Разумеется, что, войдя в подчинение ВЧК, матросы Попова продолжали вести себя в лучших традициях анархизма. Служебными обязанностями себя они особо не утруждали. Поповцы, в принципе, выполняли рутинную комендантскую работу: производили аресты, конвоировали арестованных, что-то и кого-то охраняли. Однако делали это матросы только тогда, когда им этого хотелось самим. Если же им что-то приказывали, а желания исполнять приказ не было, то поповцы могли легко куда подальше послать даже самое высокое начальство. По этой причине руководство ВЧК старалось Попова и его буйную вольницу лишний раз нигде не задействовать. Более того, с поповцами всячески заигрывали. Так, Л. Д. Троцкий, по своей личной инициативе, торжественно вручил Д. И. Попову и его матросам Красное отрядное знамя на Красной площади.
У самого Ф. Э. Дзержинского с матросами отношения были вообще непростыми. Из воспоминаний писателя Р. Б. Гуля: «В 1918 году, когда отряды чекистов состояли сплошь из матросов, один такой матрос вошел в кабинет Ф. Э. Дзержинского в совершенно пьяном виде. Аскет Ф. Э. Дзержинский сделал ему замечание, но пьяный внезапно обложил Ф. Э. Дзержинского, вспомнив всех его родителей. Ф. Э. Дзержинский затрясся от злобы, не помня себя, выхватил револьвер и, выстрелив, уложил матроса на месте. Но тут же с Ф. Э. Дзержинским случился припадок падучей». Факт убийства Дзержинским матроса был обсужден на заседании ВЧК, которое вынесло следующее постановление: «Ответственность за поступок несет сам, и он один, Ф. Э. Дзержинский. Впредь же все вопросы о расстрелах решаются в ВЧК, причем решения считаются положительными при половинном составе членов комиссии, а не персонально, как это имело место при поступке Ф. Э. Дзержинского». На этом собственно дело и закончилось. Что касается Дзержинского, то после этого случая он стремился выдавливать матросов из ВЧК, причем это касалось не только отряда Попова, но и вообще всех матросов в структурах ВЧК.
При этом Д. И. Попов был сам не слишком чист на руку, завышая в отчетных документах чуть ли не в два раза численность своего отряда, что позволяло его матросам получать дополнительное продовольственное и вещевое имущество. Для разбирательства по этому вопросу Попову была послана повестка для вызова на допрос в комиссию ВЧК, но Д. И. Попов проигнорировал и ее. Более того, он обиделся на Дзержинского за такое недоверие, и с этого момента его отряд стали фактически неуправляем для руководства ВЧК.
Изменение настроения поповцев имело и другие причины. Дело в том, что в начале июня часть отряда Д. И. Попова недолго повоевала на Волге, на участке Сызранского фронта. При этом Д. И. Попов вел себя на фронте как истинный анархист. Он отказался выполнить приказ командующего фронтом выступить на помощь войскам, сражавшимся против мятежников под Самарой. Кроме этого, отряд прославился своими бесчинствами по отношению к местному населению. О настроениях в отряде Д. И. Попова в своих показаниях достаточно подробно рассказал впоследствии Ф. Э. Дзержинский. Будучи арестован матросами, он вынужден был выслушать их претензии к советской власти, «что отнимаем муку у бедняков, что погубили предательски флот, что обезоруживаем матросов, что не даем им ходу, хотя они на себе вынесли всю тяжесть революции. Единичные голоса раздавались, что обезоружили их, анархистов, расстреляли в Бутырках больше 70 человек…».
