Реформы затронули и Церковь. Замкнутость духовного сословия была разрушена. Окончившим духовные семинарии был открыт доступ в университеты. Началось бегство детей духовенства в светские учебные заведения. Зато и представитель любого сословия, окончивший духовную семинарию, мог его занять. В семинариях было отменено преподавание агрономии и пр., введённое при Николае.
В статье «Русская Церковь при Александре II (1855-81)» отмечалось:
«Обер-прокурор граф Дмитрий Толстой был одновременно и министром народного просвещения, приобретя власть над Церковью, которой не имели обер-прокуроры без министерского портфеля. «В качестве министра просвещения Толстой прослыл крайним реакционером. Но в церковных делах Толстой проводил либеральные реформы в пользу приходского духовенства. Благодаря его и царского двора заступничеству священнику Беллюстину сошла с рук его революционная по отношению к епископату книга «Описание сельского духовенства в России». Толстой расширил права приходского духовенства в церковном управлении на местах, облегчил процедуру снятия священником с себя сана и последствия этого акта, расширил сеть церковноприходских школ и уровень преподавания в них (обеспечил академический уровень семинарий), открыл выпускникам семинарий доступ в университеты, улучшил материальное положение духовенства. Причиной этих реформ была боязнь распространения атеизма как предвестника революции… Укрепляя и поддерживая церковно-приходские школы, Толстой пытался замедлить рост земских школ, где учителями были радикалы-народники. Попытки расширить сеть церковно-приходских школ за счет части земского школьного налога не увенчались успехом, поскольку земцы предпочитали отдавать эти средства на развитие земской школы. Усиление приходского духовенства нужно для борьбы с епископатом и монашеством, в которых Толстой чувствовал стремление к обособлению и независимому от государства бытию Церкви. Он презирал преимущественно плебейский по происхождению епископат. Толстой допускал мужика в качестве батюшки, но не в качестве князя Церкви; поэтому он командовал Синодом грубо.
Толстой рассчитывал на то, что семинаристы помогут укрепить консерватизм среди студенчества. «Но семинаристы оказались радикальнее мирских студентов, и их приток радикализировал ВУЗы. Семинаристы ринулись в ВУЗы, епископы жаловались на сокращение кандидатов в священники. Пользуясь возможностями получения стипендий и бесплатного образования в семинариях, их заполняла молодёжь, не имевшая намерения принимать сан. В 1879 году Толстому пришлось провести контрреформу: закрыть семинаристам свободный доступ в университеты – они теперь должны были сдавать весьма сложные вступительные экзамены, а детям не из духовных семей – в семинарии; последние принимались в семинарии только с обязательством принять сан после окончания. Элемент принудительности отрицательно сказался на нравственном климате в духовной школе. Семинарские моления в храме перед и после вкушения пищи, были для многих формальны; многие семинаристы были атеистами, либо прохладными христианами, не собиравшимися рукополагаться: дети духовенства не должны были давать обязательства о принятии сана: их родители не имели средств для выбора между церковной и государственной школой. Будь у них выбор, многие не пошли бы в семинарии, а их места заняли бы глубоко верующие юноши из светских семей. И тогда дух в семинариях был бы совсем другой. Большинство семинаристов были детьми сельских батюшек – бедняков с большими семьями. Когда дети выросли и их надо было отправлять в город на учебу, а денег не было, попам приходилось унижаться перед кулаками, просить у них помощи, а за это кормить и поить их, и речи не могло быть об укорах в проповедях. Дети краснели за отца, а христианское воспитание детей духовенства развивало в них обострённую реакцию на социальную несправедливость.
Поэтому разночинцы радикалы, революционеры-интеллигенты были в XIX веке преимущественно выходцами из духовных семей, семинаристами или бывшими семинаристами».
В конце царствования царя-освободителя реформы в области духовного просвещения были признаны провальными.
Положению Церкви в следующее царствование посвящена татья Валентины Тепловой «Император Александр III. Царь-Миротворец».
«Александр III был глубоко верующим православным человеком и для Православной Церкви старался сделать всё, что считал нужным и полезным. При нём заметно оживилась церковная жизнь: активнее стали действовать церковные братства, возникать общества духовно-нравственных чтений и собеседований, а также по борьбе с пьянством. Для укрепления Православия в царствование императора Александра III основывались вновь или восстанавливались монастыри, строились храмы, в том числе на многочисленные и щедрые императорские пожертвования. За его 13-летнее царствование на казённые средства и на пожертвованные деньги было сооружено 5 000 церквей. Из храмов, возведённых в это время, своей красотой и внутренним благолепием замечательны: храм Воскресения Христова в Петербурге на месте смертельного ранения императора Александра II— Царя Мученика, величественный храм во имя Святого Равноапостольного князя Владимира в Киеве, собор в Риге. В день коронации императора торжественно освящён в Москве храм Христа Спасителя, охранявшего Святую Русь от дерзкого завоевателя. Александр III не допускал никакой модернизации в православном зодчестве и сам лично утверждал проекты строящихся храмов. Он ревностно следил за тем, чтобы православные церкви в России выглядели по-русски, поэтому архитектура его времени носит резко выраженные черты своеобразного русского стиля. Этот русский стиль в храмах и зданиях он оставил в наследство всему православному миру.
Чрезвычайно важным делом эпохи Александра III были церковно-приходские школы. Император видел в приходской школе одну из форм сотрудничества Государства и Церкви. Православная Церковь, по его убеждению, искони была воспитательницей и учительницей народа. Столетиями школы при церквях были первыми и единственными школами на Руси, в том числе и Белой. До половины 60-х годов XIX века почти исключительно священники и другие члены причта были наставниками в сельских школах. 13 июня 1884 г. императором были утверждены «Правила о церковно-приходских школах». Утверждая их, император на докладе о них написал: «Надеюсь, что приходское духовенство окажется достойным своего высокого призвания в этом важном деле». Церковно-приходские школы стали открываться во многих местах России, часто в самых глухих и отдалённых селениях. Зачастую они являлись единственным источником просвещения для народа. При вступлении на престол императора Александра III в Российской империи было всего около 4 тысяч церковно-приходских школ. В год его кончины их было 31 тысяча, и в них обучалось более миллиона мальчиков и девочек.
Вместе с ростом числа школ укреплялось и их положение. Первоначально эти школы основывались на церковные средства, на средства церковных братств и попечительств и отдельных благотворителей. Позднее пришла к ним на помощь государственная казна. Для заведывания всеми церковно-приходскими школами был образован при Святейшем Синоде особый училищный совет, издающий учебники и необходимую для образования литературу. Опекая церковно-приходскую школу, император осознавал важность соединения в народной школе основ образования и воспитания. Это воспитание, оберегающее народ от пагубных влияний Запада, император видел в Православии. Поэтому и к приходскому духовенству Александр III относился особенно внимательно. До него приходское духовенство лишь немногих епархий получало содержание от казны. При Александре III был начат отпуск из казны сумм на обеспечение духовенства. Этим распоряжением было положено начало улучшению быта русского приходского священника. Когда духовенство приносило благодарность за это начинание, он сказал: «Буду вполне рад, когда мне удастся обеспечить всё сельское духовенство».
