Архимандрит отдавал приоритет переводу различных православных текстов на китайский язык, чтобы службы стали понятнее прихожанам. Эта работа в значительной мере затруднялась отсутствием подходящего китайско-русского словаря. Лучшим подспорьем стал китайско-латинский словарь, предоставленный католическими священниками из португальской миссии. За четыре года отец Иакинф составил собственный словник, который пополнял на протяжении всего периода пребывания в Пекине. Для улучшения познаний в разговорном языке он часто бродил по городским улицам в китайских одеждах и болтал с прохожими. Общительный монах легко сдружился с местным населением, в том числе с чиновниками Лифанюаня – китайского аналога Министерства иностранных дел, где он прославился тем, что переводил европейскую дипломатическую переписку. Параллельно отец Иакинф внимательно следил за внутриполитическими событиями в Китае. Когда Лин Цин, сын скромного клерка, поднял в 1813 г. «восстание Восьми триграмм», архимандрит послал в Санкт-Петербург подробный рассказ, который стал его первой публикацией
604.
В дальнейшем отец Иакинф все больше погружался в изучение Китая за счет времени, отведенного его религиозным и административным обязанностям. Двое студентов миссии, приехавших учить язык, умерли от пьянства, а один из подчиненных стал продавать церковное имущество. Вторжение Наполеона в Россию прекратило и без того скромный поток денежных средств из России, и миссия оказалась в крайне стесненном материальном положении. Как и в Иркутске, среди подчиненных росло недовольство, в Синод стали поступать тревожные доклады о непристойном поведении, которое позволял себе архимандрит. По словам Егора Тимковского, чиновника Азиатского департамента Министерства иностранных дел, познакомившегося с Иакинфом в Пекине ближе к концу его пребывания, эти обвинения не были полностью лишены основания. Позднее Тимковский вспоминал, как провел много вечеров с монахом, который «за стаканам пунша любил рассказывать про разные скандалы пекинские, не скрывая и своего участия в них»
605.
В 1816 г. отец Иакинф подал запрос на продление своих полномочий еще на один срок, однако его прошение было быстро отклонено. Когда в 1822 г. архимандрит вернулся в Санкт-Петербург, ему была предъявлена серия обвинений, включая такие: «Выходит в публичные места в неприличном виде и одеянии, бывает в театрах, в трактирах и в вольных домах… пьянствует, не совершает служб церковных и вообще не исполняет своего долга… и миссионерских обязанностей»
606. Выдвигались также обвинения в вандализме, растрате, прелюбодеянии и педерастии. Но самым тяжелым проступком отца Иакинфа было то, что его истинным призванием оказалась наука, а не религия. Тимковский писал: «Он был очень даровитый, умный и даже добрый человек, но страшный эпикуреец. Духовное звание было эму противно, да он попал в него случайно»
607. По решению Синода он был лишен священнического сана и сослан в Соловецкий монастырь «под строгий надзор» простым монахом. Правда, император смягчил наказание, заменив Соловецкий монастырь менее суровым по своим условиям Валаамским монастырем на Ладожском озере.
У отца Иакинфа осталось несколько влиятельных покровителей даже после того, как от него отвернулись высокие начальники Священного синода. На Министерство иностранных дел произвели сильное впечатление глубокие знания восточного соседа, приобретенные монахом. Барон Павел Шиллинг фон Канштадт, сотрудник Азиатского департамента, смог добиться возвращения Бичурина в Санкт-Петербург из Валаама в 1826 г. и устройства его чиновником на жалованье в департамент. При этом, несмотря на некоторые предпринятые усилия, отцу Иакинфу не удалось снять с себя монашеский обет. Он занимал удобную двухкомнатную келью в Александро-Невской лавре, где и выполнял значительную часть своей работы, лишь изредка приходя в здание министерства у Певческого моста.
Отец Иакинф чрезвычайно плодотворно работал над серией трудов о Китае и Центральной Азии
608. За три года, проведенных в столице империи, он опубликовал шесть книг, начав с «Описания Тибета» 1828 г., базирующегося на отчетах чиновников империи Цин. Удостоенная похвалы критиков, в частности китаеведа Осипа Сенковского, работа была вскоре переведена на французский язык
609. Еще до конца года монах успел выпустить «Записки о Монголии». Труд, представляющий собой сочетание путевых дневников, созданных в период возвращения из Пекина в 1821 г., и рассуждений об истории, законодательстве и статистики региона, был издан также на французском и немецком языках. Первые книги отца Иакинфа были благоприятно встречены как министром иностранных дел графом Карлом Нессельроде, так и министром просвещения, князем Карлом Ливеном, и в декабре 1828 г. Иакинфа избирают членом-корреспондентом Академии наук. В следующем году появились еще четыре труда: «Описание Чжуньгарии и Восточного Туркестана», «История первых четырех ханов из рода Чингисова», «Сань цзы цзин, или Канон трех иероглифов» – учебная книга для детей о конфуцианских идеях, а также «Описание Пекина». Первые три были скорее русскими переводами китайских текстов, но последнюю он составил лично, на что потратил целый год.
Продуктивная работа отца Иакинфа не мешала ему завести новых друзей в Санкт-Петербурге
610. Еще до ссылки на Валаам он заслужил репутацию необычайно одаренного ученого, которому есть что рассказать о Китае. Монах сблизился с такими знаменитостями, как Пушкин, Карамзин, Белинский, а также с директором Императорской публичной библиотеки Александром Олениным. Последний способствовал появлению у монаха дополнительного дохода, поручив ему составить каталог китайских и маньчжурских собраний библиотеки и назначив почетным библиотекарем, такой же чести были удостоены и другие востоковеды – Осип Сенковский и Христиан Френ. Вскоре после возвращения из Китая отец Иакинф познакомился с будущим заговорщиком-декабристом Николаем Бестужевым. Через много лет он посетит ссыльного декабриста на Петровском Заводе в Восточной Сибири, а бестужевский портрет работы Бичурина сегодня хранится в музее Кяхты.
