Большевистская партия, партия гражданской войны, понимала важность сохранения центра по подготовке командных кадров и военных высшей квалификации для штабной системы. Замысел членов «конференции» (руководящий орган) Академии, ее начальника, генерал-майора профессора А. И. Андогского, об эвакуации на российский юг, где разворачивалось антибольшевистское движение, был пресечен. По распоряжению Троцкого из Петрограда, который большевики опасались утратить, Академия в марте же Приступила к эвакуации на Урал, предположительно в Екатеринбург. Этот процесс занял около двух месяцев (с середины марта по середину мая). Эвакуация же основного имущества (библиотеки, музея, типографии и прочего) завершилась лишь к 1 июля 1918 г.29. 21 марта, еще в пути следования, Андогский получил телеграмму о том, что в Уральском областном центре, Екатеринбурге, под Академию отведено одно из крупных зданий (было построено для епархиального училища, ныне — один из корпусов Уральской горно-геологической академии) почти в центре города30. Туда она и прибыла. Как основной состав, так и слушатели академии оказались в сложнейшем положении. Нет, не только и не столько в связи с эвакуацией, а вследствие того, что они оказались поставлены на службу большевистскому режиму, порвавшему с союзниками России, вступившему в открытый и тайный сговор с Германией и воюющему с собственным народом. Вопреки сложившемуся советскому стереотипу о «золотопогонниках» — офицерах и генералах, они в России не были высокооплачиваемыми (по сравнению с их коллегами в западных странах), в большинстве своем были семейными. Жили на жалованье. Гражданской специальности, других доходов не имели. Это привязывало их к военному ведомству. И поэтому, и в связи с усиленным контролем властей большинство вынуиедено было оставаться в Академии и готовиться к эвакуации. Но и в этой ситуации некоторые преподаватели и слушатели под разными предлогами уклонились от нее. Из профессоров старшего поколения в Екатеринбург с первым эшелоном выехал лишь генерал А. И. Медведев. Ряд других (А. К. Баиов, Б. М. Колюбакин, В. Ф. Новицкий, Н. Ф. Филатьев, Г. Г. Христиани и др.), ссылаясь на семейные и другие обстоятельства, заявили, что приедут к месту назначения позднее, самостоятельно. Но некоторые из них вообще не выехали. В конце мая 1918 г. руководство Академии просило местный совет предоставить квартиры на 89 человек. В «Списке лиц учебно-административного состава» были названы и эти люди. Но, судя по другим данным, на месте назначения оказались не все 89 человек. В списке названо 22 ординарных и экстраординарных профессора, 11 руководителей (заведующих) службами, включая начальника Академии и его помощника. Все они были генералами и старшими офицерами31. Академия была подчинена местным советским военным органам и их руководителям — областному военному комиссариату Урала и только что сформированному Уральскому военному округу, то есть Ш. И. Голощекину. Непосредственно же Академией больше занимался его фактический помощник — второй военком С. А. Анучин* (в прошлом подпоручик), а позднее, по прибытии в Екатеринбург, — и командующий Северо-Урало-Сибирским фронтом Р. Я. Берзин* (Берзиньш)32. Поскольку Академия была направлена в Екатеринбург Троцким, находилась под общей его опекой, местные большевистские лидеры не решались на крутые меры против нее, на расправу с «контрреволюционным гнездом». Голощекин и Анучин лишь бомбардировали ведомство Троцкого телеграммами с требованиями убрать Академию, реорганизовать ее, принимать в число слушателей только лиц, стоящих на советской платформе и т.д.33. Часть этих требований Академия приняла.
А. И. Андогскому приходилось вести себя чрезвычайно осторожно по отношению к власти, ориентировать на то же и весь состав учебного заведения. Не давая себя спровоцировать, Андогский и его коллеги «тихой сапой» все же саботировали распоряжения властей. В Москву выезжал один из преподавателей для связи с французской миссией. Ловили вести об антибольшевистском движении на юге Урала, в других районах, особенно следили за восстанием чехословацкого корпуса, интенсивно развивавшимися с этого момента военными событиями. Как могли затягивали распаковку прибывавшего оборудования, библиотеки, утаивали хоть какое-то количество оружия (на 25-30 человек), откладывали активный процесс обучения.
