Когда остготы мигрировали в Италию, империя приобрела новых соседей на северной границе — кочевое угорское население булгар в нижнем течении Дуная и тевтонские племена гепидов, герулов и лангобардов (ломбардов) в среднем течении Дуная, на Тисе и Саве. Вопреки ожиданиям ни один из этих народов не прошел преграду римских фортов вдоль реки, чтобы занять Мезию. Они совершали периодические набеги на территорию империи, но не делали попыток обосноваться в ее границах.
Заслуживает внимания политика Зенона в области религии. Сам он придерживался ортодоксальной веры, однако фанатиком не был. В то время церковь была расколота монофизитской ересью, к которой присоединились церкви Египта и Палестины. Зенон думал, что будет возможно и целесообразно заманить еретиков обратно в паству, слегка модифицировав католическую доктрину. Хотя в 482 году он был занят борьбой с Теодорихом Амалом, нашел время для написания Энотикона — вероисповедального послания клиру и верующим. Монофизиты признавали наличие только одной Божественной природы в Иисусе Христе и отвергали его человеческую природу. В Энотиконе Зенон четко заявил, что Христос — Бог и человек, но не употребил слова «две сущности», которые составляли ортодоксальный шиболет. Но его добрые намерения не произвели желаемого впечатления. Еретики не были удовлетворены и отказались соответствовать, а католики утверждали, что это слабая уступка гетеродоксии, и обвинили Зенона в заигрывании с еретиками. Патриарх Акакий, помогавший в написании Энотикона, был отлучен от церкви римским папой. Церкви Италии и Константинополя оставались вне религиозного сообщества более тридцати лет благодаря эдикту, созданному, чтобы объединять, а не разобщать.
Последние годы правления императора Зенона были спокойнее, чем первые. Он умер в 491 году от эпилептического припадка, не оставив наследника трона. У него было два сына — Лев и Зенон. Первый умер в младенчестве — в 474 году, а второго убило распутство и дурные привычки задолго до смерти отца.
Право выбрать преемника Зенона номинально перешло к сенату и народу, а реально — к вдовствующей императрице Ариадне и императорской гвардии. Дочь Льва сделала мудрый выбор, рекомендовав выборщикам кандидатуру Анастасия из Диррахия — силенциария, которого ценили все окружающие за благочестие и многочисленные добродетели.
Анастасий был человеком пятидесяти двух или пятидесяти трех лет. Он всю жизнь служил чиновником и был известен как способный финансист. Он был глубоко религиозен и в свободное время читал мирские проповеди в соборе Святой Софии до тех пор, пока ему не запретил это делать патриарх Евфимий, усмотревший в его проповедях признаки монофизитства. Он хотел принять сан и был кандидатом на пост епископа Антиохии. Но, несмотря на религиозность, он оставался человеком мирским и сугубо практичным. Анастасий вел безупречную жизнь, много учился и работал, был спокойным, добрым и либеральным хозяином, справедливым во всем. Когда он впервые предстал перед народом, облаченным в императорский пурпур, люди стали выкрикивать: «Правь так, как жил!» Ему можно было предъявить только две претензии — и это за всю его жизнь! Во-первых, он проявлял склонность к монофизитству, а во-вторых, его двор казался слишком консервативным и пуританским для тех, кто привык к помпезности и оргиям распутного Зенона. Он стал непопулярным, запретив гладиаторские бои с дикими зверями и безнравственные танцы.
Через шесть недель после восхождения на трон новый император женился на вдовствующей императрице Ариадне, благодаря которой он, собственно, и был избран. Эта женщина тоже вела безупречную жизнь и в прежнем браке сделала многое, чтобы искупить дурную репутацию супруга. Для империи большой неприятностью было то, что она не сумела родить своему второму супругу наследника.
Начало правления Анастасия было омрачено мятежом исаврян. Зенон не только сформировал императорскую гвардию из своих соотечественников, но и назначил исаврян на многие гражданские должности, и постоянно предлагал им обосноваться в Константинополе и заняться торговлей. Они были немало раздосадованы, когда скипетр перешел к иллирийцу Анастасию, и организовали заговор, намереваясь схватить его и объявить императором брата Зенона Лонгина. Через несколько месяцев после восхождения на престол Анастасия исавряне взбунтовались и захватили часть города в непосредственной близости от дворца. Однако народ их не поддержал, и после напряженных уличных боев, во время которых сгорел большой ипподром, восстание было подавлено. Лонгин был схвачен и принял сан. Он прожил довольно долгую жизнь и умер священником в Египте. Анастасий после мятежа уволил всех исаврян. Они вернулись в свои родные горы в Малой Азии и организовали мятеж там. Второй Лонгин, военный магистр во Фракии, возглавил восстание, которое продолжалось пять лет (491–496), но никогда не представляло серьезной опасности для империи. Мятежников разбивали всякий раз, когда они спускались с гор на равнины. Они продержались так долго благодаря наличию горных замков, которых в тех краях было немало. В 496 году был взят штурмом последний оплот исаврян, а их вождь, бывший военный магистр, схвачен и казнен. Анастасий карал самых упорных мятежников, отправляя их во Фракию, где они обустраивались в предгорьях Балкан. Император считал, что эти закаленные горцы не пропустят варваров из-за Дуная.
В азиатских провинциях империи не было никаких проблем до 502 года, когда началась война между Анастасием и царем Персии Кавадом. На месопотамской границе целый век было спокойно. После неудачной экспедиции Юлиана в 362 году не произошло ни одной серьезной войны с великой восточной монархией. Тот же век, что видел тевтонские миграции в Европе, на внутренних территориях Азии был отмечен повышением активности гуннов и других туранских племен за Каспием. Пока римские императоры были заняты на Дунае, Сасаниды защищали границу на Оксусе. Во время передышки в восточных проблемах Кавад потребовал у Анастасия деньги, император отказался, и началась война. Вначале римляне потерпели ряд неудач. Главная крепость Месопотамии Амида была взята штурмом в 503 году. Тогда же пал Нисибис (Нусайбин). А когда Анастасий послал на восток подкрепление, он назначил так много независимых командиров, что армию не удалось объединить. Отряды были разгромлены поочередно. В 504 году удача наконец улыбнулась римлянам. Тогда командование было поручено магистру оффиций Целеру. После длительной осады он вернул Амиду и начал движение через персидскую границу. Кавад в это время отбивался от гуннов и потому с радостью заключил мир на весьма неплохих условиях. Граница восстанавливалась на том же месте, где она проходила в 502 году. Анастасий сделал попытку предотвратить грядущие войны, построив две новые крепости на персидской границе — Дара в Месопотамии и Феодосиополь — севернее, на границе с Арменией. Они помогли сломить натиск персов тридцатью годами позже, когда снова сошлись в бою преемники Кавада и Анастасия. Персидская война, как и исаврийская, затронула лишь ограниченный регион — провинцию за Евфратом, вылазки не достигали Сирии. На самом деле за все время правления Анастасия единственной проблемой, затронувшей азиатскую часть империи, был набег гуннов из-за Кавказа, который в 515 году принес беды и разрушения Понту, Каппадокии и Ликаонии. Это вторжение оказалось изолированным, и за ним не последовали набеги кочевников северных степей.