16 июля «Щ-406» перешла для действий в Аландское море, но и здесь суда под шведским флагом попали под удар, хотя по прибытии в новый район подводная лодка три раза по разным причинам отказывалась от атаки. Днем 22 июля в 13 милях западнее Мариенхамна «Щ-406» выпустила две торпеды по транспорту из состава конвоя. Услышав после пуска торпед два сильных взрыва, на «Щ-406» посчитали, что цель поражена. В действительности торпеды прошли вблизи шведского судна «Беле». Сопровождавшие конвой эсминцы «Норчёпинг», «Карлскрона» и сторожевик «Капарен», наводимые гидросамолетом, безрезультатно сбросили на подводную лодку 56 глубинных бомб.
Спустя три дня в 8 милях северо-восточнее маяка Симпнесклубб «Щ-406» выпустила две торпеды по конвою. На подводной лодке слышали два взрыва, но эскорт не преследовал лодку. Возможные жертвы нападения оставляют без комментариев данную атаку.
На подводной лодке подходили к концу топливо и продовольствие. 28 июля «Щ-406» начала возвращение на базу и 30 июля приступила к форсированию Финского залива. В ночь на 3 августа подводная лодка прибыла в Нарвский залив для встречи с катерами, которые должны были сопровождать возвращавшиеся с позиций подводные лодки «Щ-406» и «Щ-303» до базы. Командование Островного района не смогло должным образом организовать встречу, зато вместо наших катеров появились корабли противника, которые устроили охоту за подводными лодками. Осипов решил самостоятельно идти на Лавенсари, куда лодка прибыла вечером 7 августа. В ночь на 9 августа «Щ-406» ошвартовалась в Кронштадте.
Командование высоко оценило второй поход «Щ-406», засчитав на счет подводной лодки уничтожение 5 судов противника общим водоизмещением более 29 000 тонн. Командиру подводной лодки Е. Я. Осипову присвоили звание Героя Советского Союза, сам корабль награжден орденом Красного Знамени (оба приказа объявлены 23 октября 1942 года). Не был забыт и экипаж подводной лодки, удостоенный орденов и медалей.
После межпоходового ремонта «Щ-406» снова вышла в море в ночь на 21 октября. В это время на вражеских коммуникациях развертывался третий эшелон подводных лодок КБФ. В условленной точке эскорт оставил лодку, и она, погрузившись, направилась в северную часть Данцигской бухты (позиция № 2). К началу суток 24 октября «Щ-406» без особых происшествий завершила форсирование Финского залива и 26 октября заняла указанный район у маяка Брюстерорт. Уже вечером этого же дня подводной лодке представилась возможность атаковать. Из надводного положения «Щ-406» выпустила две торпеды по одиночному судну, водоизмещение которого Осипов оценил в 12 000 тонн. Одна торпеда затонула, задев за срез торпедного аппарата, другая попала в правый борт транспорта. На подводной лодке зафиксировали сильный взрыв и крен судна. Желая окончательно добить судно, через семь минут подводная лодка повторила атаку. Две выпущенные торпеды прошли мимо. Ни противник, ни нейтралы не комментируют эту атаку. Объект нападения также неизвестен. Во многих источниках жертвой этой атаки называют пароход «Меркатор» (4660 брт.), однако это судно по ошибке потоплено немецкой подводной лодкой «U-31» 1 декабря 1939 года в Бискайском заливе.
Продолжая патрулирование района, подводная лодка переместилась к маяку Стило, где днем 28 октября атаковала одиночно идущее судно. Торпеда прошла мимо. Осипов, опознав принадлежность судна Швеции, от повторной атаки отказался. Возможно, в этот день повезло шведскому пароходу «Тиланд». Вечером того же дня «Щ-406» обнаружила судно, оцененное командиром в 8000 тонн, шедшее без охранения. По нему был дан залп из двух торпед, но они прошли мимо. Подводная лодка начала преследование цели и около полуночи повторила атаку, но торпеду сбило с курса. Через полчаса была выпущена еще одна торпеда, которая попала в цель. Судно разломилось на две части и затонуло. Приблизившись к месту гибели транспорта (54°58′ с.ш./17°26′ в.д.), «Щ-406» подобрала из воды 7 человек. От них командир подводной лодки узнал, что на этот раз жертвой атаки субмарины стало шведское судно «Бенгт Стуре» (872 брт.), которое доставило в Данциг железную руду и возвращалось в Швецию с грузом угля. Капитан парохода Стурре Хедберг, первый штурман Ион-Арне Вальтер, второй штурман Пер-Ивар-Альфред Каппели, механик Густав Руслинд, матрос Нильс Фрик, кок Зекиль Телин и буфетчица Кетти-Мария фон Хамм взяты на борт подводной лодки. Остальные члены экипажа потопленного судна (8 человек) погибли.
