Немецкая оккупация, казалось, дала возможность ее священникам возобновить свою деятельность на территории Советской Украины в союзе с галицийскими националистами и при поддержке некоторых немецких организаций. УАПЦ возглавлял с 1932 г. архиепископ Поликарп (Сикорский) с благословения митрополита Варшавского Дионисия (Валединского). Во время советской оккупации Западной Украины (1939) Поликарп признал Московский патриархат, но в 1941 г., оказавшись на территории, оккупированной немецкими войсками вне его юрисдикции, получил от митрополита Дионисия титул «Временный администратор православной автокефальной церкви на освобожденных землях Украины». В результате предпринятых им усилий в феврале в Пинске был созван собор, который избрал его в предстоятели украинской автокефальной церкви. В течение этого года его последователи взяли под свое управление многие вновь открывшиеся приходы, на различные кафедры на Восточной Украине были посвящены и поставлены двенадцать новых епископов.
Наряду с Поликарпом ведущей фигурой в автокефальной церкви стал Иларион (Огиенко), филолог и ученый, рукоположенный в епископа Холмского в 1940 г. Установив доверительные отношения с абвером и Розенбергом, он начал подготовку священников в июле 1941 г. для важной миссии, которая должна была отправиться на Восточную Украину для пропаганды автокефалии. В течение года его последователи возглавили значительное число церквей, которые действовали, как многие считали, весьма самоуверенно.
Тем временем обрела силы церковь-соперница – Украинская автономная православная церковь. Во многом обновленная, она тем не менее сохранила связь с Московским патриархатом. Эта церковь, среди сторонников которой были умеренные деятели, предпочла встать на путь «федерализма» и постепенных реформ. Ее глава Алексий (Громадский), получив признание Русской православной церкви во время советской оккупации, был арестован немецкими властями в 1941 г., но вскоре освобожден. Объединив свои усилия с епископом Пантелеймоном (Рудыком), которого Москва послала православным епископом во Львов, где он остался при отступлении советских войск, архиепископ Алексий с августа 1941 г. принимал усилия по учреждению автономной церкви. В декабре состоялся собор, на котором он был поставлен митрополитом. Вначале крайние националисты скорее со скептицизмом, чем с враждебностью, смотрели на его деятельность. Только с наступлением 1942 г. между ними произошел окончательный разрыв.
Были предприняты попытки добиться соглашения между иерархами Алексием и Поликарпом с целью объединить их усилия. Сделать этого не удалось по ряду причин. Как «правое крыло» священства автономной церкви, выступавшее против сепаратизма, возражало против любой «сделки» с автокефалистами, так и националисты-экстремисты вместе с отдельными их церковными соратниками выступали против любого соглашения с «москвофильской» автономной церковью. Личные споры между лидерами двух фракций накладывались на канонические и политические различия. Вдобавок комитет по делам религий при рейхскомиссаре Кохе был заинтересован в сохранении существовавшего разделения между церквями и срывал все попытки сближения между ними. Когда, несмотря на все трудности, было достигнуто предварительное соглашение между двумя главами церквей в октябре 1942 г. на встрече в Почаевской лавре, в дело вмешалась немецкая администрация, чтобы предотвратить заключение союза. Последующая попытка, предпринятая в начале 1943 г., также провалилась из-за немецкого вето.
Когда все попытки наладить сотрудничество провалились, борьба между фракциями возобновилась с прежней силой. 7 мая 1943 г. митрополит Алексий был убит. Обстоятельства его смерти так и не были прояснены, выдвигались различные версии. Алексия сменил епископ Пантелеймон, который был заклятым врагом Поликарпа и Илариона. Эта враждебность была, несомненно, одной из причин, почему Кох дал разрешение на его продвижение. Рейхскомиссару удалось не позволить церквям объединиться. Пропасть между ними стала непреодолимой.
Следует заметить, что отношение армии к делам не сильно отличалось от отношения Коха или Розенберга, расхождения между которыми в этой области были несущественными. Степень поддержки каждой украинской церкви в районах, подконтрольных военной администрации, различалась от комендатуры к комендатуре. К церквям отношение было крайне утилитарным; они служили средством передачи немецких директив и лозунгов. Главным для немцев было не дать им объединиться; автономная церковь представляла опасность, как исповедующая панславизм, в то время как автокефальная церковь была откровенно сепаратистской, чтобы ее можно было поддерживать.
Церковь в Белоруссии
Ситуация в Белоруссии отличалась от украинской несколькими важными аспектами. В Западной Белоруссии было сильнее влияние католицизма; и поскольку белорусский национализм был слаб, в республике господствовала Русская православная церковь. Оба этих фактора не нравились Розенбергу и Кубе; было принято решение сформировать новое белорусское движение за автокефалию, чтобы нивелировать католическое и «московское» влияние. Церковь намечалось использовать в качестве инструмента продвижения политических целей Германии; считалось, что она не сможет стать автономной и антинемецкой благодаря поддержке местного населения. Вместо того чтобы создавать небольшие конкурирующие друг с другом церковные организации, Кубе принял решение о создании Белорусской автокефальной православной национальной церкви, как ему и советовали коллаборационисты-националисты.
«Автокефальное» движение было слабо укоренено на национальной почве Белоруссии, и поэтому во главе ее требовалось поставить человека далекого от национальной идеи. Митрополит Пантелеймон (Рожновский), рожденный в 1867 г., был епископом Двинским и Полоцким перед началом Первой мировой войны. Он находился на польской территории и в 1939 г., когда вернулись советские войска, был сделан экзархом Западной Белоруссии. Его выбрали возглавить автокефальную церковь из-за уважения к нему и высокого положения в церкви, хотя белорусские националисты резко возражали против этого. Митрополит Варшавский Дионисий послал в Минск архимандрита (впоследствии епископа) Филофея (Нарко), а тем временем некоторые последовательные сепаратисты, действовавшие в Минске, начали интриговать против владыки Пантелеймона, который стремился затянуть официальное провозглашение автокефалии как по каноническим, так и политическим причинам.
После активных интриг в марте 1942 г. в Минске состоялся собор, который образовал пять епископий, чьи границы совпадали с немецким административным делением. Как правило, церковный отдел администрации Кубе диктовал необходимые решения церковному совету. Наконец, когда митрополит Пантелеймон отказался назначить на смоленскую кафедру вновь избранного епископа (который находился в юрисдикции минских церковных властей), немецкая администрация 1 июня 1942 г. сместила митрополита и выслала в отдаленный монастырь за границами генерального комиссариата. По сути это означало триумф националистов. Епископ Филофей, ставший новым администратором Белорусской автокефальной церкви, был по своим взглядам ближе к сепаратистам, но все же он был человеком церкви и не мог нарушить каноны в угоду политикам. Не имея права провозгласить автокефалию, он сопротивлялся оказываемому на него давлению со стороны сепаратистов и немцев. Когда оставшиеся епископы с Филофеем во главе созвали в августе 1942 г. новый собор, генеральный комиссариат «категорически» запретил его проведение без предварительного немецкого согласия, значительно ограничивавшего власть церкви как в территориальном отношении, так и в повседневном управлении, и воспрепятствовал приезду митрополита Пантелеймона (которого пригласили епископы), чтобы принять участие в заседаниях.
