Становление культуры яёй непосредственно связано с мощным потоком переселенцев с юга Корейского полуострова, которые обосновывались прежде всего на севере Кюсю. Причины их миграции остаются до конца не выясненными. В настоящее время наибольшим авторитетом пользуется точка зрения, связывающая переселение с двумя факторами: природным и социальным. Наступившее на материке временное похолодание климата привело в движение население северных регионов Азии, начавших мигрировать на юг. А это, в свою очередь, вызвало политическую нестабильность в Китае и на Корейском полуострове. Крах Циньской империи в 207 г. до н. э. и возникновение империи Хань сопровождались значительными миграциями на Корейский полуостров. Начиная с этого времени и до начала IV в. н. э. Корейский полуостров сотрясали войны, вызывавшие постоянный отток населения. Среди этих переселенцев были и представители племен тунгусского происхождения, принадлежащих к алтайской языковой семье (язык этих переселенцев являлся ближайшим родственником корейского), которые проникли на территорию Японского архипелага. Именно в это время начинает формироваться протояпонский язык, возникший на основе наложения протокорейского языка на местный языковой субстрат (скорее всего, австронезийского происхождения).
Исходя из анализа различных демографических и антропологических данных, известный исследователь ранней Японии Ханихара Кадзуро пришел к шокировавшему многих выводу, что число переселенцев за период с начала яёй и до VIII в. составило около 1 200 000 человек (вычисленная Савада Гоити еще в 1920-х гг. и не подвергающаяся ревизии общая численность населения на конец VIII в. — около 6 млн. человек). Хота конкретная цифра переселенцев с материка и вызывает сильные сомнения среди многих специалистов по истории и исторической демографии, гораздо большее число ученых все-таки сходится во мнении, что количество переселенцев в любом случае должно было быть достаточным для кардинальных изменений во всей системе жизнеобеспечения общества, в языке, культуре в целом.
Для периода яёй не существует единого антропологического типа. В самом общем виде можно говорить о параллельном существовании «человека дзё:мон» и «человека яёй», причем ареал распространения второго (имеющего антропологические признаки обитателей Северной Азии) имеет тенденцию к расширению: от Северного Кюсю и южной оконечности Хонсю — к Центральной Японии. Именно этот тип мы условно имеем в виду, когда говорим о «человеке яёй».
Антропологический анализ указывает на существенные отличия «человека яёй» от «человека дзё:мон». К их числу относят следующие: «человек яёй» выше, у него более вытянутая форма черепа; ноздри расставлены шире; нос более приплюснут, в связи с переходом на крахмалосодержащую пищу (рис, сладкий батат, просо, чумиза, гречиха) увеличивается количество гнилых зубов; сама форма зубов указывает на принадлежность их обладателей к обитателям Северной Азии. Антропологические традиции дзё:мон гораздо сильнее в Северо-Восточной Японии (Хоккайдо, северная часть Хонсю), на Сикоку, юге Кюсю и на Рюкю. Эта же тенденция прослеживается и по данным исторической генетики.
Основанные на анализе ДНК остроумные исследования Танабэ Ю:ити показали, что «исконно» распространенные на Хоккайдо и Рюкю собаки генетически близки к своим сородичам, обитавшим в Юго-Восточной Азии. Что же касается собак Кюсю и Хонсю, то их предком был тип, распространенный в Северной Азии (в частности на Корейском полуострове).
Вместе с переселенцами привносится новая для обитателей Японского архипелага культура, хозяйственную основу которой составляло рисосеяние, в особенности заливное (наиболее ранние свидетельства возделывания риса в Южном Китае, откуда он проникает и в Корею, относятся к VI тысячелетию до н. э.). Всего же, как считается на сегодняшний день, возделывалось 37 видов культурных растений. Косвенным доказательством уменьшающегося значения охоты служит резкое уменьшение находок наконечников стрел в археологических слоях, относящихся к началу этого периода.
