Наплыв знати, которая не забыла о своем унижении в подмосковном Совете и домогалась особого положения в новом ярославском Совете, создавал немалые проблемы и противоречия. Прежде всего, для лидеров Второго ополчения, которые проявляли чудеса дипломатии.
Важнейшей особенностью Нижегородского ополчения было то, что его руководители в лице Минина и Пожарского — в отличие от Ляпунова, Трубецкого и Заруцкого — не претендовали на диктаторские полномочия.
Под текстом соборной грамоты князь Дмитрий приложил руку десятым, признав тем самым местническое превосходство девяти других более знатных бояр и стольников. Перед вождем ополчения поставили свои подписи боярин Морозов, боярин князь Владимир Долгорукий, окольничий Головин, князь Иван Никитич Одоевский, князь Пронский, князь Волконский, Матвей Плещеев, князь Львов, Мирон Вельяминов. И лишь потом Пожарский. На 15-м месте: «В выборного человека всею землею, в Козьмино место Минина князь Дмитрий Пожарский руку приложил».
Сдержанность Пожарского успокаивала знать, но не укрепляла позиций самого лидера движения. В апреле «Совет земли» разработал план крупного наступления против казаков и поляков. И тут выяснилось, что знать и слышать не хотела о службе под началом неродословного стольника Пожарского. Поэтому Совет поручил руководить операцией воеводе князю Дмитрию Черкасскому, который долгое время пребывал в тушинском лагере, затем перешел к полякам и только потом оказался в земском ополчении. Но при этом он занимал высокое местническое положение. И, предложив Черкасскому это пост, Совет окончательно перетянул его из подмосковного лагеря на ярославскую службу.
Серьезные распри вспыхнули после того, как в Ярославль, наконец, прибыла казанская рать. В качестве ветеранов движения казанцы во главе с Биркиным рассчитывали занять руководящее место. «В Нижнем Биркин был заметной фигурой среди сподвижников Пожарского, — писал Скрынников. — В Ярославле не только Биркин, но и сам Пожарский затерялся в толпе бояр и знатных дворян. Когда Биркин явился в Совет и от имени казанцев потребовал себе прежнюю должность, бояре и воеводы прервали его на полуслове. Будь то обычная местническая тяжба, спор не вышел бы из стен приказной избы. Но затронутыми оказались более глубокие интересы. За Биркина заступились казанцы, а также хорошо знавшие его смоленские дворяне и нижегородские стрельцы. Против него объединились бояре и дворяне. Раздор едва не привел к кровопролитию». О конфликте Биркин сразу же сообщил в Казань, откуда последовал приказ отряду казанцев вернуться. «Новый летописец» зафиксировал: «Казанские же люди по приказу Никанора Шульгина пришли в Ярославль и назад пошли, никакой помощи не дали, лишь многую пакость земле сотворили, и на обратном пути так же. Немногие же казанцы остались: голова Лукьян Мясной, да с ним двадцать человек князей и мурз, да дворян тридцать человек, да голова стрелецкий Постник Неелов, да с ним сто человек стрельцов».
Власть «Совета всея земли» признали замосковный край, понизовые и поморские города. Это позволило ему стать своего рода временным правительством России. В течение короткого времени Минин и Пожарский заново организовали систему управления обширной территорией, отказавшейся признать Лжедмитрия III.
Минин стал душой нового правительства. В Ярославле он обзавелся собственной печатью как «Выборный всею землею человек». Пожарский же теперь именовался «по избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Пожарский».
Во время ярославского стояния земские люди учредили новый герб. Поскольку, начиная с Отрепьева, самозванцы неизменно выступали под знаменами с двуглавым орлом, Второе ополчение избрало другую эмблему — льва. На большой земской печати было изображение «двух львов стоячих», а на меньшей дворцовой печати — «льва одинокого».
Для дипломатической переписки Пожарский заказал печатку с собственным гербом: два льва, которые поддерживали геральдический щит с изображением ворона, клюющего вражескую голову, а под щитом — поверженный змей. По краю шла подпись: «Стольник и воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарсково Стародубсково». Родовое прозвище далеких предков — удельных князей Стародубских — понадобилось для защиты от постоянных проблем с «худородством».
Святыней Нижегородского ополчения стала знаменитая Казанская икона Божией Матери. Минин и Пожарский были глубоко верующими людьми, много и усердно молились по обычаю тех времен. Чудотворную икону Казанской Богоматери обрели в Ярославле. По одной из версий она сопровождала казанское войско, когда оно шло еще в Первое ополчение. Когда в Ярославле оказался казанский соборный протопоп, возвращавшийся с этой иконой домой, Пожарский и его соратники попросили оставить икону в войске, а взамен заказали еще один список.
Совет решал такие вопросы, как снабжение ополчения и пополнение его бюджета, выплата жалованья ратным людям, мобилизация военных сил, укрепление обороноспособности городов, кадровые назначения, регулирование государственной службы и земельных споров, разбор жалоб населения, местное управление.
Был создан и эффективный исполнительный, приказной аппарат, который функционировал вплоть до избрания на царство Михаила Романова. За весну — лето в Ярославле возникло не менее десяти приказов, в которых служили 12–16 дьяков и 15 подьячих.
В Ярославле действовали свои Посольский и Поместный приказы, Казанский дворец, Судная изба. Воеводы производили смотр вновь прибывшим дворянам и стрельцам, определяли им жалованье под письменное обязательство службу служить и со службы не сбегать. Все должностные назначения проходили через Разрядный приказ.
Поместный приказ приступил к раздаче земель оскудевшим дворянам. Отменялись некоторые прежние земельные пожалования, выпрошенные у Сигизмунда или даже полученные от Первого ополчения.
В Ярославле Минин поначалу призвал местных купцов и попросил вносить средства на освобождение Москвы. Но те не вняли призывам. Собравшись в земской избе, «лучшие люди» Ярославля едва не учинили расправу над самим Мининым. Среди них были ярославский купец и земский староста Григорий Леонтьевич Никитников, а также крупные купцы Степан Лыткин и Надей Светешников, которые не совсем понимали, по какому праву такой же земский староста и посадский человек пришел хозяйничать в Ярославль. Никитников и Лыткин заявили, что их приказчики уже внесли деньги в казну ополчения в Нижнем Новгороде. Прения в земской избе затягивались. Тогда Минин показал, что с ним шутки плохи: он послал за стрельцами, которые арестовали Никитникова и прочих гостей и отвели в воеводскую избу к Пожарскому. Перед воеводами и приказными Минин объявил вину купцов и потребовал лишить их всего имущества. Пожарский поддержал коллегу. Деловой элите Ярославля осталось лишь пасть на колени. Этот эпизод не помешает ей потом заседать в «Совете всея земли».
Затем в Ярославле заработали приказы по сбору налогов. Финансово-хозяйственными делами занимались Приказ Большого дворца, Казна, Галицкая четверть (в ней подвизался ближайший соратник Минина и Пожарского нижегородский дьяк Василий Юдин), Новгородская и Нижегородская четверть. Приступая к сбору средств в той или иной волости, Совет приглашал волостных старост, целовальников и лучших людей «для земского совета». В обычных условиях требовалось много времени для описания земель. Минин сделал это в считаные дни, разослав дозорщиков в Суздаль, Кинешму и Торжок, чтобы выяснить реальные возможности налогоплательщиков.