ПЛ «Калев» и ПЛ «Лембит».
19 августа 1940 года, с присоединением Эстонии к СССР, «Лембит» включен в состав Краснознаменного Балтийского флота. Прежний командир подводной лодки капитан-лейтенант Шмидехельм, немец по национальности, сразу покинул корабль. Вместе с ним ушли и офицеры-эстонцы. Принимая во внимание, что на корабле заграничной постройки приборы и механизмы имели существенное отличие от отечественных и для их обслуживания требовалась особая подготовка, на «Лембите» была оставлена часть старого эстонского экипажа. На подводной лодке остались служить боцман Л. Д. Пере, старшины групп Э. М. Аартее (торпедистов), А. Я. Сикемяэ (мотористов), Т. Б. Сумера (электриков), Р. М. Кирикмаа (трюмных).
ПЛ «Калев» и ПЛ «Лембит».
Первый день Великой Отечественной войны подводная лодка встретила в составе 3-го дивизиона 1-й бригады в Либаве. Командовал кораблем капитан-лейтенант Полещук Владимир Антонович. Уже на исходе 22 июня 1941 года субмарине пришлось покинуть базу, где остался большой запас мин английского производства, предназначавшийся подводным минзагам британской постройки. Фронт стремительно откатывался на восток. 23 июня подводная лодка прибыла в Виндаву, 25-го — перешла в Усть-Двинск, 27-го — в Кувайсте, 1 июля субмарина была уже в Палдиски. 5 июля «Лембит» прибыл в Кронштадт, где до конца месяца проходил докование. 3 августа подводная лодка переходит в Таллин, откуда начинает свои первые выходы на позиции.
Вечером 10 августа подводная лодка вышла на свою первую минную постановку в район мыса Аркана. До меридиана мыса Ристна «Лембит» эскортировался базовыми тральщиками и сторожевыми катерами, после чего продолжил поход самостоятельно. 15 августа подводная лодка попала в сильный шторм, из-за чего вышла из строя гидравлическая система. Так как многие приборы и механизмы корабля действовали на гидравлике, то одновременно вышли из строя системы управления вертикальными и горизонтальными рулями, подъема перископов, минного устройства и открытия люка корабельного орудия. За те три часа, пока подводная лодка продолжала движение, удерживаясь на курсе электромоторами, три члена экипажа во главе с мичманом Аартее сумели привести корабль в боеспособное состояние. Утром 17 августа «Лембит» прибыл на позицию и вечером того же дня в 13,5-15 милях севернее мыса Аркона выставил минное заграждение из 20 мин (5 банок по 4 мины), после чего начал возвращение на базу. Встреченная эскортом, подводная лодка вечером 21 августа прибыла в Таллин.
Часто упоминаемые суда, отнесенные к минным успехам «Лембита» за 1941 год, погибли на самом деле либо на плавающих минах, сорванных с германских оборонительных заграждений, либо наткнулись на британские мины, выставленные авиацией. (Транспорт «Шванек» в 2194 брт. погиб 17 ноября 1941 года у Кольберга, паром «Штарке» тяжело поврежден 26 февраля 1942 года у Засница, шведский транспорт «Вольрат Там» в 5787 брт. погиб в Северном море 10 ноября 1941 года. Информации о повреждении учебного судна «Дойчланд» на сегодняшний день нет.) Заграждение «Лембита» установлено в стороне от судоходного фарватера и, скорее всего, было безрезультатным.
В Таллине подводная лодка пробыла недолго. Немцы были уже на подходах к базе. 28 августа в составе отряда главных сил «Лембит» покинул эстонскую столицу. Благополучно завершив печально известный таллинский прорыв, на следующий день подводная лодка благополучно прибыла в Кронштадт. 30 августа подводная лодка получила нового командира. Им стал капитан 3-го ранга Алексей Михайлович Матиясевич. Скорее всего, тогда же, по возможности, заменили остатки эстонского экипажа. Списанные старшины были направлены в национальную эстонскую бригаду и принимали участие в боях на сухопутном фронте.
