Начиная с яёй и вплоть до второй половины XIX в. из зоны «японской» культуры и истории в значительной степени выпадает Хоккайдо (прежде всего потому, что там было невозможно рисоводство, а японское государство было заинтересовано в первую очередь в освоении потенциально рисовыращивающих территорий). Архипелаг Рюкю в силу его удаленности от Кюсю и Хонсю также ведет вполне независимое культурно-хозяйственное и историческое существование начиная с яёй и окончательно попадает в сферу влияния Японии только после присоединения к ней в 1879 г., когда была образована префектура Окинава.
Японские реки, берущие свое начало в горах и впадающие в море, короткие и бурные, текут почти исключительно в широтном направлении, но ни одна из них не пересекает главные острова архипелага насквозь (т. е. пройти водным путем от Тихого океана до Японского моря было невозможно). Вследствие этого значение рек в качестве транспортных и информационных артерий было ограничено, и они не играли той глобальной объединяющей роли (хозяйственной и культурной), которая принадлежит великим рекам в других древних цивилизациях (Нил, Янцзы, Волга и т. д.). Альтернативу речному сообщению могли составлять прибрежные морские пути и, в особенности, сухопутные дороги. Строительство последних активизируется в периоды сильной централизованной власти — периоды Нара (710–784), Токугава (1603–1867), после Мэйдзи.
Следует подчеркнуть особую значимость моря для хозяйственной жизни японцев ввиду чрезвычайного богатства морепродуктов в прибрежных водах. Поскольку в непосредственной близости от архипелага встречаются теплые и холодные морские течения, это создает очень благоприятные условия для размножения планктона и воспроизведения рыбных запасов. В настоящее время в прибрежных водах архипелага обитает 3492 вида рыб, моллюсков и морских животных (в Средиземном море — 1322, у западного побережья Северной Америки — 1744). Подавляющее большинство их концентрируется в районе Рюкю, однако наиболее продуктивные виды добываются на Хонсю и Хоккайдо. Особенно важным фактором сточки зрения добычи пищевых ресурсов было наличие богатых запасов кеты и горбуши, поднимающихся на нерест в материковые (островные) реки северо-восточного Хонсю и Хоккайдо.
Несмотря на заимствование японцами иероглифов из Китая, в стране имеют хождение и некоторые чисто японские иероглифы. Большинство из них были сконструированы ввиду отсутствия в Китае определенных видов растений и пород рыб.
В связи с этим необходимо отметить: морской промысел в прибрежной зоне являлся для Японии не чем-то, что носит по отношению к земледелию лишь дополнительный характер, но необходимым фактором его полнокровного развития в том виде, в каком оно там сформировалось. Морской промысел был для японцев основным источником животного белка, микроэлементов, соли (залежи каменной соли на территории архипелага отсутствуют). Мелкая рыба использовалась также и в качестве удобрений для суходольного земледелия. Это позволяет говорить о фактическом (и притом весьма значительном) увеличении территории, подверженной интенсивному хозяйственному освоению.
В настоящее время среднестатистический японец потребляет около 70 кг рыбы в год. В связи с определенным оскудением рыбных запасов в прибрежной зоне Япония является в настоящее время крупнейшим импортером рыбы.
Несмотря на огромную важность моря в деле обеспечения пищевыми ресурсами, власть мыслила зоны обитания рыболовов своего рода культурной периферией. Считая себя государством прежде всего земледельческим (рисопроизводящим), японское государство всегда уделяло основное внимание контролю над сельскохозяйственным населением. Оно постоянно занималось регулированием земельных отношений, предоставляя рыбакам достаточно большую свободу в их хозяйственной деятельности. Главные конфликты японской истории затрагивали в основном именно земледельческое население (ввиду естественной ограниченности земельных ресурсов), а море, пищевые ресурсы которого вплоть до новейшего времени можно принять за неисчерпаемые, не становилось источником конфликтных ситуаций.
Главной сельскохозяйственной культурой Японии является рис. Особенно широкое распространение получило заливное рисосеяние, принесенное переселенцами с юга Корейского полуострова в период яёй. Существует несколько природных факторов, которые предопределили доминирование риса среди других злаковых. Это влажный и сравнительно теплый климат, обилие рек, поросшие лесами горы, «работающие» в качестве резервуаров для накопления влаги.
Для истории и культуры укоренение рисоводства имеет колоссальное значение. Оно не только создаст возможности для увеличения количества прибавочного продукта и устойчивого роста населения (рис является потенциально наиболее урожайной культурой среди всех зерновых, за исключением кукурузы), но и способствует формированию «комплекса оседлости». Это связано с тем, что возделывание риса достаточно трудоемко и требует строительства ирригационных сооружений. Однако эти трудозатраты окупаются с лихвой, о чем свидетельствует устойчивый рост населения в исторической Японии.
Особенности природных условий архипелага оказали влияние на способы возделывания риса, что в свою очередь сказалось и на формах социальной самоорганизации японского этноса. Дело в том, что территория Японии с ее обилием коротких рек и изрезанностью рельефа требовала не столько сверхусилий государства по созданию гигантских оросительных систем, сколько налаживания сотрудничества на местном уровне для постройки сравнительно небольших ирригационных сооружений и распределения имеющихся водных ресурсов. Там же, где природные условия диктуют строительство разветвленных оросительных систем (в древнем Египте, Месопотамии, Северном Китае, Средней Азии), с необходимостью возникают ответственные за их сооружение и поддержание в порядке государственные институты, склонные легко превращаться в авторитарные формы деспотического правления. Япония избежала этой участи (даже в эпохи существования наиболее жестких режимов — периоды Нара или Токугава — в стране существовали достаточно влиятельные альтернативные социально-политические противовесы, сдерживающие абсолютизм). И не в последнюю очередь это связано с отсутствием экономической необходимости в организации масштабных общественных работ.
В начале русско-японской войны, описывая атмосферу, царившую в русской армии, А.А. Игнатьев в своих мемуарах свидетельствует: «Узнав в Яхт-клубе от престарелого генерал-адъютанта об объявлении войны, Николаев спросил: „Да где же находился Япония?“ Когда же Белосельский объяснил, что она расположена на островах, Николаев, улыбнувшись в свои густые седые усы, ответил: „Что ты, что ты, батюшка! Разве может быть империя на островах!“»
Находясь в целом в зоне умеренного температурного режима (за исключением Хоккайдо и Окинавы), Япония отличается чрезвычайно влажным климатом (1700–1800 мм. осадков в год) — наиболее влажном в мире для данной температурной зоны. В связи с этим вегетация на островах характеризуется высокой интенсивностью — в своей температурной зоне в Японии отмечается опять же самая высокая продуктивность растительной биомассы. Это ведет к отсутствию естественных пастбищ, поскольку все открытые участки достаточно быстро покрываются деревьями и кустарниками, что делает поддержание искусственных пастбищ или же выпасов весьма трудоемким делом.
