Во втором полугодии 1941 года были арестованы 1480 «церковников и сектантов». Можно с уверенностью утверждать, что число репрессированных по этой категории было существенно выше. Сведения по второму полугодию явно неполны в связи с оккупацией нацистами Украины, Белоруссии, Прибалтики, Молдавии, ряда областей РСФСР. В статистических сведениях НКВД за тот год даже отсутствует традиционная таблица со сведениями о числе арестованных по территориальным и структурным органам НКВД.
В литературе встречаются утверждения, что с первых дней Великой Отечественной войны «кое-что начало меняться» в отношении религии и Церкви, прекратилась антирелигиозная пропаганда, а советское государство начало «поиски новых отношений с религиозными организациями»; изменилась государственная политика по отношению к Московской патриархии: действительность заставила Сталина, руководство ВКП(б) «перейти к диалогу во имя единства верующих и атеистов в борьбе с общим врагом России». «Уже в первый период войны… практически прекратились аресты священнослужителей».
Причина сравнительно небольшого числа арестов священников объясняется прежде всего тем, что «арестовывать стало практически некого», ибо к началу войны подавляющее большинство священников уже были репрессированы. Только в 1937 году были репрессированы как минимум 33 382 «служителя религиозного культа», а всего по категории «духовенство, сектанты» — 37 331 человек. В 1938 году по категории «сектантско-церковная контрреволюция» — 13 438 человек. По-видимому, большинство из них были расстреляны. На территории современной Новгородской области в 1937–1938 годах «было расстреляно не менее 83 % священников, служивших на приходах Московской патриархии на начало 1937 г.: 298 человек из 362» (судьба еще нескольких десятков неизвестна); из 315 храмов, действовавших на начало 1937 года, осталось три. Аналогичная картина наблюдалась и в других областях. В Орловской области с 1 октября по 31 декабря 1937 года были осуждены «1667 церковников и сектантов, в том числе расстреляно 1130 человек, а к концу 1941 года всего осуждено по религиозным мотивам 1921 человек, из них 1209 к расстрелу… С октября по декабрь 1937 года в Орловской области практически все духовенство было ликвидировано». К началу войны в современных границах области остались две действующие церкви.
Очевидно, что исследователи пишут о легальной, «наземной» части РПЦ. Между тем результатом массового закрытия храмов стало «расширение сферы церковного подполья». На нелегальное положение были вынуждены перейти не только отрицавшие «сергианство», но и лояльные Московской патриархии священнослужители и верующие. Священник из Осинского района Пермской (с 1940 года — Молотовской) области В. Д. Мокрушин ввиду отсутствия в Пермской епархии в 1939 году правящего архиерея был вынужден для рукоположения в сан съездить в Москву. Однако служить ему пришлось недолго: война застала Мокрушина в должности санитара психиатрической больницы в Молотове. С 1940 года он окормлял небольшую группу верующих, собиравшихся в «домашней церкви» на квартире А. А. Бурдиной. Двадцать первого июля 1941 года Мокрушин был арестован. Двадцать восьмого ноября Молотовский облсуд по статьям 58–10, ч. 2 и 58–11 приговорил священника нелегальной церкви и четверых прихожан (среди них — трех женщин) к расстрелу. Среди прочего подсудимых обвиняли в том, что они «клеветали на условия жизни трудящихся», то есть вели разговоры на общие для подавляющего большинства населения СССР темы. Мокрушина расстреляли 21 мая 1942 года, остальным заменили смертную казнь на 10 лет лагерей. Впрочем, легальное положение и патриотические проповеди ни от чего не гарантировали. Так, 20 марта 1942 года по обвинению в антисоветской агитации был арестован священник Алексеевской часовни в поселке Пожва Молотовской области К. П. Кунахович. Более года спустя ОСО НКВД осудило его на пять лет лишения свободы в качестве «социально опасного элемента».
Наряду с арестами «подучетного элемента» после начала войны пересматривались ранее вынесенные или измененные приговоры с ужесточением наказания, если это было возможно.
