19 апреля 1943 года командиром «С-13» назначается капитан 3-го ранга Маринеско Александр Иванович (ранее командовал «М-96»)
В 1943 году немцы надежно перекрыли Финский залив минами и противолодочными сетями. 12 августа готовая к походу «С-13» перешла в Кронштадт, но, поскольку прорыв в открытую часть Балтики был невозможен, поход отменили, а 6 ноября субмарина встала на ремонт.
Только после выхода Финляндии из войны в сентябре 1944 года подводные лодки КБФ финскими шхерными фарватерами вновь получили возможность выходить на коммуникации противника. До октября 1944 года «С-13» проходила боевую подготовку. 1 октября субмарина вышла в свой следующий боевой поход. Утром 8 октября подводная лодка заняла позицию севернее полуострова Хель (позиция № 5). 9 октября «С-13» обнаружила и атаковала траулер «Зигфрид» (563 брт.), потратив на него впустую 4 торпеды. По докладу командира, заметив атаку (выпущено 3 торпеды), судно уклонилось от них резкой остановкой, четвертая торпеда прошла мимо, так как траулер увеличил ход. Подводники применили артиллерию (выпущено 39 100-мм и 14 45-мм снарядов), насчитав 11 попаданий. По докладу командира судно начало быстро тонуть. Посчитав дело сделанным, подводная лодка удалилась, но поврежденное судно все-таки сумело добраться до базы. (По некоторым данным, жертвой «С-13» стало учебное судно «Нордпол» в 363 брт., которое погибло.) 11 ноября «С-13» благополучно вернулась из похода.
19 ноября «С-13» пришла в Хельсинки, где прошла доковый ремонт. 22 декабря подводная лодка прибыла на Ханко, откуда 11 января 1945 года снова отправилась в боевой поход. Это был самый успешный поход «С-13» и звездный час ее командира. Лодке предстояло патрулирование района между маяком Риксхёфт и Кольбергом (позиция № 4-новая). Несколько раз лодка обнаруживала конвои, но каждый раз противодействие кораблей эскорта заставляло ее отступать. Наконец, 30 января в 21.10 (везде время московское) лодка обнаружила лайнер «Вильгельм Густлов» (25 484 брт.), на борту которого находилось около 6600 человек, в основном гражданских беженцев. Когда подводная лодка обнаружила судно, она двигалась в направлении 105 — почти строгим контркурсом относительно «Густлова». Скорость и лодки, и лайнера составляла 12 узлов. Через 14 минут командир «С-13» определил элементы движения цели и начал сближение. Охранение «Густлова» состояло из миноносца «Лёве», который с подводной лодки не был обнаружен. (Назначенный в эскорт торпедолов «TF-1» из-за возникновения течи убыл на базу.) В 21.24 «С-13» начала сближение с целью, а через две минуты перешла в позиционное положение. Цель начала удаляться. В 21.35 «С-13» всплыла и увеличила ход. Курсовой угол лайнера на подводную лодку составлял 120 с левого борта. Поняв, что судно ускользает, подводная лодка выжимала из двигателей все возможное. В 21.55 «С-13» легла на курс 280°. Началась часовая гонка за целью. Наконец, 23.04 «С-13», ложится на боевой курс 15° — строго перпендикулярно левому борту «Густлова». 23.08 командир дает команду «Пли». В момент, когда торпеды покинули торпедный аппарат, дистанция до цели составляла 4,5 кбт, расчетный угол встречи — 85°. Из четырех торпед, подготовленных к пуску, одна не вышла из-за неисправности автомата-коробки торпедного аппарата, зато три других попали в цель. Через час судно затонуло, унеся с собой жизни около 5,5 тысячи человек. Пока «Лёве» и суда шедшего следом конвоя занимались спасением людей с «Густлова», «С-13» покинула место катастрофы. Правда, миноносец «Т-36» сбросил 12 глубинных бомб, разрывы которых слышали на подводной лодке.
