В последующем волжские татары, распределенные среди партизанских отрядов, выступили противниками немецких ударных групп и были частично убиты, а частично взяты в плен. При этом шесть из приданных охранным полкам десяти танков вследствие непроходимой местности и ряда других причин вышли из строя, а вот 631-й казачий батальон, сражавшийся в рядах ударных групп, отличился мастерством и храбростью.
Главными опорными пунктами партизан, согласно данным разведки, служили село Красный Двор, располагавшееся в 17 километрах северо-восточнее Витебска, и леса по обе стороны цепочки озер, в первую очередь рядом с озером возле деревни Козловичи в 37 километрах севернее Витебска. При этом с сооруженного на озере возле Козловичей аэродрома в советский тыл регулярно отправлялись раненые и даже отпускники из числа партизан. В свою очередь туда прибывали спецподразделения Красной армии.
При своем продвижении вглубь партизанской зоны немецкие ударные группы находили только пустые деревни, поскольку их жители вместе со всем скотом присоединились к отходящим партизанским отрядам и начали возвращаться в свои жилища лишь через несколько дней после начала операции. Причем, как следует из журнала боевых действий 201-й охранной дивизии за период с 31 марта по 2 апреля 1943 года (NOKW 2137) и донесения 717-й группы тайной полевой полиции № А/111/43 от 18 марта 1943 года (NOKW 706), вместе с местными жителями, которым партизаны сказали, что немцы расстреляют их всех до единого, под видом безобидных крестьян сквозь немецкие линии оцепления проходило немало партизан, пропускавшихся немецкими солдатами ввиду отсутствия ясных указаний без всякого досмотра.
В соответствии с полученными инструкциями в ходе этой операции войска воздерживались от сжигания населенных пунктов и хуторов. Отдельные же исключения из этого установленного правила в первый день наступления благодаря жестким приказам в дальнейшем были пресечены. Одновременно силы тайной полевой полиции и 9-й эйнзацкоманды эйнзацгруппы «В» СД осуществили проверку 169 деревень и 3583 человек, 804 из которых затем переместили в сборный лагерь, а 227 опознанных партизан и 406 партизанских пособников расстреляли. Кроме того, командование 9-й эйнзацкоманды доложило о расстреле 823 бандитов и их пособников, из них 127 вооруженных женщин, 33 дезертировавших волжских татар и 4 евреев.
В докладе же штаба 201-й охранной дивизии (NOKW 2137) и 717-й группы тайной полевой полиции (NOKW 706) об итогах операции содержатся сведения о 3738 убитых партизанах, в том числе 3 офицеров и 5 комиссаров и 260 бандитов, взятых в плен. При этом потери ударных групп составили 117 убитых, в том числе 5 офицеров, 334 раненых и 21 пропавших без вести.
Между тем еще до окончания операции «Шаровая молния» командующий 590-м армейским тыловым районом выпустил директиву об обхождении с населением, партизанами и их имуществом, в которой подчеркнул, что соблюдение принципов справедливости и сохранение условий обитания для местных жителей являются важными предпосылками для длительного умиротворения края. Он заявил, что насилием нельзя добиться сотрудничества населения и тот, кто применяет силу, оказывает тем самым содействие большевизму, и поэтому ожидает от солдат строгого соблюдения законов военного времени.
В этой директиве от 7 марта 1943 года однозначно подчеркивалось: «Необходимо понимать, что мы как никогда нуждаемся в помощи русских как в восстановлении занятых территорий, так и в качестве помощников в борьбе с партизанской опасностью. Нашим врагом является не русский народ, а большевизм. Поэтому пристойное и справедливое обращение даже с чуждым нам народом, особенно с беззащитными людьми, должно стать для солдат само собой разумеющимся правилом… Скот и имущество, без сомнения принадлежащие не имеющему отношения к бандитам населению, должны оставаться нетронутыми или быть возвращены… Эксплуатация края не является задачей войск. Их цель состоит в завоевании доверия населения и сохранении условий его обитания» (NOKW 2128).
И подобные голоса, призывавшие к благоразумию, были далеко не единичны. Вопреки воле Гитлера, выступавшего за освобождение от судебного преследования всех солдат, участвовавших в антипартизанской борьбе, в приказах высшего командования вермахта тем не менее содержались указания, предписывавшие подвергать судебному преследованию всех военнослужащих, совершивших любые преступления и самоуправство.
Здесь уместно будет напомнить, что такое противоречило основным положениям директивы Гитлера № 46 «Об усилении борьбы с бесчинствами банд на Востоке» от 18 августа 1942 года и выпущенного Верховным командованием вермахта 11 ноября 1942 года в ее развитие «Боевого наставления по борьбе с бандами на Востоке». Более того, 16 декабря 1942 года Гитлер решил дополнить это наставление преамбулой, в которой были отражены высказанные им 1 декабря того же года мысли во время вечернего обсуждения в штаб-квартире фюрера обстановки на фронтах, зафиксированные в протоколах и стенограммах его выступлений, изданных Гельмутом Хайбером в Штутгарте в 1962 году.
В частности, Гитлер заявил: «Главным в уничтожении банд, и это надлежит вдолбить в голову каждому, является то, что ведет к успеху. Это должно перевешивать все остальное. И если кто-то делает нечто такое, что противоречит имеющимся предписаниям, но ведет к абсолютному успеху, или видит вынужденную необходимость применить грубое насилие, то в этом случае законны все средства, ведущие к успеху. Цель должна быть одна – уничтожение банд и восстановление спокойствия…»
Не случайно в указанном выше наставлении среди прочего рекомендовалось: «Как правило, пленные должны расстреливаться на месте после короткого допроса… Каждый командир подразделения отвечает за то, чтобы пленные бандиты и гражданские лица, захваченные при совершении активных действий (включая женщин), были расстреляны или, что еще лучше, повешены… Против деревень, в которых банды нашли поддержку какого-либо рода, предлагается применять, как правило, коллективные меры. Эти меры, в зависимости от тяжести вины, могут заключаться в увеличении норм сдачи, изъятии части или всего поголовья скота, отправке работоспособных мужчин для трудового использования в Германию и даже уничтожении всей деревни. Приказ на проведение коллективных мер могут отдавать только офицеры в звании гауптман и выше».
Как уже отмечалось, многие командующие с таким подходом были не согласны, но им приходилось с этим мириться. В результате на свет появлялись такие документы, как, например, приказ Верховного командования вермахта № 004870/42 от 16 декабря 1942 года по борьбе с партизанами, который гласил:
«Фюрером получены донесения о том, что отдельные военнослужащие германской армии, участвующие в борьбе с партизанами, впоследствии привлекаются к ответственности за свое поведение во время боя. В связи с этим фюрер приказывает:
1. Враг направляет на партизанскую борьбу фанатичных, воспитанных в коммунистическом духе бойцов, которые не останавливаются ни перед каким насилием. Здесь больше, чем когда-либо, речь идет о том, быть или не быть. Эта борьба не имеет ничего общего с солдатским рыцарством или с условиями Женевской конвенции… Если эту борьбу против бандитов, как на Востоке, так и на Балканах, не вести самыми жестокими методами, то в обозримом будущем имеющихся в распоряжении сил не хватит, чтобы одержать верх над этой чумой.