А.Б. Чубайс 5 ноября 1994 года назначен первым заместителем председателя Правительства РФ и был освобожден от обязанностей председателя Госкомитета по управлению государственным имуществом.
Он проработал на новом посту до 16 января 1996 года. Борис Березовский говорил о нем: «Чубайс — блестящий менеджер, человек, который выполняет волю других людей… Самое яркое его человеческое качество — упрямство».
В связи с трагедией в Буденновске 29 июня 1995 года директор ФСБ С. Степашин подал в отставку. На следующий день отставка была принята. Министр внутренних дел Ерин 30 июня уволен со своего поста. Командующий войсками МВД генерал-полковник Анатолий Куликов 6 июля назначен министром внутренних дел. Он проработал в этой должности до 23 марта 1998 года. Директором ФСБ 24 июля 1995 года назначен генерал-полковник Михаил Барсуков.
Государственная Дума 22 ноября 1995 года утвердила председателем Центрального банка С.К. Дубинина. Он проработал на этой должности до 11 сентября 1998 года. При нем была проведена деноминация рубля (в соотношение 1000:1), он объявил жесткий валютный коридор. Был освобожден от занимаемой должности в связи с дефолтом в августе 1998 года.
Отставка 5 января 1996 года министра иностранных дел А.В. Козырева и вице-премьера С.М. Шахрая в связи с их избранием депутатами Государственной Думы. Министерство иностранных дел 9 января возглавил Евгений Примаков. Киносценарист Анатолий Гребнев записывает: «Все интересно: и КПРФ, и ЛДПР приветствуют назначение Примакова. Он, стало быть, не слывет демократом, поводов к тому не давал. Сидел тихо. И Горбачева ему простили, в том числе и сам Ельцин».
Официальное назначение 16 января вместо Сергея Филатова главой Администрации президента РФ Николая Егорова. Он проработал в этой должности до 15 июля 1996 года. Ничего заметного за полгода работы в этой должности он не сделал.
Указом Ельцина 21 февраля 1996 года освобожден от занимаемой должности председатель Комитета по драгоценным металла и драгоценным камням (Роскомдрагмет) Евгений Бычков «в связи с его выходом на пенсию, отметив при этом его личную недисциплинированность в выполнении поручений президента и правительства». На Бычкова было заведено уголовное дело. Но чиновника это ничуть не смутило, он активно продолжал заниматься делами Российской ассоциации производителей бриллиантов, президентом которой являлся.
О.И. Лобов 3 апреля 1996 года освобожден от должности секретаря Совета безопасности. На его место был назначен министр иностранных дел Евгений Примаков. П. Хлебников писал: «Олег Лобов, заместитель премьер-министра и глава Совета безопасности, был обвинен в том, что продавал оружие “Аум Синрикё”, секте судного дня, — в 1995 году они в токийском метро, применив нервно-паралитический газ зарин, убили много людей. На следствии сектанты объявили, что получили от Лобова технологические документы на производство зарина в обмен на 100 тысяч долларов. Более того, Лобов разрешил членам секты “Аум Синрикё” вести военную подготовку на засекреченной военной базе в центре России. На допросах в прокуратуре Лобов все отрицал. Расследование было прекращено, но Лобова из правительства убрали».
Министр обороны П.С. Грачев 17 июня 1996 года отправлен в отставку. Министр финансов в 1993–1994 гг. Борис Федоров вспоминал: «Грачев выпивал вместе с президентом, ходил с ним в баню, купался, отдыхал и, казалось, пользовался его безграничным доверием, хотя явно был некомпетентен — провалил чеченскую кампанию 1994–1995 гг. и реформу армии. Все прегрешения прощались Грачеву, награды сыпались на него как из рога изобилия, но пришло время, и в одночасье он исчез из жизни Ельцина. Как будто его никогда и не было».
Генерал-полковник Николай Ковалев 9 июля 1996 года назначен директором ФСБ. Он проработал в этой должности до 25 июля 1998 года.
Анатолий Чубайс 15 июля 1996 года назначен руководителем Администрации президента РФ вместо Николая Егорова. Киносценарист Анатолий Гребнев записывает: «Назначение Чубайса — неожиданное, по-своему, даже сенсационное. Чубайс (а не Сосковец!) — опора президента. Чубайс — противовес Лебедю!.. Радость интеллигенции». Газета «Рабочая трибуна» 4 февраля 1997 года сообщала: «Глава администрации президента Анатолий Чубайс уплатил 515 миллионов рублей налога с полученных в апреле — июле 1996 года 278 тысячах долларов».
Именно Чубайс выстроил всевластную президентскую администрацию. Он подчинил помощников президента РФ заместителям главы администрации, ввел в структуру администрации аппарат Совета безопасности, создал дополнительно множество кремлевских управлений, контролирующих всю экономическую и политическую жизнь страны.
Валентин Юмашев в июле 1996 года назначен советником президента РФ. Он проработал в этой должности до 11 марта 1997 года. Борис Березовский говорил: «Юмашева я считаю умным человеком, я бы даже сказал мудрым, очень чувствительным к конкретной ситуации. Юмашев абсолютно блестящий придворный игрок».
Владимир Потанин 14 августа 1996 года назначен первым заместителем председателя Правительства РФ. Он проработал в этой должности до 17 марта 1997 года. Борис Федоров вспоминал: «Бизнесмен В. Потанин привнес в правительство струю коммерческой энергии, за что его В. Черномырдин и невзлюбил. И его можно понять. Как должен себя чувствовать премьер-министр, когда его первый заместитель ездит на работу на личном “Мерседесе”, обеды ему привозят из “ОНЭКСИМбанка”, а в его приемной толпятся секретарши с формами топ-моделей и зарплатой в несколько тысяч долларов? Причем, на работе этот вице-премьер, в основном, занимается личным бизнесом, а по вечерам отправляется куда-нибудь поразвлечься в разбитной компании. Долго В. Потанин в правительстве не задержался. Какой Черномырдин такое выдержит?» Ельцин 27 октября 1996 года подписал распоряжение, которым руководителю Федеральной службы охраны поручено представить материалы к увольнению с военной службы бывшего начальника Службы охраны президента РФ Александра Коржакова. В документе отмечается, что генерал-лейтенант Коржаков после освобождения указом президента РФ от 20 июня 1996 года от занимаемой должности «выступил с рядом клеветнических заявлений в адрес президента РФ и членов его семьи, а также допустил разглашение информации конфиденциального характера, ставшей ему известной в связи с исполнением служебных обязанностей».
Газета «Вечерняя Москва» 19 декабря 1996 года сообщала: «Руководитель Администрации президента РФ Анатолий Чубайс опроверг утверждения ряда СМИ о том, что дочь Бориса Ельцина Татьяна Дьяченко может быть в ближайшее время назначена помощником главы государства».
Чубайс 7 марта 1997 года назначен первым заместителем председателя Правительства РФ и освобожден от должности руководителя Администрации президента РФ. Новым руководителем Администрации президента РФ 11 марта назначен В.Б. Юмашев. Он проработал на этой должности до 7 декабря 1998 года.
Ельцин 17 марта 1997 года назначил Чубайса по совместительству министром финансов, первым заместителем премьер-министра — Б. Немцова, заместителем премьер-министра — О. Сысуева. Одновременно президент РФ отправил в отставку первых заместителей премьер-министра A. Большакова, В. Илюшина и В. Потанина.
