В 1492 году Саввин монастырь, где основателя уже почитали как святого, перешёл под непосредственное управление великого князя — Ивана III.
Наиболее значительные события развернулись в середине XVI столетия, когда о преподобном Савве Сторожевском вдруг вспомнили, для того чтобы провозгласить его в числе новых русских святых. В 1547 году его канонизировали на Первом соборе при митрополите Макарии. Впервые появился день его всеобщего почитания — 3 (16) декабря, единственная точно известная дата его жизни — день кончины. Именно тогда и напишет Житие Маркелл Безбородый. Ему поручил это сделать митрополит Макарий, а того попросили старцы Саввиной обители.
Известно, что к этому времени с южной стороны Рождественского собора уже появилась пристройка — придел во имя преподобного Саввы Сторожевского. Он выглядел как небольшая одноглавая церковь. В память об учителе преподобного в монастыре возводится каменная надвратная церковь во имя Сергия Радонежского, а также трапезная палата.
По случаю канонизации, в сентябре 1548 года в обитель неожиданно направляется сам царь — Иван Васильевич Грозный с супругой — Анастасией Романовной. Со времён Юрия Звенигородского здесь, видимо, ещё не видели правителя Руси. Встреча с иноками немного смутила государя. В истории осталось его мнение о запустении в монастыре, «слабом житии иноков». После праздничного пира он увидел некоторую праздность монашествующих и отметил: «А на Сторожах до чего дожили? Уже и затворити монастыря некому!»
Однако времена менялись. Самые трудные дни монастырь в древнем Звенигороде переживал в так называемое Смутное время, в начале XVII века, когда не было праведного царствия на Руси, пресеклась династия Рюриковичей, когда в страну вторглись польско-литовские захватчики и посадили на престол самозванцев. И до того, как гражданин Кузьма Минин с князем Дмитрием Пожарским собрали ополчение и освободили Москву с близлежащими городами, монастырская братия повидала почти полное разорение и разграбление, а также беспощадные бедствия от лютых пожаров.
До нас дошло уникальное свидетельство о том, каким уважением тогда на Руси пользовалась обитель преподобного Саввы. Оказывается, самозваному царю из Польши и его супруге Марине Мнишек было просто необходимо приехать в Саввино-Сторожевскую обитель, без чего русские и вовсе не признавали их за монархов. В сентябре 1608 года Лжедмитрий II собственноручно писал, что необходимо отправить жену «для поклонения святому в монастыре Звенигородском, дабы в Москве могло возрасти к нам великое уважение».
С особой неприязнью польские солдаты относились к православному духовенству, стремились захватить «богатства» из церковных хранилищ. Однако известно, что в этот период среди монахов монастыря почти никто не погиб. Во всяком случае, в документах нет сведений о трагической кончине кого-нибудь из иноков обители во времена смуты.
В Звенигородском крае до пришествия лютых грабителей — обоих Лжедмитриев и королевича Владислава — известно было несколько монастырей, часть из них, как предполагается, была задумана и, быть может, заложена ещё князем Юрием Дмитриевичем — сыном Дмитрия Донского, а значит, возможно, и по благословению старца Саввы. Но только одна Сторожевская обитель, находящаяся под покровительством святителя, не погибла, не была сожжена дотла и ожила во времена возрождения монархии и появления новой царской династии Романовых.
Именно в это время, в течение почти полувека, преподобный Савва Сторожевский уже почитался как святой, и с каждым годом множество паломников стремились к обители чудотворца и целителя.
Кардинальные перемены в жизни монастыря произошли при царе Алексее Михайловиче. Обитель стала называться «собственным государевым богомольем» и превратилась в уникальный храм-дворец богомольного правителя Руси. Именно он начал грандиозное строительство стен и башен, новых зданий. Этот облик монастыря, собственно, и дошёл до наших дней. И если его величие поражает наших современников, то можно себе представить, какое впечатление он производил на гостей XVII века. Одним из них стал патриарх Антиохийский Макарий III, сын которого, писатель Павел Аллепский, оставил уникальный документ. Он запечатлел все события чуть ли не по часам. Отсылаем читателя в раздел «Дополнительные материалы», дабы ознакомиться с отрывком из этого неповторимого по колориту сочинения.
Алексей Михайлович построил крепостные стены в 2 с лишним метра толщиной, а высотой до 8,5 метра. Всё строительство происходило в 1650—1654 годах, перед самой войной с Польшей, когда сюда были привезены часы из возвращённого Руси Смоленска. Шесть из семи мощных башен до сих пор окружают обитель. Здесь располагался стрелецкий гарнизон, который позднее переберётся в Саввинскую слободу (Стрелецкую слободу). От 100 до 300 стрельцов постоянно охраняли монастырь и царские покои. Сам же Алексей Михайлович ездил сюда не просто на службу, а жил здесь, устраивал обитель и даже, по воспоминаниям современников, руководил монашеской братией словно игумен. Панорама монастыря раскрывает царский замысел. С одной стороны он поставил собственный дворец. С другой — Царицыны палаты. Он создавал для себя новый дом, миниград, но не светский, а духовный, вокруг вновь тогда обретённых мощей преподобного старца (что произошло в 1652 году, 19 января — теперь это один из важнейших монастырских праздников).
Именно при Алексее Михайловиче в XVII веке строятся здесь новые храмы, а их стены покрываются уникальными росписями. Они были выполнены царскими иконописцами, руководили ими Степан Григорьевич Рязанец и Яков Тихонович Рудаков (Казанец). Росписи «Рязанца и Казанца» были удивительны для современников, считались образцовыми. Гордостью зодчих стала трапезная (1652—1654). Это было чудо строительной техники того времени. Её третий этаж занимала палата, площадь которой была почти аналогична Грановитой палате Московского Кремля, то есть почти 500 квадратных метров. При Алексее Михайловиче появился и знаменитый 35-тонный колокол (настоящее чудо и отчасти рекорд!), ставший символом Звенигорода. Говорят, что низкий гул и звон его был слышен даже в Московском Кремле. Трудно нынче подтвердить эту легенду, ведь достижение мастеров-литейщиков было утрачено в ? XX веке...
В строительстве крепостных стен приняло участие свыше тысячи человек, которые расселились в округе на весь период работ. Это были суздальские и дмитровские каменщики, работники Дмитрова, Мячкова, Костромы, Владимира, Арзамаса, Можайска, Галича и самого же Звенигорода. Стало известно имя зодчего укреплений — Иван Шарутин, из известного тогда рода «каменных дел мастеров», именно из этой фамилии мастер Трефил вместе с товарищем, которого звали Огурцов, будет строить Теремной дворец Московского Кремля.
Благодаря Алексею Михайловичу Саввино-Сторожевский монастырь получил статус лавры. Первым и до конца XVII века — единственным в России! Только в 1688 году статус лавры приобретёт Киево-Печерский монастырь, а в 1744 году — лаврой назовётся Троицкая обитель, основанная Сергием Радонежским.
Известно, что в московских кремлёвских палатах Алексей Михайлович окружал себя многочисленными иконами. Среди них насчитывалось 194 иконы (!) с ликами преподобного Саввы Сторожевского.
