Известно, что множество мемуаров посетивших Российскую империю иностранцев от Сигизмунда Герберштейна до маркиза Кюстина с его скандальной книгой «Россия, 1839 год» напирали на жестокость российских внутренних законов и брутальность системы российского политического сыска. Но при этом они удивлялись мизерному по европейским меркам количеству процессов по церковным мотивам. Так, хорват Юрай Крижанич в своих записках о путешествии в Россию поражался несоразмерности жестоких наказаний по политическим процессам и непонятной его католической душе терпимости к религиозным отклонениям от единой нормы. Крижанич вообще был потрясен небольшим количеством судебных приговоров со смертной казнью в их конце по сравнению с тем, что он видел в западноевропейских государствах. Правда, Крижанич посетил нашу страну еще в допетровскую эпоху при царе Алексее Михайловиче, но и при Петре картина в плане религиозных процессов изменилась незначительно, если не считать очередного наступления петровского сыска на русских раскольников. Удивление же Крижанича отсутствием репрессий на религиозной основе понятно: органов религиозного сыска в итоге в Российской империи так никогда и не появилось. При этом требовали от Петра введения настоящей русской инквизиции не только заезжие пропагандисты из католиков, но и отечественные фанатики из ревнителей строгой веры. Патриарх Иоаким еще молодому царю Петру написал перед смертью письмо, требуя введения в России смертной казни даже за попытку православному перейти в другую веру. Но при всей жестокости петровской власти это новшество в законы не попало, православной инквизиции у нас так и не случилось.
При этом необходимо отметить, что до Петра в российской истории стихийно организованный тайный сыск редко соприкасался с официальной православной церковью, если исключить трагическую эпоху раскола. С петровских времен российский политический сыск вступает в двухвековую, до самого краха романовской империи, сложную систему взаимоотношений с церковью. В нашей истории правители и до Петра могли силой сместить митрополита и назначить более послушного, как сделал князь Андрей Боголюбский, могли даже убить главу русской церкви, как поступил Иван Грозный с Филиппом Колычевым, или санкционировать огромный раскол в церкви на почве религиозных реформ, как отец Петра царь Алексей Михайлович. Но только Петр решил полностью подчинить русскую церковь своей абсолютной власти, загнать ее в машину своего государства, использовав для этого репрессивный аппарат своей власти, включая сыск в лице Преображенского приказа. Если даже не упоминать гонения со стороны политического розыска XVIII и XIX веков на католиков и униатов в украинско-белорусских областях империи, с официальной православной церковью отношения сыска резко изменились именно в годы петровского переустройства России.
Петр практически покончил в России с независимостью Русской православной церкви от государства, поставив ее под контроль своей власти и своего сыска в интересах государственной безопасности, из своих европейских вояжей он вывез тамошний протестантский закон: «Кто правит — тому и молись!» Чего стоит один царский приказ священникам открывать тайну исповеди, если речь идет о государственном преступлении, что будет стоить жизни царевичу Алексею и множеству менее именитых жертв петровского сыска, а будут еще и гонения на монашество, и запрет на открытие новых монастырей, и расстриженные и переданные для пыток в Преображенский приказ нелояльные петровским реформам священнослужители. Начавшаяся новая эпоха отношений тайного сыска с русской церковью стартовала еще с «утра стрелецкой казни» в 1698 году. Тогда пришедшего с иконой на Лобное место просить милости для осужденных патриарха Андриана преображенцы с оскорблениями прогнали, а сам рубивший здесь головы русский царь вслух обрушил на главу русской церкви просто шквал площадной брани. Увенчается все это в итоге отменой Петром самого института патриаршества на Руси и создания Священного синода, что ознаменовало окончательный переход церкви в государственную систему. Синодальная система доживет до самого 1917 года, но и с крушением империи Романовых в отношениях с политическим сыском в России для церкви улучшение не наступит.
