В Таллине подводная лодка встала на восстановительный ремонт. Вместо погибшего командира на «Щ-405» назначен капитан 3-го ранга Волошин Константин Михайлович. (По данным М. Морозова, он не успел вступить в командование подводной лодкой, погибнув на борту «БТЩ-214» при переходе из Кронштадта в Таллин 24 августа 1941 года, по данным В. Лурье, К. М. Волошин погиб 21 ноября 1941 г.).
28 августа «Щ-405» в составе отряда прикрытия совершила прорыв из Таллина в Кронштадт. На борту подводной лодки находились штаб и командование 2-й бригады ПЛ.
31 августа «Щ-405» перешла в Ленинград, где встала на ремонт на заводе № 194.
1 сентября командиром «Щ-405» стал капитан 2-го ранга Федотов Михаил Васильевич, бывший командиром 6-го дивизиона подводных лодок. (По данным М. Морозова, вступил в командование лодкой до таллинского перехода — 27 августа).
1 октября в командование подводной лодкой вступил капитан 3-го ранга Грачев Иван Васильевич, потерявший. свою «Щ-301» в ходе таллинского прорыва. 16 октября «Щ-405» завершила ремонт.
Всю первую блокадную зиму подводная лодка простояла в Ленинграде. Экипаж занимался боевой учебой, и к началу кампании 1942 года «Щ-405» считалась одной из самых боеготовых лодок флота.
В ночь на 8 июня «Щ-405» перешла в Кронштадт, откуда вечером 11 июня вышла к Лавенсари для дальнейшего следования в район Норчёпингской бухты (позиция № 4). До Шепелевского маяка подводную лодку сопровождал сторожевой катер. Здесь, согласно инструкции, подводная лодка легла на грунт, пережидая светлое время суток. С наступлением темноты «Щ-405» всплыла и в надводном положении продолжила движение. В ночь на 13 июня подводная лодка наблюдалась постом СНиС на острове Сескар. До Лавенсари оставалось несколько часов хода, но туда лодка так и не прибыла.
Днем 15 июня в четырех милях западнее Сескара (60°01′ с.ш./28°13′ в.д.) сторожевые катера подобрали из воды тела помощника командира подлодки капитан-лейтенанта М. С. Бакутина и старшего рулевого В. В. Жулепникова. Спустя сутки к берегу Сескара прибило труп командира «Щ-405» И. В. Грачева. Учитывая то, что на всех погибших были надеты капковые бушлаты, можно сделать вывод, что подводная лодка погибла, находясь в надводном положении. Так как ни финны, ни немцы не претендуют на потопление «Щ-405», а сама подводная лодка до сих пор не найдена, можно лишь предполагать о причинах ее гибели.
Поиск корабля, проведенный силами авиации, показал наличие большого масляного пятна в 3 милях северо-западнее банки Нагаева, в месте, где, как выяснилось после войны, немцы установили минное заграждение «Тигр». Кроме того, можно предположить повторение истории августа 1941 года с более трагическими последствиями. На подводной лодке в ее последнем походе было 40 членов экипажа.
2 боевых похода:
21.07.1941-15.08.1941.
11.06. 1942 — из похода не вернулась.
В торпедные атаки не выходила.
Щ-406 X-БИС СЕРИЯ
Головная подводная лодка X-бис серии. Заложена 31 декабря 1938 года на заводе № 194 в Ленинграде под стапельным номером 511. 17 декабря 1939 года спущена на воду и 7 мая 1941 года под заводским флагом передана КБФ. Через месяц подводная лодка вступила в строй и 28 июня 1941 года официально вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало Великой Отечественной войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Максимова Владимира Васильевича в составе учебной бригады ПЛ в Кронштадте, где завершала программу испытаний. Степень технической готовности корабля составляла 98 %.
Уже 11 июля подводная лодка перешла в Таллин, откуда 13 июля, всего через 15 дней после вступления в состав флота, направилась в район Карлскрона — остров Борнхольм (позиция № 2). Патрулирование указанного района не принесло результата. Командир подводной лодки, видя неподготовленность экипажа, вел себя достаточно пассивно. Большую часть времени подводная лодка находилась на глубине 20–25 м достаточно далеко от берега, лишь изредка подвсплывая под перископ. Единственная встреча с противником произошла при возвращении на базу, когда в ночь на 2 августа в проливе Соэловяйн «Щ-406» обнаружила германскую «U-144». Подводные лодки уклонились друг от друга погружением, и утром 2 августа «Щ-406» благополучно прибыла в Триги. 5 августа подводная лодка перешла в Кронштадт, а затем в Ленинград.
Здесь «Щ-406» ждала смена командира. Подводя итоги ее первого похода, командование учло слабую подготовку экипажа подводной лодки. В сентябре 1941 года командиром «Щ-406» назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3-го ранга, капитан 2-го ранга) Осипов Евгений Яковлевич.
Первую блокадную зиму «Щ-406» провела в Ленинграде, начав кампанию 1942 года в составе первого эшелона подводных лодок, выходивших на коммуникации противника. 14 июня подводная лодка перешла в Кронштадт, вечером 21 июня на Лавенсари, откуда в ночь на 24 июня вышла на позицию в район Стокгольма (позиция № 5).
Форсируя Финский залив, в ночь на 25 июня при уклонении от сторожевых кораблей противника «Щ-406» несколько раз ударялась о грунт, повредив в носовой части легкий корпус, а затем в районе банки Калбодагрунд подверглась атаке самолета. Бомбы взорвались неподалеку. На подводной лодке вышло из строя управление вертикальными и горизонтальными рулями, и нарушилась изоляция аккумуляторной батареи, повреждены перископы. Впрочем, один из перископов быстро исправил штурманский электрик старшина 2-й статьи Лапшонков. Для устранения повреждений субмарина была вынуждена лечь на грунт. Наконец, 28 июня, подводная лодка завершила форсирование Финского залива и спустя двое суток заняла указанный район. Тогда же «Щ-406» получила приказ включить в зону своих действий район позиции № 4 (Норчёпингская бухта).
Утром 6 июля в 5 милях севернее маяка Хевринге Осипов провел свою первую торпедную атаку по транспорту из состава конвоя. Через 2,5 минуты на подводной лодке слышали два взрыва и посчитали судно потопленным. Был атакован транспорт из состава конвоя под эскортом шведских кораблей. Торпеды взорвались, ударившись о скалу Геддан. Сторожевой корабль «Капарен» так же безуспешно сбросил на большом удалении от подводной лодки 9 глубинных бомб.
Спустившись южнее к маяку Херадшер, днем 7 июля с дистанции 8 кбт «Щ-406» вновь атаковала конвой. Через 1 минуту после пуска торпеды на подводной лодке был услышан взрыв большой силы. На субмарине посчитали цель пораженной. Ни германская, ни шведская сторона не указывают, какое судно подверглось нападению, соответственно не подтверждая успех атаки. Реальный успех пришел на следующий день. На исходе 8 июля «Щ-406» в 9 милях восточнее маяка Сандсенкан атаковала одиночное судно. Торпеда поразила германскую шхуну «Фидес» (545 брт.), которая удержалась на плаву только благодаря Находившемуся на борту грузу леса.
Шведы не раз протестовали по поводу атак шведских судов советскими подводными лодками. Не желая дальнейших инцидентов, нарком ВМФ СССР адмирал Н. Г. Кузнецов приказом от 14 июля запретил атаки в территориальных водах Швеции. Поскольку коммуникации противника проходили вдоль берега, подводным лодкам, развернутым у шведского побережья, было приказана перейти на новые позиции.