Как отмечал в августе 1918 г. в «Памятной записке» генерал-лейтенант, профессор Христиани, заменивший на посту начальника Академии Андогского, «частичные занятия в Академии начались с прибытием первого эшелона, начавшись в полной мере лишь с 1-го июля и прекратились за несколько дней до занятия города чехословаками»34. Сама по себе учебная программа была емкой и разносторонней: от курсов по стратегии, общей тактике, военной философии, психологии — до политической экономии и вопросов мирового хозяйства, логики и методов научного исследования и 8 иностранных языков. Но она осиливалась теперь далеко не в полном объеме, особенно с новыми, малограмотными слушателями-краткосрочниками. Данные о количестве прежних, то есть прибывших из Петрограда, слушателей в источниках расходятся. Выяснить вопрос тем более сложно, что происходила большая подвижка: часть слушателей с расширением масштаба военных действий направлялась в красную армию. Андогский называл численность слушателей на момент Октября 1917 г. и далее — «свыше 300 кадровых офицеров». Очевидно, он включает в их число и вновь принятых слушателей в Москве, также из бывших кадровых офицеров. На старший курс к июню прибыло в соответствии с приказом наркомвоенмора 58 слушателей и столько же окончивших подготовительные курсы. Кроме того, на ускоренный курс (вместе с опоздавшими) — 115 человек, но тоже офицеров. Еще более 100 слушателей на ускоренные курсы было направлено на самом Урале. Это были люди, имевшие опыт военной службы в армии не менее 3-х месяцев, знания в объеме четырехклассного училища, стоящие на советской платформе. Всего на 1 июля оказалось 329 слушателей35. Среди слушателей ускоренного курса также преобладали бывшие офицеры, только военного времени. Были и комиссары. Более 100 слушателей уже в те летние дни направилось в красную армию36.
К 20 июля к Екатеринбургу прорвались чехословацкие и казачьи отряды. Последовал приказ о спешной эвакуации Академии в Казань. Оборудование эвакуировать оказалось уже невозможно, да и все дело саботировалось. По сведениям Андогского и других участников событий, до половины слушателей, подавляющая часть из ранее состоявших в Академии и зачисленных в нее в Москве, остались в Екатеринбурге и его районе и вместе с направленными в красноармейские части сотоварищами перешли к белым. Лишь 33 слушателя старшего курса и 93 — ускоренного прибыли в Казань, а там вместе с прибывшей частью преподавателей и обслуживающего персонала, перейдя на нелегальное положение, дождались антибольшевистских сил. В большинстве своем они отправились в Екатеринбург. Нужда белых в офицерских кадрах, особенно для штабной работы, оказалась настолько велика, что большинство слушателей были направлены в их войска. Занятия прекратились надолго. Подавляющая часть «ускоренников», которые были подобраны комиссарами в те дни и недели, наоборот, ушла в красную армию, в то время как из других основных категорий в ней, по некоторым данным, удержалось лишь 12-13 человек. Такое произошло резкое разделение в симпатиях к красным и белым! Правда, среди тех и других выделялся слой уклоняющихся от службы, от участия в боях, дезертиров. Забегая вперед, скажем также, что судьба подавляющей части слушателей и преподавателей Академии Генерального штаба, оставшихся на службе у красных, особенно генералов и штаб-офицеров, оказалась незавидной. Почти все они потом погибли. Но следует сказать, что и в лагере белых к слушателям Академии, часть из которых по принуждению успела побыть в рядах их противников, к профессорам, преподавателям отношение было подозрительное, а то и враждебное. Особенно резким нападкам подвергался А. И. Андогский. В печати появились публикации, клеймящие его за «сотрудничество с большевиками», «измену»37. Кандидатура блестяще образованного, талантливого генерала в ноябре-декабре 1918 г. обсуадалась на предмет назначения начальником штаба Верховного Главнокомандующего всеми сухопутными и морскими силами России (и ее Верховного правителя) А. В. Колчака, да так и не прошла. Позднее Андогский был назначен на должность 1-го генерал-квартирмейстера. Начальником же штаба оказался самоуверенный и слабо подготовленный бывший подполковник, ставший генерал-майором, Д. А. Лебедев. При Верховном — моряке он фактически оказался руководителем войск и повинен во многих их крупных неудачах. 20 октября 1919 г. Колчак издал приказ, в котором указал, что Академия во главе с Андогским «за время своего вынужденного пребывания в пределах Советской России спасла все ценное историческое имущество Академии и сумела спасти и вывезти до 300 кадровых офицеров, ныне работающих в наших рядах... никаких данных, устанавливающих виновность по существу возникшего обвинения в деятельности и работе как генерал-майора Андогского, так и прочих чинов Академии не имеется, а потому повелеваю: означенное дело дальнейшим производством прекратить, причем дальнейшее обсуждение обстоятельств этого дела в органах повременной печати запрещаю»38.