Последнюю оставшуюся торпеду «Щ-406» использовала для атаки, которая произошла вечером 1 ноября в 8 милях севернее маяка Риксгафт. Финский параход «Агнесс» в 2983 брт. с грузом кокса пошел ко дну. Вместе с судном погибли 4 человека.
Оставшись без торпед, «Щ-406» начала возвращение на базу. Происшествий, за исключением двух случаев касания минрепов при прохождении минного заграждения «Зееигель», не было. 7 ноября «Щ-406» прибыла на Лавенсари, где передала пленных коменданту Островного района. Дальнейшие следы шведов теряются. Известно, что до декабря 1942 года они допрашивались разведотделом флота. По данным И. Г. Устименко, их видел в лагере для военнопленных № 7099 под Карагандой финн Хейно Йоента.
Вечером 10 ноября «Щ-406» прибыла в Ленинград для ремонта и зимней стоянки. К концу апреля 1943 года корабль был подготовлен к боевому походу. В ночь на 1 мая «Щ-406» совместно с «Щ-323» начала переход в Кронштадт. У выхода огражденной части Морского канала на «Щ-406», которая шла головной, вышел из строя гирокомпас. Подводные лодки поменялись местами. Вскоре «Щ-323» подорвалась на неконтактной мине и затонула. «Щ-406» прибыла в Кронштадт. В ночь на 25 мая субмарина перешла на Лавенсари для выхода на позицию, расположенную в северной части Данцигской бухты. 29 мая тральщики и сторожевые катера проводили «Щ-406» до точки погружения на Восточном Гогландском плесе.
Где и когда погибла «Щ-406» — неизвестно. 1 июня на подходе к Нарген-Поркалаудскому противолодочному рубежу авиационной разведкой была обнаружена и атакована советская подводная лодка. Ее атаковали финский минный заградитель «Риилахти» и германский самолет «Арадо-196». После сбрасывания глубинных бомб с лодки началось интенсивное выделение соляра и воздушных пузырей, на поверхности воды появились обломки дерева. Противник прослушивал взрывы на самой лодке. Масляное пятно в этом месте держалось несколько дней. В этот же день в районе острова Вайндло германская авиация и корабли 24-й десантной флотилии бомбили подводную лодку, наблюдая признаки ее вероятной гибели. В этот период силы ПЛО противника провели ряд атак по находившимся в этом районе кроме «Щ-406» подводным лодкам «Щ-303» и «Щ-408». Вполне вероятно, подводная лодка погибла на минах, количество которых в Финском заливе насчитывало более 20 000 штук. По вызывающим сомнения данным А. Широкорада, подводная лодка поднята противником 11 октября 1943 года. На борту «Щ-406» в ее последнем походе находилось 39 человек.
4 боевых похода:
13.07.1941-02.08.1941.
16.06.1942-09.08.1942.
21.10.1942-07.11.1942.
29.05.1943 — из похода не вернулась.
Провела 12 торпедных атак с выпуском 18 торпед. По официальным данным, потопила 5 судов (11 660 брт.). По подтвержденным данным, потопила 2 судна (3855 брт.): «Бенгт Стуре» (872 брт., 29.10.1942), «Агнесс» (2983 брт., 01.11.1942). Шхуна «Фидес» (545 брт., 08.07.1942) повреждена. Результаты трех атак (07.07.1942, 25.07.1942 и 26.1 0.1942) нуждаются в подтверждении.
