Наряду с общими социальными и экономическими реформами, новое руководство в первую очередь провело реформу МВД. Было принято решение поставить органы безопасности под контроль милиции.8 и 10 ноября Политбюро ЦК ПОРП утвердило план реорганизации, после чего был принят Закон «Об изменении организации основных административных органов в области общественной безопасности» от 13 ноября 1956 г. КОБ при СМ ПНР был расформирован, его подразделения были переданы в состав МВД, где именовались службой безопасности. Главой службы безопасности являлся Министр внутренних дел, на местах были введены должности заместителей комендантов территориальных комендатур гражданской милиции по СБ.
При этом были проведены некоторые структурные изменения. Был создан IA отдел (обеспечение нелегалов). VIII отдел был преобразован в отдельную секцию «В», общий секретариат — в общий отдел, создан новый VIII отдел (разведка с территории ПНР).
Штатная численность разведки с декабря 1956 года была опредена в 670 чел., в том числе 308 чел. в центральном аппарате, 300 — в негласном штате, 30 нелегалов и 32 слушателя школы. Приказом МВД № 64/Org. от 11 марта 1957 года задним числом (с 1 января) вводился штат № 01/22, согласно которому численность сотрудников в негласном штате сокращалась на 50 единиц.
C 1 июля 1958 года приказом МВД № 50/Org. от 3 июня 1958 вводился штат № 01/24. VII отделение было расформировано с передачей функций II отделу, который стал именоваться англосаксонским, X отдел был преобразован в отдельную секцию «К». При этом секции, входившие в состав отделов были преобразованы в команды (zespуły). Соответственно сместилась нумерация VIII, IX и XI отделов. Общая численность разведки уменьшилась до 574 чел, в том числе 305 чел. в центре, 210 в негласном штате и 29 слушателей школы.
4 января 1961 года начальник VI отдела подполковник Михал Голеневский присвоил крупную сумму в разных валютах и бежал в Западный Берлин с любовницей. С апреля 1958 года он анонимно посылал информацию в американское посольство в Швейцарии. Это был тяжелейший удар. Благодаря своему служебному положению он не только знал все об операциях польской научно-технической разведки, но и имел доступ к информации об агентуре ПГУ КГБ. Предательство Голеневского повлекло за собой аресты нелегала К. Молодого, Гарри Хаутона, Этель Джи, Мориса и Леонтины Коэнов и Джорджа Блейка. Что же касается возглавляемого им отделения, то оно было полностью скомпрометировано и руководство I Департамента было вынуждено полностью прекратить работу со всеми имеющимися источниками собственной научно-технической разведки.
История имела анекдотическое продолжение. После нескончаемых допросов в ЦРУ у него начала проявляться «идея фикс». Он заявил, что на самом деле под видом поляка Голеневского скрывается Алексей Николаевич Романов, сын и законный наследник Императора Николая II, тайно вывезенный Юровским в Варшаву. Свой молодой вид (Голеневский «по легенде» родился в 1922 году, то есть через четыре года после «инсценированного Юровским» расстрела царской семьи) он объяснил последствием гемофилии, от которой «чудесным образом» излечился в дальнейшем. Этой идеи Голеневский придерживался до самой смерти в 1993 году, требовал подтвердить по суду свои права на российский престол и даже однажды разоблачил такую же самозванную Великую Княжну Анастасию Николаевну. Впрочем, она его тоже разоблачила как самозванца…
Михал Голеневский
…и цесаревич Алексей
Кроме того, когда его информация из-за арестов утратила ценность он начал называть новые имена «коммунистических агентов», обвинив в шпионаже советника президента США по нацбезопасности Генри Киссинджера и директора британской МИ-5 Майкла Хэнли.
После бегства Голеневского был снят с должности начальник разведки полковник Витольд Сенкевич. Структура I Департамента была изменена и с 1 мая 1961 года приняла следующий вид:
Руководство (директор, заместители директора, парторганизация ПОРП)
I отдел (организационно-учебное)
II отдел (страны «третьего мира»)
III отдел (внешняя контрразведка)
IV отдел (США, Канада, Южная Америка, Великобритания)
V отдел (ФРГ, Австрия, страны Скандинавии)
VI отдел (Западная Европа)
VII отдел (научно-техническая разведка)
VIII отдел (эмиграция)
IX отдел (разведка с территории ПНР)
X отдел (оперативная техника)
XI отдел (информационно-аналитический)
I отдельная секция (шифровальная)
II отдельная секция (оперативный учет и архив)
III отдельная секция (фотография)
IV отдельная секция (кадры)
Оперативная группа «N» (по нейтральным странам)
Общий отдел
Школа
В течении 1961–1977 г. происходили незначительные изменения структуры:
В 1963 г. I отдельная секция была передана в Бюро «A», IV отдельная секция — в Департамент кадров и обучения, IX отдел и III отдельная секция расформированы. X и XI отделы сменили номера на IX и X соответственно, II отдельная секция — на I. К компетенции VIII отдела была также отнесена борьба с зарубежными центрами идеологических диверсий, группа «N» расформирована с передачей функций во II отдел.
В 1965 г. был расформирован II отдел;
В 1967 г. I отдельная секция была переименована в отдельную учетную спецсекцию.
В мае 1968 г. была создана Инспекция «I» (активные мероприятия) и Мобилизационная инспекция.
Приказом МВД № 0045/70 от мая 1970 г. был восстановлен II отдел (нелегальная разведка).
В 1972 г. была расформирована школа, вместо нее приказом директора Департамента № 0022/72 от 9 сентября 1972 г. был создан Институт подготовки разведывательных кадров, расположенный в Старых Кейкутах, близ Щитно;
В июне 1973 г. VII отдел был преобразован в VII Управление.
В 1973 г. были созданы филиалы Департамента в Катовицах и Познани;
Также до 1970 г. была создана Инспекция при руководстве Департамента.
В августе 1976 г. произошло еще одно предательство: на Запад бежал работавший в Мюнхене поручик Анджей Копчиньский, в результате чего структура Департамента вновь оказалась рассекречена. В связи с этим 1 декабря 1977 г. была проведена новая реорганизация. VII Управление было расформировано, на его базе создано 4 отдела, мобилизационная инспекция вошла в состав общего отдела, нумерация существующих отделов изменена и приняла вид:
