Эта внешняя «веротерпимость» не помешала ему, однако, после взятия от Ивана Грозного Полоцка все многочисленные церкви этого древнерусского православного города передать иезуитам. И только после многочисленных протестов населения часть церквей была возвращена православным, что их несколько успокоило.
Второй религиозный конфликт при Стефане Батории был вызван введением Грегорианского календаря (нового стиля) в 1582 г.
Не предполагая, что это может вызвать осложнения, Баторий издал приказ о переходе на новый стиль не только в гражданской жизни, но и в церковной, всех вероисповеданий. Приказ этот вызвал негодование у всех православных, ибо он исходил от ненавистного им папы Римского Григория; они отказались ему подчиниться и продолжали отмечать праздники по старому стилю.
В конфликт вмешалась католическая церковь, что еще более озлобило православных. Львовский католический архиепископ Суликовский в Рождественский сочельник 1582 года со своими канониками и отрядами войска решил воспрепятствовать совершению богослужения православных по старому стилю. Он врывался в православные храмы, разгонял молящихся, выволакивал священников из алтарей и запечатывал церкви.
Эти дикие выходки высшего представителя католической церкви и его паствы вызвали такое возмущение православных, что во Львове началось настоящее восстание. Только благодаря вмешательству Львовского православного архиепископа Балабана удалось предотвратить кровопролитие.
По просьбе Балабана король Баторий отменил свой приказ об обязательном переходе православной церкви на новый стиль и этим приобрел большую популярность у всего православного населения Речи Посполитой.
Баторий, как дальновидный политик и опытный полководец, обратил свое особое внимание на казачество и провел его организацию.
Всех казаков тогда насчитывалось около 20 000, не считая запорожцев, число которых в то время колебалось от 4 000 до 6 000. Баторий разделил их на полки, а полки на сотни. Во главе казаков стоял гетман, избираемый всеми казаками. Король имел право утвердить или не утвердить избранного гетмана, и в последнем случае назначить новые выборы. Полковников, сотников и полковую и сотенную администрацию (есаулов, судей, обозных) выбирали казаки соответствующего полка или сотни, а утверждал гетман.
Полки и сотни были не только чисто военными подразделениями, но и административными единицами. Полковая и сотенная администрация осуществляла свою власть над всеми казаками (и их семьями) на территории своего полка и сотни, не распространяя ее, однако, на неказачье население полка или сотни: крестьян, мещан и шляхту.
Из всего казачества было отобрано 6 000, получивших особые привилегии: освобождение от налогов, свободное владение землей, которую занимали в момент регистрации (иногда крупные площади), а также бесплатно от государства коня, ружье, копье и ежегодно по одному дукату и по одному кожуху (шубе).
Эти 6 000 казаков были внесены в особый список — «реестр», откуда и пошло название «реестровых» казаков. В реестр попали, главным образом, состоятельные казаки, среди них немало так называемых «шляхетных» то есть происходивших из православной шляхты. Многие реестровые казаки владели и земельными угодьями, на которых работали беднейшие казаки, а также «подсуседки», «коморники» и другие неимущие классы населения. Для экономического усиления реестровых казаков правительство нередко давало им в собственность землю или смотрело сквозь пальцы на самовольные захваты земельных угодий казаками и их верхушкой — казачьей старшиной.
Создавая зажиточное реестровое казачество, Речь Посполитая вносила классовое разделение в казачество, которое она хотела использовать не только как военную силу, но и как силу полицейскую «для обуздания своеволий посполитых», простонародья, как говорили поляки.
Не вошедших в «реестр» казаков правительство намеревалось постепенно слить с крестьянством и превратить в крепостных.
Попытки осуществить эти намерения привели вскоре к обратным результатам — восстаниям всего населения Украины против Польши. Причем руководящую роль в этих восстаниях сыграло именно казачество.
Характерно при этом, что в восстаниях приняло участие подавляющее большинство реестровых казаков, несмотря на свои привилегии и на то, что социальная программа восстаний — равенство и уничтожение привилегий — шли вразрез с их узкоклассовыми интересами. В данном случае не «бытие определяло сознание», а национально-религиозное самосознание одержало верх над интересами бытия.
Но, несмотря на организационное оформление и ряд привилегий, казачество не стало послушной правительству Речи Послолитой силой, а продолжало вести «свою» политику. Так, непосредственно за утверждением королем в звании гетмана Богдан Ружинский предпринял ряд успешных набегов на Крым, освободил множество пленных невольников и сам погиб в бою во время последнего набега. В это время Речь Посполитая находилась в состоянии мира и с Турцией, и с Крымом, которые настойчиво требовали от Польши не только прекращения казацких набегов, но и наказания виновных. Баторий отдавал строгие приказы, но казаки не обращали на них никакого внимания и продолжали свою борьбу с татарами и турками. Баторий вынужден был сообщить Турции, что казаки находятся вне пределов его власти, поделать с ними он ничего не может и ответственность за действия казаков Речь Посполитая не несет. После гибели Ружинского казаки выбрали себе гетманом Шаха, которого Баторий и утвердил в должности.
Шах продолжал военные действия против татар и турок, имея своим помощником Ивана Подкову, брата молдавского Господаря. Подковой его прозвали казаки за необычайную силу: по преданию, он двумя пальцами ломал подкову.
Когда умер брат Подковы — молдавский Господарь, то казаки решили поддержать притязание Подковы на молдавский престол и с большими силами вторглись в Молдавию, которая находилась в вассальной зависимости от Турции.
Вторжение это вызвало совместное выступление Польши и Турции против войска Подковы. Видя превосходство неприятеля, Подкова решил отступить и вернуться с казаками на Украину. По дороге он был обманом задержан во Львове, брошен в тюрьму, и по приказу Батория ему была публично отрублена голова на рынке во Львове.
Гетману же Шаху король выразил свое неудовольствие, потребовал от казаков, угрожая репрессиями, его смещения и сам назначил казакам гетманом польского шляхтича Самуила Зборовского.
Гетман Шах, не желая навлекать на казачество репрессии, сам отрекся от гетманства и удалился в монастырь, где и закончил свои дни. Но не пришлось гетманствовать и Зборовскому: казаки отказались его принять, вернули его королю, а сами выбрали себе гетманом полковника Демьяна Скалозуба, который, не считаясь с королем, продолжал борьбу с татарами и турками, что вынудило Батория еще раз сообщить Турции, что казаки действуют не только без его согласия, но вопреки его запрещению.
Так, как только было сорганизовано, казачество начало сразу же проявлять свою собственную волю, и план Батория сделать его послушным орудием политики правительства Речи Посполитой не удался.