Осенью 1941 года советское командование, опасаясь появления крупных немецких кораблей на подходах к Ленинграду и Кронштадту, развернуло на ближних подступах к базе подводные лодки. Вечером 19 октября «Лембит» вышел в Нарвский залив (позиция № 5). Это был первый выход «Лембита» в море с новым командиром. За время патрулирования в назначенном районе подводная лодка несколько раз имела встречи со сторожевыми катерами противника. Один раз был обнаружен транспорт. «Лембит» не атаковал и утром 26 октября благополучно вернулся в Кронштадт.
В ночь на 5 ноября подводная лодка вышла к южному входу в Бьеркезунд. Цель похода — постановка мин в этом районе. Следует отметить, что запас мин английского производства подходил к концу и до 1944 года «Лембит» использовался только в торпедном варианте. (Английские мины были потеряны в Либаве, поставки по лендлизу задерживались.) Утром 5 ноября подводная лодка выполнила задание командования, установив 5 банок по 4 мины (минный интервал 60 м, углубление 2,5 м). Вечером 5 ноября «Лембит» ошвартовался в Кронштадте. Часто упоминаемые в качестве минных успехов «Лембита» финские минный заградитель «Паукку» и тральщик «Куха-3» не могут расцениваться в качестве таковых. Первый погиб в шторм 14 ноября 1941 года в Выборгском заливе, второй потерян 3 ноября, за два дня до постановки мин. Финский тральщик «Порккала», имеющий осадку 2,5 м, вполне мог стать жертвой мин, установленных в этом районе советскими катерами. (При гибели тральщика 28 ноября 1941 года погибли 32 моряка. Корабль поднят финнами в 1942 году и вновь введен в строй.)
7 ноября 1941 года подводная лодка прибыла в Ленинград для ремонта на заводе № 196, где провела первую блокадную зиму.
Кампанию 1942 года «Лембит» начал в середине августа. В ночь на 13-е подводная лодка перешла в Кронштадт, по пути она была обстреляна артиллерией противника. Утром 18 августа субмарина прибыла к Лавенсари, откуда в составе второго эшелона подводных лодок КБФ она 21 августа в сопровождении тральщиков вышла для действий в район острова Утё (позиция № 5). При проводке подводной лодки сопровождением было вытралено две мины и два минных защитника. В ночь на 25 августа подводная лодка завершила форсирование Финского залива и прибыла в район действий. На следующий день «Лембит» произвел разведку рейда Утё. На обратном пути в 13 кабельтовых от берега подводная лодка выскочила на банку, была вынуждена всплыть и затем замечена береговым постом наблюдения противника.
В связи с тем что в результате действий подводных лодок первого эшелона погибли шведские суда, шведским посольством в Куйбышеве был заявлен протест по поводу действий советских субмарин на Балтике. Вышедшим на позиции подводным лодкам 2-го эшелона запрещалось атаковать суда, идущие под шведским флагом, поэтому, встретив шведский конвой 27 августа, «Лембит» пропустил его.
28 августа подводная лодка перешла в район маяк Богшер — маяк Чекарсерн. Днем 30 августа «Лембит» обнаружил конвой, но из за большой дистанции до цели атака не состоялась. Подводная лодка продолжала оставаться в этом районе и утром 4 сентября произвела свой первый торпедный залп из двух торпед по транспорту из состава конвоя. Через несколько минут на подводной лодке услышали взрыв большой силы. Пользуясь тем, что противник подводную лодку не контратаковал, командир субмарины воспользовался возможностью наблюдать в перископ результат атаки. Осмотр показал отсутствие в составе конвоя одного судна, поэтому атака была признана успешной. Немцы по поводу данной атаки заявляют, что их корабли видели след торпеды, которая взорвалась на мелководье.
