03.01.1940. «С-2» (командир капитан-лейтенант И. А. Соколов) предположительно подорвалась на минном заграждении, выставленном в декабре 1939 года финским минным заградителем «Лоухи» в проливе Южный Кваркен в 1 миле восточнее острова Маркет (Аландское море). Погибло 50 человек.
23.06.1941. «М-78» (командир старший лейтенант Д. Л. Шевченко). При переходе из Либавы в Усть-Двинск в паре с «М-77» близ Виндавы торпедирована в районе в точке с координатами 57°28′ с.ш./21°17′ в.д. немецкой ПЛ «U-144» (командир капитан-лейтенант Гердт фон Мипельштадт). Погибло 15 человек (весь экипаж), в том числе командир 4-го дивизиона ПЛ капитан-лейтенант С. И. Матвеев. В 1999 году найдена совместной латвийско-шведской экспедицией на глубине 60 м.
23.06.1941. «М-71» (командир капитан-лейтенант Л. Н. Костылев). Находилась в ремонте на заводе «Тосмаре» в Либаве. Взорвана экипажем из-за опасности захвата противником.
23.06.1941. «М-80» (командир капитан-лейтенант Ф. А. Мочалов). Находилась в ремонте на заводе «Тосмаре» в Либаве. Взорвана экипажем из-за опасности захвата противником.
23.06.1941. «С-1» (командир капитан-лейтенант И. Т. Морской). Находилась в ремонте на заводе «Тосмаре» в Либаве. Взорвана экипажем из-за опасности захвата противником. Экипаж во главе с командиром ушел из города на ПЛ «С-3».
23.06.1941. «Ронис» (командир капитан-лейтенант А. И. Мадиссон). Находилась в ремонте на заводе «Тосмаре» в Либаве. Взорвана экипажем из-за опасности захвата противником.
23.06.1941. «Спидола» (командир старший лейтенант В. И. Бойцов). Находилась в ремонте на заводе «Тосмаре» в Либаве. Взорвана экипажем из-за угрозы захвата противником.
24.06.1941. «С-3» (командир капитан-лейтенант Н. А.Костромичев). Около 23 часов 23 июня, не закончив ремонт и не имея возможности погружаться, вышла из Либавы. На борт лодки взят экипаж ПЛ «С-1» (38 человек) во главе с командиром и рабочие завода «Тосмаре» (около 20 человек). Около 6 часов утра следующего дня перехвачена торпедными катерами «S-35» и «S-60» и после полуторачасового артиллерийского боя потоплена. По данным противника, взято трое пленных (некоторые источники говорят о пленении 20 человек). По данным советской стороны, немцы расстреляли людей, плавающих в воде, из автоматов. Тело командира лодки капитан-лейтенанта Костромичева прибило к острову Саарема, где было похоронено. В июне — июле 1941 года немцы вели на лодке спасательные работы.
25.06.1941. «М-83» (командир старший лейтенант П. М. Шалаев). С 22 июня лодка находилась в базовом дозоре у Либавы. 25 июня в результате атаки авиации получила повреждение перископа и вынуждена была вернуться на базу, когда в Либаве уже шли уличные бои. Вторично получив повреждения и не имея возможности уйти, приняла артиллерийский бой, а по окончании боезапаса взорвана экипажем на глазах у противника.
28.06.1941. «М-99» (командир старший лейтенант Б. М. Попов). Торпедирована в районе острова Утё в точке 59°20′ с.ш./ 21°12′ в.д. германской ПЛ «U-149» (командир капитан-лейтенант Хорст Хёлтринг). Погибло 20 человек (весь экипаж). В некоторых источниках дата гибели лодки 26 или 27 июня 1941 года, а причиной гибели указывается подрыв на мине в районе Ханко.
29.06.1941. «С-10» (командир капитан 3-го ранга Б. К. Бакунин). Пропала без вести. 23 июня вышла на позицию к Пиллау. 25 июня в Данцигской бухте лодка подверглась атакам сил ПЛО противника. 28 июня сообщила, что не может погружаться и, преследуемая катерами, идет к Либаве. Утром следующего дня с «С-10» получено сообщение — «Терплю бедствие. Нуждаюсь в немедленной помощи». Больше на связь не выходила. Вероятно, погибла в результате полученных повреждений, нанесенных силами ПЛО противника, или подрыва на мине, так как бой 29 июня, по немецким данным, не зафиксирован. В некоторых источниках указывается, что лодка погибла 25 июня от огня сил ПЛО противника в Данцигской бухте или в результате атаки немецких торпедных катеров, что маловероятно. Погибло 38 человек.