Двадцать седьмого марта 1941 года судебной коллегией по уголовным делам Вологодского облсуда был приговорен к расстрелу Иван Штылик, который, по мнению суда, «систематически на протяжении 1939–40 г. среди окружающего его населения, используя религиозные убеждения, проводил контрреволюционную клеветническую агитацию пораженческого характера». Двадцать второго апреля 1941 года ВС РСФСР приговор изменил, заменив расстрел лишением свободы на 10 лет. Седьмого июля 1941 года это решение было обжаловано, а 13 августа первоначальный — расстрельный — приговор был оставлен в силе тем же Верховным судом РСФСР.
Служивший в церкви поселка Елатьма недалеко от Касимова Рязанской области священник Николай Анатольевич Правдолюбов был арестован 26 февраля 1941 года. Правдолюбов происходил из семьи потомственных священнослужителей. Он освободился после пятилетнего заключения в лагере в 1940 году. Его отец протоиерей Анатолий Авдеевич Правдолюбов и старший брат, преподаватель техникума Владимир, были расстреляны в 1937 году. Шансов на то, чтобы выжить или хотя бы остаться на свободе, тем более на прежнем месте жительства, у Николая Правдолюбова было немного. Однако он согласился, по просьбе прихожан, после смерти священника, служившего в елатьменской церкви, занять его место. Двадцать восьмого июня 1941 года Рязанский облсуд приговорил Н. А. Правдолюбова к расстрелу. Его обвинили в том, что в проповедях, произнесенных в церкви в период с декабря 1940‐го по февраль 1941 года, он «призывал верующих к борьбе с советской властью». Находясь в рязанской тюрьме, Николай Правдолюбов стал терять рассудок (очевидно, сказались методы ведения следствия и последствия отравления газами во время Первой мировой войны). Он кричал на всю тюрьму, обращаясь к жене Пелагее: «Поля, спаси меня от Сталина!» Тринадцатого августа 1941 года священника выволокли на тюремный двор и расстреляли.
Уже 24 июня 1941 года в Новосибирске начались аресты верующих — «истинно-православных христиан», «активных церковников», баптистов. Приговоры, вынесенные областным судом (всех судили за «антисоветскую агитацию»), были крайне жестокими: к расстрелу приговорили 13 из 24 проходивших по делу «истинно-православных христиан», 4 из 9 представших перед судом баптистов, троих пожилых прихожан единственной оставшейся в Новосибирске кладбищенской церкви. Методы ведения следствия ничем не отличались от 1937 года. Приговоренный к 10 годам лишения свободы по делу баптистов А. М. Зеронин в жалобе в ВС РСФСР писал: «Фактически моя вина в том, что я являюсь верующим в бога. Никогда в никаких к-р. организациях не состоял и никакой агитации не вел. Протокол допроса меня вымышлен лицом, проводившим расследование. Меня же заставили подписать протокол путем физического насилия. Меня так избили, что я оглох». Похоже, что его апелляция не пошла дальше местного управления НКВД.
Двадцать седьмого июня 1941 года был арестован возведенный в сан архиепископа в марте того же года Николай (Могилевский). В 1925–1927 и 1932–1937 годах он находился в заключении. Освободившись из лагеря, жил на покое в Егорьевске Московской области, затем в Киржаче Ивановской, время от времени наезжая в Москву. Был близок к Патриаршему местоблюстителю Сергию, исповедовал его и помогал в ведении дел Московской патриархии. Служил время от времени в московских храмах. Николая вывезли в Саратов; во время следствия он находился в тюрьме. Архиепископа обвиняли в том, что он, отбыв наказание, «возобновил антисоветскую деятельность». «Снабжал приезжавших епископов западных областей Украины, Белоруссии и прибалтийских республик антисоветской клеветнической информацией о положении религии в СССР с целью вызова недовольства среди верующих». В марте 1941 года на встрече с епископами, приезжавшими из западных областей УССР, заявил: «Большинство епископов в СССР находятся в ссылках… Советская власть усиливает свое давление на Церковь и верующих». Епископу Острожскому Симону (Ивановскому) Могилевский якобы говорил: «Вас на Западной Украине ждет то же, что пережили мы здесь. Будьте готовы к разгрому церкви и к террору над духовенством, к колхозным насилиям и к другим подобным прелестям».
