Румыния вернула себе потерянные в 1940 году Бессарабию и Буковину и сверх того получила Транснистрию, столицей которой и стала Одесса. Все местные ресурсы, ранее являвшиеся государственной собственностью СССР, раздавались румынским предпринимателям. Русский и украинский языки были запрещены, из учебных заведений и библиотек изымались и сжигались все книги на русском. В школы региона были направлены учителя румынского языка, которые прикреплялись к каждому классу. В отношении евреев и коммунистов проводилась политика геноцида. По неточным данным, только зимой 1941/42 года в отдельно взятой Транснистрии было казнено 250 тыс. человек. Для сравнения: за все годы «сталинских репрессий» на территории Молдавии (автономной и союзной республик) за антигосударственную деятельность было расстреляно порядка 5 тыс. человек.
19 июля 1941 года нарком Сазыкин был произведен в комиссары ГБ 3-го ранга и назначен начальником ОО НКВД Южного фронта. Цвигун Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 декабря 1942 года был награжден медалью «За оборону Одессы». После эвакуации в ноябре 1941 года он был направлен в Управление НКВД по Смоленской области, где западнее Вязьмы, по данным Алексея Исаева, «в окружение попали 37 дивизий, 9 танковых бригад, 31 артиллерийский полк РГК и управления 19-й, 20-й, 24-й и 32-й армий Западного и Резервного фронтов. Организационно эти войска подчинялись 22, 30, 19, 20, 24, 43, 31, 32-й и 49-й армий и оперативной группы Болдина. Под Брянском в окружении оказались 27 дивизий, 2 танковые бригады, 19 артиллерийских полков РГК и управления 50-й, 3-й и 13-й армий Брянского фронта. Всего было окружено семь управлений армий (из 15 всего на западном направлении), 64 дивизии (из 95), 11 танковых бригад (из 13) и 50 артиллерийских полков РГК (из 64). Эти соединения и части входили в состав 13 армий и одной оперативной группы. Попытки деблокирования окруженных хотя и были поначалу запланированы, в действительности не предпринимались ввиду нехватки сил. Поэтому все прорывы предпринимались лишь изнутри “котла”». Общие безвозвратные потери Западного и Резервного фронтов РККА, полевых строительств Западного управления ГУБОПР и других гражданских наркоматов составили более 1 миллиона человек. Со всей очевидностью обнажилась страшная реальность: дорога на Москву была открыта.
В этот критический момент войны, когда вокруг царят хаос и паника, особая задача ложится на плечи чекистов, которых засылают в тыл врага с целью организации партизанских действий – в том числе и Цвигуна. Увиденное и пережитое им он описал впоследствии в документальном романе «Мы вернемся», вышедшем в 1971 году. Бывший учитель, начальник Особого отдела дивизии майор Иван Петрович Млынский оказывается с небольшой группой солдат 315-го полка 41-й стрелковой дивизии на оккупированной немцами территории. Подбирая разрозненные группы красноармейцев из других частей, Млынский принимает на себя командование новым воинским формированием, одновременно воплощая в себе черты народного мстителя, гайдука – каким был, например, Григорий Иванович Котовский. В основе сюжета – незримая схватка между отрядом Млынского и немецкой разведкой. Штаб фронта устанавливает связь с отрядом и ставит перед ним задачу по уничтожению коммуникаций противника и сбору разведданных в тылу у немцев. Пройдя через трудные бои и суровые испытания, уходя от карателей, отряд особого назначения выходит из окружения, нанеся врагу ощутимый урон.
18 января 1942 года приказом НКВД № 00145 было создано 4-е Управление НКВД СССР, которое возглавил старший майор госбезопасности Павел Анатольевич Судоплатов. Оперуполномоченным этого управления в марте 1942 года становится младший лейтенант ГБ Семён Кузьмич Цвигун. 6 июня 1942 года по заданию Судоплатова он направляется в Краснодар для организации партизанских отрядов – в архиве Виолетты Ничковой сохранилось его командировочное удостоверение, подписанное Судоплатовым. В личном листке Цвигуна по учету кадров в пункте 26 записано: «По заданию НКГБ СССР сформировал п/отряд “Батька”, который действовал на территории Краснодарского края, сам участие за линией фронта – принимал». Батькой величали командира отряда Павла Елисеевича Кривоносова, а сам отряд больше известен под названием «Кубанцы».