Как и в истории с опричниной новое детище Петра в лице Преображенского приказа со временем возвысилось над другими органами власти в России, так происходило со всеми архаичными прообразами тайных полиций в Европе в те времена. От сыскного и следственного органа чувствовали себя зависимыми даже первые лица в государствах и фавориты царя, дипломаты, хозяйственники, военачальники, руководители не менее значимых в государстве министерств. Рецидив такой болезни излишнего возвышения тайного сыска и сейчас дает о себе знать во многих современных государствах. Когда Петр, увлеченный своими реформами и затяжной Северной войной со Швецией за выход России к Балтийскому морю, вдруг узнал о размахе коррупции среди самых обласканных им фаворитов и сподвижников, именно его Тайному приказу было поручено следствие.
Это дело 1713 года о злоупотреблениях при распределении государственных заказов было первым в России политическим процессом против представителей элиты не в связи с государственной изменой, а по обвинению в коррупции. По тогдашней традиции после следствия в приказе дело было передано для суда специально созданной для этого Петром коллегии во главе с фельдмаршалом Долгоруким. Поскольку все фигуранты по делу действительно были любимцами Петра Великого и имели на тот момент перед ним несомненные заслуги (Меншиков, Апраксин, Брюс, Кикин, Головкин и другие «птенцы гнезда Петрова», как назовет их впоследствии Пушкин), то все закончилось для них символическими приговорами и конфискацией неправедного дохода. Впоследствии некоторые более мелкие процессы по коррупции, начатые следствием Преображенского приказа, закончатся более серьезно для подследственных, по такому процессу за казнокрадство будет повешен первый сибирский губернатор князь Гагарин в 1718 году.
Помимо высокопоставленных коррупционеров, через застенки этой тайной полиции Петра прошли многие участники движения раскольников, сторонники опальной сестры царя Софьи, участники заговора стрельцов Федора Шакловитого, которого после допросов в приказе на плаху отвезли уже безумным. Самым же масштабным политическим процессом стало дело по разгрому «русской оппозиции» царю, недовольной резким европейским креном российской жизни и отходом от старорусских традиций. Это дело известно в истории как «процесс царевича Алексея».
После того как примкнувший к «русской партии» Кикина и Афанасьева наследник престола и сын Петра Алексей бежал от отца в Европу и укрылся у австрийского императора, он был выманен в Россию многоходовой и уникальной для того времени разведывательной операцией, речь о которой пойдет ниже. По прибытии беглого наследника в Россию в 1718 году Петр вероломно нарушил данное ему при уговорах о возвращении обещание полного прощения, заставив для сохранения собственной жизни назвать на следствии участников «русского заговора». Эти заговорщики между тем ни переворота, ни убийства Петра не замышляли, а лишь ждали его естественной смерти для приведения к власти союзного им по взглядам царевича Алексея. После варварских пыток бывший любимец царя Александр Кикин и его сторонники были четвертованы.
А затем Петр вторично нарушил свою клятву, передав Алексея палачам из своего Преображенского приказа для пыточного следствия, причем сам принимал участие в этих жестоких допросах, выбив из сына еще и признание об участии в заговоре его матери и бывшей жены Петра Евдокии Лопухиной. Новая группа сотрудников Преображенского приказа была направлена в Суздаль, ей руководил Скорняков-Писарев. После ее «розыска» бывшую жену Петра Евдокию, уже постриженную к тому времени в монахини, заточили в крепость под арест, а ее выявленных сторонников Глебова и ростовского епископа Досифея предали жестокой казни. Это именно на помогавшего тайной переписке опальной царицы со сторонниками ее любовника Глебова Петр потребовал перед посажением их на кол надеть теплую шубу для продления мучений казнимого. За суздальское дело Скорняков-Писарев получил повышение, а когда Петр Толстой возглавил Тайную канцелярию, стал его первым помощником. В результате своеобразных оперативно-следственных действий петровского сыска царевич Алексей даже не дождался оглашения смертного приговора, он скончался от пыток в Трубецком раскате Петропавловской крепости 26 июня 1718 года.
