Тимолеон взял на себя руководство ФАРК в ноябре 2011 года после того, как предыдущий лидер Альфонсо Кано был убит в бою колумбийской армией.
После того как сошли со сцены Медельинский наркокартель и картель Кали, роль ФАРК в производстве и контрабанде кокаина в США значительно возросла.
26 сентября 2016 года правительство Колумбии и ФАРК подписали в Картахене исторический договор о прекращении боевых действий. 2 октября 2016 года в Колумбии прошел общенациональный референдум. Граждане страны должны были решить: принять Колумбии условия мирного договора с ФАРК или продолжить ведение боевых действий. Более половины граждан Колумбии на референдуме по призыву экс-президента Урибе высказались против подписания мирного договора с ФАРК, однако режим прекращения огня продолжает действовать.
ФАРК и другим левым партизанским организациям противостояли правые ополчения, также использовавшие партизанские и террористические методы борьбы и столь же тесно связанные с наркоторговлей.
Первые праворадикальные ополчения были созданы зажиточными крестьянами Колумбии еще в 1960-е годы, а структурное оформление приобрели в конце 1980-х годов. Их задачей было противостояние прокоммунистическому терроризму, грабежам и похищениям людей. Первооснову AUC составили Силы самообороны Кордобы и Урабы (Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá, ACCU), созданные братьями Кастаньо Хиль – Фиделем и Карлосом (их отец был захвачен в заложники марксистскими партизанами и скончался от сердечного приступа). Проект ACCU поддержала группа влиятельных колумбийских губернаторов, среди которых был либерал Альваро Урибе, будущий президент Колумбии, в президентство которого ФАРК были нанесены решающие поражения.
В 1990–1993 году ACCU осуществили серию рейдов против ультралевых ФАРК, ELN и Патриотического союза (Unión Patriótica, UP). Правые ополчения принимали активное участие в акциях по разгрому Медельинского картеля. При этом ACCU действовали с предельной жестокостью.
Фидель Кастаньо погиб в столкновении с ELN в 1993 году. Руководство ACCU перешло к Карлосу Кастаньо Хилю. В апреле 1997 года отряды самообороны по инициативе Кастаньо Хиля были консолидированы в AUC. Идеологом организации выступил праволиберальный политик и организатор национальной крестьянско-фермерской ассоциации Иван Роберто Гавирия, принявший псевдоним Эрнесто Баэс де ла Серна (в честь Эрнесто Че Гевары).
В совокупности формирования AUC насчитывали до 20 тысяч бойцов. В ряде районов Колумбии AUC взаимодействовала с армейскими и полицейскими подразделениями. Финансирование поступало от землевладельцев, горнодобывающих и нефтяных компаний.
В 2001 году AUC была внесена в список террористических организаций Госдепартамента США. По официальным колумбийским данным, боевики AUC ежегодно совершали несколько сотен убийств. Военно-оперативная тактика AUC основывалась на партизанских рейдах (сельская местность) и террористических актах (города). При этом военно-политическая структура AUC отличалась высокой организованностью, строгой дисциплиной и четкой иерархией командования.
В ходе избирательных кампаний AUC оказывала активное силовое воздействие в пользу правых кандидатов. По приказу Карлоса Кастаньо были убиты кандидаты в президенты Колумбии на выборах 1990 года Бернардо Осса (коммунист, лидер UP) и Карлос Писсаро (левый радикал, бывший боевик ФАРК). Считается, что в молодости Кастаньо был причастен к убийству адвоката-коммуниста, основателя UP Хайме Пардо Леаля (1987 год).
В то же время за ACCU-AUC числятся десятки ликвидаций наркоторговцев. Наряду с самим Пабло Эскобаром и его братом Роберто Эскобаром были убиты, ранены либо захвачены и переданы правоохранительным органам Хуан Альварес, Леонардо Ривера, Диего Бланко, Орландо Сьерра-Посада, Гидо Парра Монтойя и многие другие видные представители эскобаровского наркокартеля.
Все вооруженные группировки в Колумбии широко использовали террор. AUC всегда утверждала, что ее акции направлены против левацких партизан и террористов. Сначала так и было. Но AUC быстро перешла к террору против деятелей либеральных взглядов и профсоюзных активистов. Осуществлялись и акции устрашения – массовые убийства в населенных пунктах, где было велико влияние ФАРК. AUC также занималась производством и сбытом кокаина.
Президент Колумбии Альваро Урибе, пришедший к власти в 2002 году, вел энергичную борьбу против ФАРК. Однако правительство Урибе столь же жестоко подавляло терроризм всех направлений. Власти ультимативно потребовали разоружения AUC. В 2003–2006 годах сложили оружие около 17 тысяч ультраправых боевиков. Кастаньо Хиль формально дал на это согласие, но реально старался затормозить процесс демонтажа AUC.
Весной 2004 года правительство выдвинуло ультиматум лидерам и активистам AUC. Всем им предстоял суд, хотя было согласовано снижение максимальных сроков наказания до восьми лет.
В середине 2000-х годов AUC и ФАРК даже попытались заключить союз для совместного противостояния властям. Однако из этого ничего не вышло.
В ноябре 2004 года Верховный суд Колумбии признал претензии США к лидерам AUC и санкционировал экстрадицию группы ее лидеров во главе с Сальваторе Манкусо. 13 мая 2008 года они были экстрадированы в США и предстали перед судом по обвинению в наркобизнесе, убийствах и отмывании денег.
В феврале 2005 году руководство AUC согласилось на «справедливые и почетные условия» расформирования организации, в противном случае угрожая возобновлением войны. Правительство это предложение отвергло. В 2005 году вступил в силу Закон справедливости и мира, предоставивший амнистию рядовым боевикам. Но несколько десятков командиров AUC предстали перед судом и многие получили реальные сроки заключения.
Методы AUC отличались решительностью и крайней жестокостью. Наряду с партизанскими рейдами и терактами против левых политиков практиковались убийства сочувствующих и экспроприации земельной собственности. Уже в 1997 году Кастаньо организовал и возглавил более 20 боевых операций. Совершались также убийства коммунистических и левых политиков, профсоюзных активистов. Среди жертв Кастаньо Хиля и его боевиков – Хайме Пардо Леаль, Карлос Писсаро, Бернардо Осса, Луис Серрано, Эктор Акоста и другие. Американская администрация Билла Клинтона и тогдашнее правительство Колумбии расценивали AUC как террористическую структуру.
Карлос Кастаньо Хиль утверждал: «Возможно, кто-то полагает, что я поборник насилия и войны. Нет, я склонен к миру. Я человек терпимый. Пожалуй, даже слишком терпимый. Меня почти всегда упрекают в мягкости. Но я не могу терпимо относиться к жестоким методам трансформации страны, к разрушениям поселков, к похищениям уважаемых людей… Я с самого начала был одним из самых суровых критиков наркоторговли. По отношению к людям, которые этим занимаются, я питаю почти инстинктивное отвращение. В Пуэрто-Бояка в наши ряды вступил один наркоторговец и за год сумел все испортить. Я не буду защищать интересы наркоторговцев ни сегодня, ни завтра, никогда вообще».
Лично Карлос Кастаньо в принципе был противником наркоторговли. Однако кокаиновым бизнесом активно занимался его брат Висенте Кастаньо и некоторые другие руководители AUC.