К июлю 1918 года Попов полностью вычистил свой отряд от большевиков. Большая часть красноармейцев-финнов, составлявших ранее основу отряда, была отправлена на чехословацкий фронт. Взамен их в отряд влилась большая группа приехавших в Москву черноморских матросов. Последние были полностью разочарованы в советской власти, деморализованы и неуправляемы. Кроме того, они были озлоблены и грозились мстить за сдачу и потопление Черноморского флота. Черноморцы вообще никому не подчинялись, занимаясь разбоем, грабежами и пьянством. Именно поэтому нарком А. Д. Цюрупа именовал их не иначе, как бандитами, а черноморские отряды самыми настоящими бандами. Когда поведение черноморцев стало совершенно невыносимо, Ф. Э. Дзержинский отдал приказ Д. И. Попову их разоружить. Д. И. Попов ранее уже успешно справлялся с подобными заданиями в отношении разного рода анархиствующих отрядов. Однако на этот раз он поступил совершенно иначе и вместо ареста записал «бандитов» в свой отряд, поскольку там царили схожие настроения и порядки. Дзержинский, узнав о решении Попова, возмутился, но тот это возмущение проигнорировал.
Кстати, матросы отряда Попова, бывшие в своем подавляющем большинстве черноморцами, выдвигали в качестве главного мотива противостояния большевикам – месть за сдачу и потопление ими Черноморского флота. Всего к июлю в отряде Д. И. Попова числилось до восемьсот человек, кроме этого, в отряде имелось несколько орудий и броневиков.
В преддверии грядущих событий Попов заранее перевел свой отряд в полную боевую готовность, лично вел антисоветскую агитацию, рассказывая, что немецкие контрреволюционеры собираются разоружить отряд, арестовать самого Попова.
* * *
Ряд историков полагают, что день восстания 6 июля был выбран в том числе потому, что на этот день приходился латышский национальный праздник Лиго, что должно было нейтрализовать нанятые большевиками латышские части, так как латыши в этот день традиционно напиваются до бесчувствия.
Сигналом же к мятежу левых эсеров послужил террористический акт, совершенный сотрудником центрального аппарата ВЧК Я. Г. Блюмкиным. 6 июля 1918 года Яков Блюмкин, в сопровождении матроса Н. А. Андреева из отряда Д. И. Попова, убил германского посла В. Мирбаха. Посла застрелил именно Н. А. Андреев. Он же отвез раненного в ногу Блюмкина в лазарет, который находился при штабе отряда Попова в Трехсвятительском переулке.
С помощью террористического акта против «агентов империализма» ЦК левых эсеров рассчитывал повлиять на политику советской власти, которую не могли изменить легитимным путем, через съезд Советов. Этим предполагалось, прежде всего, спровоцировать Германию на разрыв Брестского мира и заставить большевиков отказаться от «позорной политики соглашательства».
После осуществления террористического акта поповцы без всякого сопротивления захватили здание ВЧК, Главпочтамт и Центральный телеграф, с которого тут же начали рассылать свои воззвания по всей России. На Центральном телеграфе матросы разоружили присланные туда две роты латышских стрелков. Полупьяные латыши практически не оказали сопротивления.
Происходящее стало полной неожиданностью для большевиков, и среди них царила растерянность. По сведениям очевидцев, В. И. Ленин вообще находился в полной прострации. Трезвость мысли сохранил лишь верный ему В. Д. Бонч-Бруевич. Именно Бонч-Бруевич сразу же предложил Ленину следующий план подавления мятежа: «Надо немедленно двинуть войска. Надо окружить восставших и предложить им сдаться. Если не согласятся, открыть по ним артиллерийский огонь и расстрелять их всех. Одновременно занять войсками центральный телефон и телеграф, и вокзалы».
Далее В. Д. Бонч-Бруевич отмечал в своих воспоминаниях: «Этот мой план понравился Ленину. Но тут вмешался Свердлов: «Ничего этого не надо, – пробасил Свердлов, – в два счета мы все успокоим. Что случилось? Ничего нет!» В ответ Бонч-Бруевич заявил: «Войсковая часть ВЧК восстала!» Свердлов: «Ну, какое это восстание? Надо только появиться там Дзержинскому и все успокоится. Ты, Феликс, поезжай туда и телеграфируй нам. А после разберемся». – Бонч-Бруевич: «Ленин более не принимал участие в разговоре, и мы пошли к автомобилю. «Я еду», – крикнул Дзержинский и почти пронесся мимо нас. Вскочил в свой автомобиль и исчез».