Сигизмунд III ни своей наружностью, ни характером не понравился полякам. Впрочем, и он не полюбил своих подданных, и в этом обе стороны были совершенно правы. А нерасположение к нему еще больше усилилось, когда, выехав в Ревель для свидания с отцом, он тайно вступил в переговоры с Эрнестом, герцогом австрийским, и на известных условиях выразил готовность отречься в его пользу от польской короны.
Повидавшись с отцом, Сигизмунд вернулся в Польшу, но во время его отсутствия запорожские казаки, не спрашивая ничьего позволения, напали на пограничные турецкие владения, сожгли Бендеры и Козлов и ограбили их окрестности. Турецкий султан, считая казаков подданными польского короля, потребовал, чтобы Польша или заплатила ему в течение двух месяцев 300 000 талеров, или же приняла магометанскую веру. Вслед за тем турецкие войска показались на польских границах, предавая все вокруг огню и мечу. Польша не имела ни денег для войны, ни готового войска. Сигизмунд разослал послов ко всем дворам с просьбой о помощи, но не получил ее ни от кого. И тогда Ян Замойский, самостоятельно собрав войско, пошел против турок, а потом за Польшу все же вступилась английская королева Елизавета и принудила Порту к миру.
Король Сигизмунд III Ваза. Худ. Якоб Трошель
Молодой король, вообще-то говоря, не расположил к себе всемогущего Замойского. Первым поводом к раздору между ними послужила Эстония, которую Сигизмунд III обещал в договорных пунктах присоединить к Польше, но не исполнил обещания. Результатом этого был Сейм 1592 года и последовавшее за этим ослабление королевской власти.
Главной своей задачей Сигизмунд III считал упрочение в Польше католицизма, уничтожение протестантизма и подавление православия. При нем состоялась Брестская церковная уния 1596 года, то есть решение ряда епископов Киевской митрополии Константинопольской православной церкви во главе с митрополитом Михаилом Рогозой о принятии католического вероучения и переходе в подчинение Римскому папе с одновременным сохранением богослужения на церковнославянском языке. Наряду с этими задачами, Сигизмунд III руководился лишь династическими интересами.
Во внутренней жизни Польши правление Сигизмунда III является началом эпохи разложения государства. Крупнейшими событиями были «рокош» (легальное восстание шляхты) под руководством воеводы Николая Зебржидовского и утверждение на сеймах начала единогласия. Главной причиной бунта Зебржидовского явились систематические попытки Сигизмунда III к утверждению абсолютизма, которые, впрочем, постоянно отвергались сеймами. В ответ король Сигизмунд стремился ограничить права сеймов, преобразовать прежние должности в зависимые от короля чины и организовать польское «можновладство» (от польского слова «mozny», что значит «могущественный», то есть политическое господство крупных феодалов) с помощью майоратов, обладание которыми давало бы голос в Сенате. При всех своих стремлениях к абсолютизму Сигизмунд III, однако, сам содействовал торжеству принципа единогласия на сеймах, которым в корне подрывалась возможность каких-либо реформ. Всегда находился кто-то несогласный, а когда Замойский на Сейме 1589 года выступил с предложением, чтобы решения выносились большинством голосов, противником этого стал сам король, который выставил против великого канцлера Яна Замойского оппозицию Анджея Опалинского.
Правительственная анархия, утвердившаяся при Сигизмунде III, нашла себе теоретическое обоснование в теории «золотой вольности» (Złota Wolność), то есть своего рода шляхетской демократии, приводившей к росту прав знати и ослаблению государства.
Много беды навлек Сигизмунд III на Польшу желанием удержать за собой еще и шведскую корону. После смерти отца он поехал в Швецию и короновался шведской короной. Произошло это в 1594 году, но по возвращении в Польшу он вынужден был назначить регентом Швеции своего дядю Карла, герцога Сёдерманландского, который, поддерживая протестантизм, приобрел расположение народа и явно сам стремился к верховной власти. При втором пребывании своем в Швеции Сигизмунд III был встречен не как король, а как неприятель – тем более, что он привел с собой около 5000 солдат (поляков, венгров и немцев). Этим он оттолкнул от себя последних своих сторонников, и он был окончательно отстранен от престола, а дядя его в 1604 году был объявлен королем Швеции под именем Карла IX. Сигизмунд III не хотел отказаться от своих прав на шведский престол и вовлек Польшу в неудачные войны с Швецией.
Вынашивая планы экспансии на восток, Сигизмунд III поддержал принявшего католическое исповедание Лжедмитрия I, заключив с ним тайный договор. После воцарения в Москве этот самозванец обещал отдать Польше Чернигово-Северскую землю. Фактически, это Сигизмунд привел в Москве к правлению Лжедмитрия, что было равнозначно объявлению войны. При этом Ян Замойский, пользовавшийся в стране огромным авторитетом, был сторонником мирных отношений с Россией. Это был один из самых влиятельных вождей шляхетской партии, человек, славившийся своей ученостью даже в век, богатый образованными людьми, человек, противостоять которому было трудно даже королю. Но, критически относясь к политике Сигизмунда III, Ян Замойский все же всегда решительно отвергал любые планы развязывания в Польше гражданской войны. Однако Сигизмунд III вообразил себя хозяином русского престола, и после убийства Лжедмитрия он в сентябре 1609 года возглавил осаду Смоленска. Он пришел к этому русскому городу с 12-тысячной польской армией, к которой присоединился 10-тысячный отряд запорожских казаков. Осажденные геройски выдержали несколько штурмов, но в начале июня 1611 года польские войска, взорвав крепостную стену, ворвались в город. Начались уличные бои, в которых смоляне оказали невиданное сопротивление, но силы были слишком неравны. В результате, то, что было горем для защитников Смоленска, стало для Сигизмунда III главным военным триумфом всего его правления.
В домашней жизни Сигизмунд III, обладавший титулами короля польского и шведского, но не любимый ни поляками, ни шведами, соблюдал особую чистоту нравов и не терпел излишеств.
В 1592 году он женится на Анне Габсбургской, дочери эрцгерцога австрийского Карла и внучке императора Фердинанда I, и та в 1595 году родила будущего короля Владислава. Сенаторы тогда долго отговаривали его от этого, но король все равно женился на австриячке и приказал короновать ее. Вельможи оскорбились и обвинили короля в том, что он, занимаясь алхимией, жалованья войску не платит, но при этом покупает дорогие картины, а на общественные нужды не дает ни гроша и не слушается советов Замойского, спасавшего уже несколько раз отчизну.
После смерти первой жены Анны Габсбургской Сигизмунд III в 1605 году женится на ее сестре Констанции (опять против воли Сената и Сейма), родившей ему в 1609 году сына, названного Яном Казимиром.
Но и Констанция умерла 10 июля 1631 года. Ей было всего 42 года. Сигизмунд, который был на 23 года старше, очень тяжело пережил это, заболел и умер от инсульта 30 апреля 1632 года.
Этот король потратил всю свою жизнь на бесполезные войны, и историки затрудняются отыскать в его делах что-либо похвальное, кроме разве того, что он перенес столицу из Кракова в Варшаву и способствовал украшению этого города. Что же касается королевской власти в Польше, то он обрушил ее более, чем кто-либо из его предшественников.