Вскоре, в соответствии с Указом Президента РСФСР от 26 ноября 1991 года «О преобразовании Комитета государственной безопасности РСФСР в Агентство федеральной безопасности РСФСР», ГУ ВКР было переподчинено этому агентству уже в качестве Управления военной контрразведки.
Затем, Указом Президента России от 24 января 1992 года, на базе АФБ РСФСР и МСБ СССР было создано Министерство безопасности РФ, которое 21 декабря 1993 года было преобразовано в Федеральную службу контрразведки РФ, ставшую 3 апреля 1995 года Федеральной службой безопасности Российской Федерации. Управление военной контрразведки входило в состав этих ведомств.
В ходе последующей реорганизации служб безопасности, с 6 июня 1997-го по 10 августа 1998 года, управление входило в состав Департамента контрразведки ФСБ РФ, после чего вновь стало самостоятельным подразделением ФСБ России — Управлением военной контрразведки. С 7 февраля 2000 года УВКР, сохраняя это название, стало также именоваться еще и Третьим управлением ФСБ. 4 августа 2004 года оно было преобразовано в Департамент военной контрразведки (3-й департамент) ФСБ России, в коем статусе пребывает и поныне.
Наряду с различными структурными изменениями совершенствовалось правовое регулирование работы военной контрразведки. В настоящее время задачи и направления ее деятельности определены Федеральным законом РФ «О Федеральной службе безопасности» от 3 апреля 1995 года № 40-ФЗ с соответствующими изменениями и дополнениями, а также «Положением об управлениях (отделах) Федеральной службы безопасности Российской Федерации в Вооруженных силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах (органах безопасности в войсках)», утвержденным Указом Президента РФ от 7 февраля 2000 года № 318.
«В систему органов безопасности в войсках входят Департамент военной контрразведки ФСБ России, а также управления и отделы Федеральной службы безопасности по военным округам и флотам, внутренним войскам МВД, Космическим войскам РФ, Командованию специального назначения
[338], объединениям центрального подчинения; отделы ФСБ по объединениям, соединениям, воинским частям, гарнизонам, военным образовательным учреждениям вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов. ДВКР осуществляет непосредственное руководство органами безопасности в войсках, обеспечивает безопасность в центральных органах управления вооруженных сил, других войск, воинских формирований и органов, а также в непосредственно подчиненных им воинских частях и организациях.
Задачи органов безопасности в войсках стали гораздо шире и разностороннее тех, которые решались военной контрразведкой в советский период. Но, как и прежде, на первом месте стоит выявление, предупреждение и пресечение разведывательной и иной деятельности спецслужб и организаций иностранных государств, а также отдельных лиц, направленной на нанесение ущерба безопасности Российской Федерации, Вооруженных сил РФ, других войск, воинских формирований и органов. Важное значение имеет добывание разведывательной информации об угрозах безопасности нашей стране и ее вооруженным силам; совершенно новым стало выявление, предупреждение и пресечение террористической и диверсионной деятельности, а также преступлений, отнесенных федеральным законодательством к подследственности органов Федеральной службы безопасности, и предотвращение несанкционированных действий с оружием массового поражения. Задачу обеспечения защиты сведений, составляющих государственную тайну, также можно назвать традиционной, зато организация и осуществление в Вооруженных силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах во взаимодействии с другими государственными органами борьбы с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ, наркотических средств и психотропных веществ, специальных технических средств, предназначенных для негласного получения информации, с незаконными вооруженными формированиями, преступными группами, отдельными лицами и общественными объединениями, ставящими своей целью насильственное изменение конституционного строя, насильственный захват или насильственное удержание власти вошли в функции военной контрразведки сравнительно недавно. В числе задач остаются также участие в обеспечении Президента РФ, председателя Правительства России и по их поручениям федеральных органов государственной власти, а также органов государственной власти субъектов РФ информацией об угрозах безопасности Российской Федерации и ее вооруженных сил, а также участие в оперативном (контрразведывательном) обеспечении защиты государственной границы Российской Федерации.
Как и прежде, военная контрразведка обеспечивает руководство Минобороны и Генштаба, командование на местах информацией о предпосылках к чрезвычайным происшествиям в войсках и возникающих угрозах их безопасности, оказывает помощь в поддержании на должном уровне боеготовности и боеспособности частей и соединений, вносит весомый вклад в борьбу с негативными явлениями и фактами искривления дисциплинарной практики в воинских коллективах»
[339].
* * *
Нет необходимости объяснять, что 1990-е годы стали для органов военной контрразведки сложнейшим временем. В стране и армии резко обострилась оперативная обстановка, в кадровом составе органов безопасности происходили очень болезненные процессы. Не все сотрудники смогли выдержать тот шквал подлой критики и несправедливых обвинений, которые «срежиссированно» сыпались в их адрес; многие опытные контрразведчики по той или иной причине ушли в запас. Все же основной состав органов военной контрразведки — как в центре, так и на местах — тогда сохранился.
Из нескольких надежных источников нам стало известно, что в пору первых «кардинальных реформ» тогдашнее руководство Минобороны вознамерилось подчинить военную контрразведку себе. В подтверждение целесообразности предлагался пример «Смерш» без учета того, что функции УВКР МБ РФ во многом отличались от задач воюющей контрразведки НКО, подчиненной лично наркому И. В. Сталину. Был уже заготовлен Указ Президента, но против такой идеи восстал генерал-полковник Д. А. Волкогонов. Как военачальник высокого ранга, военный историк и вообще человек мудрый (какие-то иные претензии к нему — в данном случае не наша тема), он понял опасность такой «реформы» и убедил Б. Н. Ельцина не подписывать указ. Думается, если б военная контрразведка стала тогда для Минобороны «карманной», вооруженные силы разворовали и развалили бы гораздо раньше…
Помнится, в ту пору бытовало мнение, что спецслужбы нашему государству, возвратившемуся в «братскую семью “цивилизованных” государств», более не нужны… Впрочем, эта эйфория давно прошла и «братской» для нас эта «семья» реально так и не стала. Мероприятия по поддержанию обороноспособности, в том числе новые разработки вооружений, а также планы строительства и развития военной составляющей России сегодня вызывают беспрецедентную активность иностранных разведок, деятельность которых на некоторых направлениях приобретает исключительно дерзкий характер. Но если в 1980-е годы и ранее основными противниками военной контрразведки являлись спецслужбы США, Великобритании и Германии, то сейчас количество желающих стать обладателями оборонных тайн Российской Федерации увеличилось многократно. Отмечается особое стремление к добыванию информации, касающейся развития стратегических ядерных сил, создания новых образцов вооружений для РВСН.
