По уставу, настоятель монастыря в XVI—XVII вв., как и раньше, в XIV и XV столетиях, избирался братией и утверждался епархиальным архиереем в так называемых ставропигиальных (подчинённых непосредственно Патриарху. — К. К.) монастырях, находившихся в юрисдикции патриарха, выбор настоятеля подлежал патриаршему утверждению. При выборе учитывались не только личные заслуги кандидата, строгость его жизни, образование, но и другие обстоятельства: боярское происхождение, способность к управлению имениями. Сохранилось несколько интересных документов, из которых видно, что, выбирая нового настоятеля, братия заключала с ним нечто вроде договора, или, лучше сказать, братия предъявляла ему свой «приговор», который он должен был подписать и впоследствии следовать ему. Часто настоятель был выходцем из другого монастыря. Во 2-й половине XVI и в XVII в. выборы настоятеля братией стали редкостью, обычай этот сохранился лишь в дальних или маленьких обителях. В больших и богатых, а также во всех московских монастырях настоятели назначались по указанию и по воле царя или патриарха. Такого рода вмешательство светской власти во внутреннюю жизнь монастырей случалось и раньше, во времена великого князя Василия III (1505—1533), но особенно укоренилась эта практика при царях Иване IV (1547—1584) и Алексее (1645—1676). Стоглав (глава 86) говорит об этом так: настоятель назначается митрополитом или епархиальным архиереем по прошению братии, с согласия царя. Из множества житий видно, как часто основатели монастырей назначались митрополитом, а впоследствии патриархом.
Хотя упомянутые выше уставы указывают монастырской братии на необходимость послушания воле игумена, в то же время они определённым образом ограничивают власть и инициативу настоятеля; ограничивается эта власть собором монастырских старцев — советом наиболее опытных пожилых монахов, обычно из 12 человек. В уставе Евфросина этот собор вовсе не упоминается, напротив, в уставе прп. Иосифа собору монастырских старцев отводится важная роль в управлении обителью (главы 13 и 14). Из этих глав видно, что институт соборных старцев действовал параллельно с волей и властью игумена. Строго говоря, собор пока не ограничивал власть настоятеля, но в вопросах монастырской дисциплины имел почти такие же права, как и настоятель, ибо прп. Иосиф предоставляет собору право наказывать братий за нарушения устава и вообще осуществлять надзор за его соблюдением. Эта «конституционная» черта ещё резче выразилась в уставе прп. Герасима Болдинского; как уже сказано, по этому уставу соборные старцы могли делать замечания и выговоры настоятелю. О праве соборных старцев указывать настоятелю на его ошибки говорится и в уставе архиепископа Макария, составленном для Свято-Духовского монастыря. Повиновение монаха настоятелю — это нечто совсем иное, чем безусловное послушание инока своему старцу. Может быть, это и было причиной того, что в XVI—XVII вв. старчество не нашло широкого распространения (особенно в киновийных монастырях).
Уравнение в правах настоятеля и соборных старцев несло в себе зародыш раздоров. Мы знаем немало примеров, когда игумен, пытавшийся бороться с нарушениями аскетических требований монастырского устава, терпел поражение, натолкнувшись на сопротивление братии, не желавшей следовать указаниям игумена и отказываться от своих противоречащих уставу привычек. Старец Паисий Ярославов, несколько лет управлявший Троице-Сергиевым монастырём (1479—1482), был вынужден сложить с себя сан настоятеля и возвратиться в белозерские леса. Старец Артемий смог управлять этим монастырём лишь полгода (1551), а затем из-за непослушания монахов сложил с себя настоятельский сан. Прп. Иосиф тоже вынужден был ссориться с братией. Митрополит Даниил (1522—1539) в пору своего настоятельства в Иосифовом монастыре, через несколько лет после кончины Иосифа, тоже испытывал трудности в отношениях с братией и даже составил особое сочинение, в котором объяснял братии основы общежития и оправдывал свои распоряжения. О непослушании братии упоминают почти все сочинения, в которых речь идёт о негативных явлениях в монастырской жизни XVII в. Замена выборов настоятеля его назначением, что стало обычным делом в XVII столетии, разумеется, упрочила его положение внутри монастыря, отчасти и за счёт соборных старцев.
В соборе монастырских старцев, обычно состоявшем из 12 человек, участвовали не только старейшие иноки монастыря, но и те монахи, которые несли определённые послушания по управлению монастырём. В первую очередь это был келарь. Его положение в монастыре было особенно ответственным и высоким, в его руках находились все дела, связанные с внутренним монастырским хозяйством, а если у монастыря были земельные владения, то и общий надзор за ними. В связи с таким надзором у келаря (уже с конца XV в.) была судебная власть над монастырскими людьми и монастырскими крестьянами, которую он осуществлял либо сам, либо через своих представителей. В митрополичьей уставной грамоте (около 1500 г.) келарь упоминается сразу вслед за игуменом. Документы Троице-Сергиева монастыря, относящиеся к 1495—1505 гг., говорят о том, что келарю вверено было управление монастырскими имениями, он занимался также приобретением новых имений, обменом и продажей старых. На документах Троице-Сергиева монастыря, касающихся управления или хозяйственных дел, в XVI в. ставилась даже особая келарская печать. Во 2-й половине XVII в. келарь Троице-Сергиева монастыря был одновременно дьяком Монастырского приказа. В больших монастырях всегда была должность келаря. В уставе прп. Иосифа келья келаря указывается в качестве места для проведения совещаний по самым важным делам. В царском указе суздальскому Спасо-Евфимиеву монастырю (1640) очень подробно перечисляются все обязанности келаря: управление внутренним хозяйством и монастырскими владениями, хранение монастырской казны, выдача и приём денег, надзор над своевременным поступлением оброка и исполнением всех повинностей монастырскими крестьянами, надзор над ведением монастырских расчётных книг, судебная власть над монастырскими людьми и монастырскими крестьянами, представительство монастыря в государевых приказах и присутственных местах и т. д.
Во 2-й половине XVI и особенно в XVII в. широко распространена была приписка малых и бедных обителей к большим и богатым монастырям — так называемые приписные монастыри; делалось это малыми обителями для улучшения своего хозяйственного положения и для того, чтобы стать под покровительство влиятельного монастыря, который стремился распространить свои привилегии и на приписанные к нему монастыри. Келарь главного монастыря был лицом, которому принадлежала административная и судебная власть в приписных монастырях, более того, к нему от настоятелей приписных монастырей переходило и право духовного суда.
Собственно ведение монастырского хозяйства — погреб, амбары, кухня, конюшни, скотный двор — возлагалось на эконома, или ключника, он был ближайшим помощником келаря, которому и подчинялся. Это был пожилой, маститый монах, который избирался братией для этого послушания на определённый срок; вероятно, он тоже входил в число соборных старцев. Ему в свою очередь подчинялись монахи, отвечавшие за разные отрасли монастырского хозяйства: подключник, ведавший погребами и складами, хлебник, трапезник, конюший, ризничий, часто вместе с подризничим и т. д. Для управления монастырскими владениями у келаря тоже был целый штат помощников: подкеларник, посельские старцы, или приказчики. В больших монастырях число монахов, находившихся на определённых службах, было достаточно велико. Например, в XVII в. в Солотчинском монастыре (Рязанский уезд) их было не менее 46, в Савво-Сторожевском монастыре — 51, часть из них выполняла разные послушания, в том числе и связанные с богослужением.