«Генерал Штойбен».
Заключительным аккордом стала атака 10 февраля. В 2.50 «С-13» выпустила две торпеды по легкому крейсеру типа «Эмден» в сопровождении двух миноносцев. Реально — госпитальное судно (бывший лайнер) «Генерал Штойбен» (14 660 брт.) в охранении миноносца «Т-196» и торпедолова «TF-10». На борту судна находились 2680 раненых военнослужащих вермахта, 270 человек медицинского персонала, 100 солдат, 285 членов экипажа и порядка 900 гражданских лиц, беженцев. Судно затонуло, став братской могилой для более 3,5 тысячи человек. Корабли эскорта, занятые спасением терпящих бедствие, не преследовали «С-13», и она благополучно покинула место катастрофы. 15 февраля лодка прибыла в Турку, а 20 апреля 1945 года «С-13» награждена орденом Красного Знамени. В этот же день «С-13» вышла в последний боевой поход. Подводной лодке предстояло действовать южнее острова Готланд (позиция № 8). В качестве обеспечивающего на борту субмарины в море вышел начальник подводного плавания КБФ контр-адмирал А. М. Стеценко. Выйти в атаку ни разу не удалось, в то время как сама лодка несколько раз становилась объектом атаки подводных лодок и авиации противника. По заключению командира бригады подводных лодок капитана 1-го ранга Александра Евстафьевича Орла о действиях командира «С-13» Маринеско в последнем боевом походе:
«Генерал Штойбен» в камуфляжной окраске.
«1. За период нахождения в море, на позиции, в зоне интенсивного движения противника с 23.04.45 г. 7 раз обнаруживал цели, но атаковать не мог…
2. 24.04 в 23.38 по ШП обнаружил конвой, но, всплыв в надводное положение, не смог открыть люка… Атака сорвалась, так как в перископ ничего видеть в это время было нельзя.
3. 26.04 в 01.35 обнаружил работу поискового прибора… Возможность атаковать упущена из-за неправильных действий командира.
4. 27.04. в 22.46 по ШП обнаружила шум ТР и работу двух УЗПН. Через 7 мин. в расстоянии 35 кбт визуально обнаружил ТР в охранении двух СКР и двух СКА. Командир от атаки отказался, ввиду большой видимости. Действия командира неправильные: до этого он вывел ПЛ в светлую часть горизонта, а потом не пошел за противником, не перешел в темную часть горизонта…
5. 28.04 в 16.41, находясь под водой, по ШП обнаружил шум ТР и работу двух УЗПН… Командир увеличил ход до 4 узлов и через 14 мин. от атаки отказался, считая себя вне предельного угла атаки… Возможность атаки упущена по вине командира, который не стремился сблизиться с противником, а берег батарею, боясь, что ее придется заряжать несколько ночей подряд.
6. 28.04 в 19.23 обнаружили шум ТР… В перископ противника не видел. Через девять минут командир якобы установил, не меняя трехузлового хода, что находится вне предельного угла атаки.
7. 02.05 по ШП обнаружили шум ТР… По-видимому, командир неправильно определил сторону движения и потому с противником не сблизился…
8. 03.05 в 10.45 в перископ обнаружил ТР в охранении двух СКР, но атаковать не сумел из-за неправильного маневрирования.
Вывод: Боевую задачу ПЛ не выполнила. Действия командира неудовлетворительные…»
23 мая 1945 года «С-13» вернулась на базу.
После войны подводная лодка служила на Балтике. 7 сентября 1954 года «С-13» выведена из боевого состава, разоружена и переоборудована в плавучий кабинет боевой подготовки 2-го ВВМУ (с 6 октября 1954 года «КБП-38»). 23 марта 1956 года переведена в группу плавсредств НИИ ВМФ № 11. 17 декабря 1956 года «С-13» исключена из списков и сдана на слом.