Кроме того, важным свидетельством происходивших изменений могут служить данные палеоботаники. Распространение сосны и других хвойных пород, пришедших на смену широколиственным лесам, начинается в Юго-Западной Японии 2000 лет назад, в Центральной Японии — 1500 лет назад и в Северо-Восточной Японии — 800–700 лет назад. Это соответствует последовательности распространения на территории Японии интенсивного земледелия, а также сопутствующего ему производству металла и керамики с высокотемпературным обжигом, что привело к вырубанию широколиственных лесов с последующим вытеснением их хвойными породами. Таким образом, «типично японский» пейзаж с обилием хвойных пород, столь богато представленный в искусстве и литературе этой страны, являет собой реалию сравнительно недавнего времени.
Археологический эксперимент показал, что обнаруженная гончарная печь этого времени потребляет в сутки около 10 тонн дров.
Серьезное археологическое изучение культуры рисосеяния началось в 1947–1950 гг., когда были осуществлены раскопки древних заливных рисовых полей в Торо (префектура Сидзуока). Было обнаружено более 50 полей общей площадью в 75 тысяч кв. м. (размер полей варьировался от 2396 кв. м. до 375 кв. м.). После этого рисовые заливные поля были открыты в самых разных частях страны (в настоящее время обнаружено более 230 мест возделывания риса, относящихся к периодам яёй и кофун).
Может быть, самой впечатляющей находкой стало обнаружение заливных полей в местечке Тарэянаги (префектура Аомори) в начале 1980-х гг., что резко изменило наше представление о северной границе ареала распространения древнего рисоводства. Участки расположены у подножия горы и обнаруживают чрезвычайно высокую степень привязанности к рельефу, с чем, вероятно, и связаны их миниатюрные размеры (700 участков занимают площадь всего около 4000 кв. м.). Внедрение заливного рисосеяния вообще начиналось с освоения склонов с пологих холмов, что, по сравнению с освоением равнинных участков, уменьшает необходимый объем земляных работ, связанных со строительством оросительных и дренажных систем. Земля с высокими подпочвенными водами, требующая высоких трудозатрат на ирригацию, начинает разрабатываться только в период кофун.
Заливное рисоводство имеет ряд принципиальных отличий от богарного земледелия. Технология рисоводства достаточно сложна и трудозатратна: она требует создания ирригационных (оросительных и дренажных) систем; семена зачастую высаживаются не непосредственно в грунт — требуется предварительное выращивание рассады. Однако эти «недостатки» при правильном соблюдении технологического цикла оборачиваются значительными достоинствами. Участок, предназначенный для выращивания рассады, может быть лучше защищен от холодов, сорняков, насекомых и птиц, перекопка его не требует особых усилий, для удобрения не нужно большого количества органических веществ. Поскольку прорастание семян происходит на заранее подготовленной почве (на участке с ярко выраженным микроклиматом, где они защищены от холодных потоков воздуха и хорошо прогреваются солнцем), в перспективе создается возможность сбора двух полноценных урожаев в год (впоследствии в Японии для выращивания второго урожая то же самое поле использовалось, как правило, в качестве суходольного под богарные культуры), уменьшается риск гибели посевов. Несмотря на очевидную трудоемкость высадки рассады (тауэ), этот процесс может быть растянут во времени и производиться при благоприятных погодных условиях. Если добавить к этому отсутствие необходимости глубокого ежегодного перепахивания поля (большую часть времени находящегося под водой) и меньшую потребность почвы в органических удобрениях (при затоплении поля вместе с водой приносится мелкозем), то станут понятны причины, по которым дальневосточный (японский) земледелец (в отличие от европейского) был лишен многих стимулов к разведению крупного рогатого скота (как источника органического удобрения). Поэтому скотоводство не получило сколько-нибудь широкого распространения ни в Китае, ни в Японии. Кроме того, для почв, используемых под рисоводство, гораздо меньшую угрозу представляет ветряная и водная эрозия. В японском влажном климате снижается и опасность засоления почв, вызываемой сильными испарениями. Еще одним преимуществом заливного рисосеяния является то, что поле, покрытое слоем воды, не требует прополки.