противник не был обнаружен, При возвращении на-базу «С-101» подверглась атаке вражеского самолета. Две сброшенные им бомбы, к счастью, не взорвались, хотя летчик добился прямого попадания (бомба попала в барбет 100-мм орудия и пробила цистерну главного балласта). Итогом похода стал выговор командиру от командования за проявленную пассивность.