Они вновь встретились в 1949 году в Сочи, о чем свидетельствуют фотографии и поздравительные письма, хранящиеся в личном архиве Цвигуна: «Дорогой соратник по партизанскому движению “Кубанцы”, мой родной С.К. Цвигун! Поздравляю твою семью и всех работников окружающих Вас с великим праздником 1 мая и днем Победы! Желаю всем успеха в работе и хорошего здоровья. У меня сохранились фото, где мы сняты с Вами Сочи 5.XII-49 года… Ваш “Батько”, 28.4.1972».
В 70-е годы Павел Елисеевич Кривоносов занимался патриотической работой и бывал в рабочем кабинете Цвигуна. Однажды он подарил Семёну Кузьмичу открытку со своей фотографией и надписью на обороте: «Цвигуну Семену Кузьмичу в знак боевой дружбы в годы борьбы с фашизмом от Кривоносова Павла Елисеевича “Батько”, 17.2.72».
А вот телеграмма от комиссара отряда «Кубанцы» И.Е. Винниченко, датированная 4 октября 1973 года: «Москва, Комитет Госбезопасности СССР, товарищу Цвигуну Семену Кузьмичу= Горяче поздравляю Вас дорогой Семен Кузьмич одного из организаторов партизанской борьбы на Кубани моего первого наставника этом сложном деле защиты Родины зпт днем 30-летия освобождения Краснодарского края от фашистских оккупантов желаю крепкого здоровья семейного счастья успехов благородном труде во имя любимой Родины Бывший коммисар партизанского отряда Кубанцы Винниченко=» (Сохранена оригинальная орфография. – А.В.).
С ноября 1942 года Семён Кузьмич участвует в Сталинградской битве в качестве заместителя начальника Особого отдела 387-й стрелковой дивизии 2-й гвардейской армии. Вскоре после того, как 19 апреля 1943 года было создано ГУКР «Смерш», его направляют начальником розыскного отделения в ОКР «Смерш» Южно-Уральского военного округа, где он действует под легендой инженера авиационного завода. С ноября 1944 года Цвигун является начальником ОКР «Смерш» по Тоцкому гарнизону.
«Он ходил в гражданском: стёганка, кирзовые сапоги, косоворотка, – вспоминала вдова Цвигуна – Роза Михайловна в своем интервью для документального фильма “Генерал Цвигун. Последний выстрел”, вышедшего в 2004 году на телеканале “Россия” (автор Виолетта Ничкова, режиссер Андрей Вернидуб). – И чемоданчик: небольшой чемоданчик, деревянный. А ночью, после выполнения задания, когда все спали, появляется в шинели и гимнастерке, извиняется: “Вы извините, что поздно – вот, не мог до утра дотерпеть, хотел сказать, кто я есть – та фамилия у меня была по работе, а моя фамилия – Цвигун Семён Кузьмич”».
В 1946 году они с супругой, которую Семён Кузьмич ласково называл своим «кристаллом», приезжают в освобожденную Молдавию, где Цвигун продолжает службу в МГБ Молдавской ССР. Бывший нарком Николай Степанович Сазыкин к этому времени стал заместителем Судоплатова по Отделу «С» МГБ СССР (атомная разведка), а с 1947 года – личным помощником Берии.
Новым наркомом, затем министром госбезопасности Молдавии был назначен Иосиф Лаврентьевич Мордовец, по национальности украинец. Он родился в крестьянской семье 17 апреля 1899 года в селе Недай-Вода Криворожского уезда. После окончания церковно-приходской школы в родном селе в 1912 году пошел работать на шахту: был коногоном, откатчиком, забойщиком на шахте № 4 Александровского рудника Екатеринославской губернии:
