Даймё боролись друг с другом за провинции, мелкопоместные провинциальные землевладельцы сражались друг с другом и с даймё за территории — словом, война бушевала. В Ямасиро близ Киото дзидзамураи свергли своего даймё, подкупили крестьян понижением налогов и в результате удерживали провинцию под своим контролем в течение 10 лет. В других местах за крепостными стенами складывались собственные сообщества, члены которых отказывались платить налоги, а в случае ущемления их интересов устраивали бунты (икки) и партизанскую войну. Храмы и монастыри продолжали содержать свои отряды боевых монахов (сёхэй) и нападали на даймё либо друг на друга. Миряне — последователи движения Икко-икки, принадлежавшие к школе Истинной веры Чистой земли, устраивали восстания, известные сейчас как Икко-икки. Последователи этого движения верили, что все люди равны перед очами Амиды, без различия дворцовой или военной иерархии. Они жили сетью самоуправляемых анклавов, подчинявшихся храму Хонгандзи в Киото, где находился центр учения Истинной веры Чистой земли. В 1488 году союз верующих Икко-икки, состоявший из крестьян, дзидзамураев и низшего духовенства, захватил власть в провинции Кага и изгнал ее губернатора. Это было первым случаем в истории Японии, когда контроль над провинцией взяли простолюдины. Вожди пообещали крестьянам, даже не принадлежавшим к Икко-икки, снижение арендной платы и налогов и создание нового Царства Закона Будды (Буппорё), в результате чего восстание охватило близлежащие провинции. Городская же версия Икко-икки появилась в Киото в виде Хоккэ-икки — военных отрядов школы Хоккэ (принадлежала к буддийской школе «Нитирэн»). Они защищали простых жителей столицы и требовали отмены налогов. Более 20 их храмов-крепостей в больших городах были защищены рвами и валами. Отряды хотели захватить власть над всем Киото и устроить «царство Лотоса», однако их разбила коалиция храма Энрякудзи с горы Хиэй и могущественных даймё близлежащих провинций. В дальнейшем в походе против Хоккэ-икки огромные территории в Киото были разграблены, а множество мирных жителей убито.
Характерной иллюстрацией сложностей и хитросплетений военных конфликтов эпохи Сэнгоку может служить гражданская война в провинции Кага — Дайсё-икки (Войне Большого и Малого союзов), разгоревшаяся в 1531 году. Это была борьба между двумя направлениями Истинной школы Чистой земли за власть над провинцией Кага. В конфликте участвовали все окрестные даймё и дзидзамураи, а также последователи этих учений из других провинций. На следующий год центральный храм Хонгандзи в Киото был разрушен объединенными силами даймё и Хоккэ-икки. Храм восстановили в Осаке — он стал мощной цитаделью, из которой религиозный лидер продолжал отдавать приказы своим последователям сражаться с врагами веры.
Войны Сэнгоку периода с 1490 по 1530 год привели к образованию многочисленных владений, управляемых кланами даймё. На протяжении следующих 30 лет эти кланы интриговали, враждовали и объединялись, чтобы расширить подвластные территории. Самая распространенная стратегия расширения имела двойственный характер. Сначала армии придерживались тактики выжженной земли, сжигая, мародерствуя, убивая и забирая в солдаты крестьян, чтобы захватить территорию. Однако, установив свою власть, завоеватели быстро устанавливали на этих землях мир, чтобы вернуть население к экономически продуктивной деятельности.
В деревнях разрабатывали собственную тактику защиты против буйного насилия и грабежа, строя заграждения, запасая оружие и готовя тайники для продовольствия и ценностей на случай нашествия. Крестьяне играли на противоречиях противоборствующих даймё. Один из самых знаменитых фильмов режиссера Акиры Куросавы «Семь самураев» (1954) показывает прекрасный пример земледельческой деревни XVI века, которая наняла для защиты пестрый отряд независимых воинов (ронинов).
К 1550-м годам некоторые из наиболее могущественных кланов, например Такэда, Го-Ходзё и Мори, насчитывали в своих армиях свыше 50 000 человек и надеялись, что победы в регионах откроют им дорогу к власти над всей Японией. Они ждали случая, чтобы захватить Киото — ставку императора, откуда можно было установить контроль над центральной частью Японии. Чтобы одержать верх, требовались тактические навыки и стратегическое видение, не говоря уже о военной мощи. Тем не менее первым даймё, который получил таким образом власть над Центральной Японией, стал Ода Нобунага, молодой правитель небольшой провинции Овари на побережье Тихого океана. В 1566 году, в возрасте 27 лет, Нобунага показал себя военным гением, разбив многократно превосходящие силы даймё Имагавы Ёсимото. Он заключил стратегический союз с самыми могущественными даймё, в том числе с Мацудайра Мотоясу (предыдущее имя Токугавы Иэясу) и с Такэда Сингэном, выдав свою дочь за сына Сингэна. Нобунага мечтал создать объединенное государство, которое он назвал тэнка, что значит «Поднебесная», имея в виду всю Японию. Он запечатывал свои письма пурпурной печатью с надписью тэнка фубу, то есть «Поднебесная, подчиняющееся воинству», а себя рассматривал как тэнкадзина — правителя этого государства. Признание всей страны Нобунага первоначально завоевал, вернув в 1568 году на трон в Киото изгнанного сёгуна Асикага Ёсиаки. Тогда же Нобунага сделал щедрый жест, восстановив императорский дворец для почти нищего императора Огимати, которому для проведения коронационной церемонии пришлось полагаться на пожертвования богатых даймё. По свидетельствам современников, император был вынужден продавать образцы своей каллиграфии для сбора средств. Однако Ёсиаки устроил заговор против Нобунаги, объединившись с его религиозными и мирскими недругами, чтобы уничтожить восходящую звезду — молодого военачальника и правителя. В 1573 году Нобунага ответил тем, что с огромной армией осадил Киото и отправил сёгуна в изгнание, положив конец сёгунату Асикага.
Путь Нобунаги к власти над страной был тернист: амбициозные соперники-даймё пытались его сокрушить. Он избавлялся от них, используя как свой политический гений, так и новые технологии: налаживал военное стратегическое партнерство через брачные союзы и применял новое оружие, недавно завезенное из Европы. Нобунага захватил две крупные мануфактуры аркебуз, чтобы обеспечить себе доступ к огнестрельному оружию, и организовал отряд из 3000 бойцов, разделенных на три группы, что позволяло выдавать залпы каждые 10 секунд. Его соперники, полагаясь в основном на верховых мечников и лучников, были бессильны перед этим новым способом ведения войны.
Еще одним препятствием, встреченным Нобунагой на пути к объединению страны, было отчаянное сопротивление религиозных институций, включая армии буддийских монахов и союзы вооруженных мирян, например Икко-икки и Союз лотоса. В 1571 году Нобунага сжег Энрякудзи — главный монастырь школы Тэндай на горе Хиэй, важный символ власти официального буддизма. Несомненно, это деяние не принесло ему доброй славы. Он умертвил 3000 монахов и мирян в округе и до основания разрушил весь храмовый комплекс. Придворная аристократия, духовенство и даже некоторые воины были потрясены подобным святотатством, но Нобунага был беспощаден к своим врагам, и нападение на Энрякудзи было военной местью монастырю за его поддержку даймё-соперников. Из рассказа Ота Гюити, вассала Нобунаги, в «Записях о князе Нобунага» («Синтёко ки») об атаке на монастырь становится ясно, что Нобунага действовал из желания наказать монахов за помощь его врагам:
