Вечером 17 октября 1941 года «М-97» снова вышла в море для действий на коммуникации Таллин — Хельсинки. Еще на Кронштадтском рейде субмарина столкнулась с буксирным катером и повредила форштевень, что не помешало ей продолжить поход. Проникнув в Таллинскую бухту, утром 24 октября у Екаринентальского створа «М-97» атакует судно противника, и хотя на субмарине слышали взрыв, атакованное «М-97» немецкое судно «Хохенхёрн» благополучно прибыло в место назначения. В этот же день подводная лодка имела еще один контакт с противником, но из-за большой дистанции не атаковала. Последнюю оставшуюся торпеду «М-97» выпустила днем 25 октября в 7 милях южнее плавучего маяка Хельсинки. Атакованный караван судов под прикрытием авиации потерь не понес. В связи с израсходованием боезапаса «М-97» 27 октября вернулась в Кронштадт, а в ноябре 1941 года перешла в Ленинград для зимней стоянки и ремонта.
14 января 1942 года на подводной лодке сменился командир. Вместо капитана 3-го ранга Мыльникова, принявшего «С-9», на «М-97» пришел капитан-лейтенант Дьяков Николай Васильевич.
14 февраля «М-97», пришвартованная у моста Строителей в Ленинграде, получила повреждения при артобстреле. Попадание снаряда пришлось на рубку и прочный корпус в районе 37 — го шпангоута. Подводная лодка получила 44 осколочные пробоины в надстройке и 96 в ограждении рубки.
27 мая 1942 года отремонтированная субмарина самостоятельно перешла из Ленинграда в Кронштадт, а 28 мая — к острову Лавенсари, откуда на следующий день вышла к Восточному Гогландскому плесу с задачей разведки противолодочной обороны противника. Для зарядки аккумуляторов субмарина оставляла позицию и приходила на Лавенсари. 4 июня «М-97» произвела разведку острова Гогланд, но дальнейшее патрулирование пришлось прекратить из-за неисправности головки перископа, которая стала пропускать воду. 16 июня «М-97» прибыла в Кронштадт и встала на ремонт.
Последний поход «М-97» начался вечером 25 августа 1942 года. В ночь на 1 сентября она в сопровождении тральщиков вышла с Лавенсари в точку погружения на Восточном Гогландском плесе для следования на позицию между Таллином и Хельсинки. Больше подводная лодка на связь не выходила и на базу не вернулась. По финским данным, около полуночи 2 сентября южнее Тийскери «М-97» была потоплена артогнем и глубинными бомбами сторожевых катеров «VMV-1» и «VMV-2». В 1990 году подводная лодка была обнаружена на дне Финского залива южнее Хельсинки в точке 59°50′ с.ш./24°30′ в.д. Субмарина погибла на мине заграждения «Насхорн», вместе с ней в море осталось 20 членов ее экипажа.
5 боевых походов:
07.07.1941-17.07.1941.
11.09.1941-20.09.1941.
17.10.1941-27.10.1941.
28.05.1942-16.06.1942 (с перерывами).
25.08.1942 — из похода не вернулась.
Произвела 2 безуспешные торпедные атаки с выпуском 2 торпед.
М-98 XII СЕРИЯ
Заложена 22 июня 1939 года на заводе № 196 в Ленинграде под строительным номером С.120. 15 апреля 1940 года подводная лодка спущена на воду и 10 июля 1940-го вступила в строй. 1 августа 1940 года «М-98» вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало Великой Отечественной войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Беззубикава Ивана Ивановича в составе 8-го дивизиона 2-й бригады ПЛ КБФ на Ханко. Субмарина только-только прошла в Либаве текущий ремонт и поэтому числилась в оргпериоде.
19 июля 1941 года «М-98» прибыла в Триги, откуда около 00.00 часов 21 июля вышла для несения дозора северо-западнее мыса Ристна (позиция № 9). Подводная лодка шла в паре со своим сиетершипом «М-94» под эскортом катеров-тральщиков. Пройдя Соэло-Вяйн, эскорт оставил подводные лодки, и они продолжили движение самостоятельно. Около 8 часов в районе маяка Кыпу «М-94» была потоплена торпедой с немецкой субмарины «U-140». «М-98» счастливо избежала попадания, после чего приняла участие в спасении части экипажа своей менее счастливой подруги.
Видимо, гибель «М-94» произвела сильное впечатление на командира «М-98» Беззубикова. Большую часть времени патрулирования на позиции лодка лежала на грунте, и лишь ночью на короткое время она всплывала на поверхность для вентиляции отсеков. В конце концов в оптическую систему перископа просочилась вода, и «М-98» ничего не оставалось, как вернуться на базу, куда она прибыла 26 июля.
Результат похода не удовлетворил командование. Командир подводной лодки получил строгий выговор с предупреждением, если подобный случай повторится, то он будет предан суду военного трибунала, что, учитывая обстановку того времени, означало расстрел.
В конце июля 1941 года «М-98» пришла в Таллин, где прошла докование.
28 августа советские войска покинули столицу Эстонии. «М-98» входила в Отряд прикрытия. В районе острова Аэгна подводная лодка покинула караван и направилась на позицию в район восточнее маяка Порккалан-Каллбода с задачей прикрытия перехода кораблей и судов. До 2 сентября субмарина находилась на позиции, но встреч с противником не имела и 4 сентября самостоятельно вернулась в Кронштадт.
В ночь на 28 сентября «М-98» вновь вышла в боевой поход (позиция № 6 в Нарвском заливе). История июльского похода повторилась. Командир субмарины действовал крайне пассивно, большую часть времени подводная лодка провела на грунте и встреч с противником не имела.
9 октября «М-98» вернулась в Кронштадт. По возвращении субмарины из похода командование бригады подводных лодок возбудило ходатайство о предании командира «М-98» капитан-лейтенанта Беззубикава суду военного трибунала. Командир «М-98» избежал суда. 13 ноября 1941 года «малютка» под его командованием вновь вышла в боевой поход для действия на коммуникации Таллин — Хельсинки. До меридиана острова Найссар подводная лодка должна была следовать в составе конвоя на Ханко. В ночь на 14 ноября в районе острова Кери караван попал на плотное минное поле. На минах подорвались эсминец «Суровый» и подводная лодка «Л-2».
Около 01.20 «М-98» вышла из состава конвоя, и, взяв курс на севера-запад, погрузилась. Больше ее никто не видел и не слышал. В 01.57 на кораблях конвоя в направлении «М-98» были услышаны два сильных взрыва. Вероятно, подводная лодка погибла на мине заграждения D.35 или D.46. Также не исключена возможность гибели субмарины на плавающей мине в районе Таллина, а также ошибка личного состава или отказ техники. На «М-98» в ее последнем походе было 18 человек.
По данным К. Стрельбицкого, летом 1999 года на дне Финского залива (точное место не указано) обнаружена «Малютка» XII серии. Ее тактический номер неизвестен. Фактически ею может оказаться «М-98», «М-95» или «М-96».
4 боевых похода:
17.07.1941-29.07.1941.
28.08.1941-06.09.1941.
28.09.1941-09.10.1941.
12.11.1941 — из похода не вернулась.
В торпедные атаки не выходила.
М-99 XII СЕРИЯ
Заложена 26 июня 1939 года (по другим данным, 22-го) на заводе № 196 (Новое Адмиралтейство) в Ленинграде. Заводской номер 121. 15 апреля 1940 года подводная лодка спущена на воду. 3 июля 1940 года «М-99» вступила в строй и 23 июля вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