01.07.1941. «М-81» (командир капитан-лейтенант Ф. А. Зубков). При следовании с отрядом кораблей в кильватере плавбазы «Иртыш» из Куйвасте в Палдиски подорвалась на мине в районе банки Лайне в проливе Мухувяйн. Погибло 12 членов экипажа, 3 человека спасено. Поднята в 1965 году. Экипаж похоронен в Риге.
21.07.1941. «М-94» (командир старший лейтенант Н. В. Дьяков). Торпедирована германской ПЛ «U-140» (командир капитан-лейтенант Ганс Юрген Хейригель) в проливе Соэла Вяйн южнее маяка Ристна. Торпеда попала в корму лодки, а так как глубина в месте гибели не превышала 20 метров, «М-94» затонула кормой с дифферентом 60° так, что нос лодки на 3–4 метра оставался на поверхности и в таком положении был около двух часов. Шедшая в паре «М-98» сняла с носовой части трех человек, в том числе и командира, еще восьмерым удалось покинуть лодку через рубочный люк. Погибло 8 человек. В некоторых источниках атака «М-94» приписывается «U-149».
02.08.1941. «С-11» (командир капитан-лейтенант Д. М. Середа). При возвращении из похода подорвалась на магнитной донной мине в проливе Соэла Вяйн. Погибло 46 членов экипажа. Три человека сумели выйти из лодки через торпедный аппарат. По некоторым источникам, считается погибшей от торпеды немецкой ПЛ «U-140». Поднята в 1957 году. Останки части экипажа похоронены в Риге.
Конец августа 1941. «С-6» (командир капитан-лейтенант Н. Н. Кулыгин). Пропала без вести. Возможно, погибла на мине в Финском заливе или потоплена авиацией 30 августа 1941 года в бухте Тагалахт (на западном побережье острова Саарема). Возможной причиной гибели подводной лодки могла стать ошибка личного состава (вновь назначенный командиром на «С-6» капитан-лейтенант Кулыгин ранее командовал «Малютками»). В некоторых источниках дата гибели лодки — 21 августа 1941 года. Погибло 49 (или 41) человек.
28.08.1941. «Щ-301» «Щука» (командир капитан-лейтенант И. В. Грачев). Подорвалась на мине при прорыве из Таллина в Кронштадт в районе мыса Юминда. Затонула после снятия части экипажа. Мины выставлены ПЛ «Весихиси» либо минными заградителями «Риилахти» и «Руотсинсалми»; по данным советской стороны, подорвалась на плавающей мине. Вместе с лодкой погибло 22 (по некоторым данным — 33) человека.
28.08.1941. «С-5» (командир капитан 3-го ранга А. А. Бащенко). Подорвалась на мине при прорыве из Таллина в Кронштадт в районе острова Вайндло при следовании в составе Отряда Главных Сил. Спасено 9 (по другим данным, 5 или 10) человек, в том числе командир 1-й бригады ПЛ КБФ Н. Г. Египко. На подводной лодке погибло 35 человек, в том числе почти весь штаб 1-й бригады ПЛ КБФ.
25-28.08.1941. «М-103» (командир старший лейтенант Г.д. Жаворонков). Погибла на мине в 8 милях севернее острова Вормси со всем экипажем (21 человек). В 1999 году обнаружена на дне.
09-10.09.1941. «П-1» «Правда» (командир капитан-лейтенант И. А. Логинов). Пропала без вести. Вероятно, подорвалась на мине западнее острова Гогланд. Погибло 54 человека.
09.1941. «Щ-319» (командир капитан-лейтенант Н. С. Агашин). Пропала без вести. 19 сентября вышла в боевой поход на позицию к Либаве, но о прорыве на Балтику не донесла. Вероятно, погибла на мине в Финском заливе или в районе Либавы в конце сентября 1941 года. Погибло 37 человек. По некоторым данным, дата гибели лодки — 29.09.1941.
