Игумен Дионисий II (1490 год), муж благочестивой жизни, был оклеветан пред великим князем Иоанном III некоторыми из братий. Иоанн, поверив клевете, велел игумену явиться к себе на суд. Когда возвестили Дионисию, он впал в глубокую печаль и просил заступления у преподобнаго Саввы, который в следующую ночь явился ему и роптавшим братиям. Игумена он утвердил в дерзновении и велел безбоязненно предстать к великому князю; а братиям сказал: «Для того ли вы оставили мир, чтобы с ропотом проходить подвиг иночества? Вы ропщете, а игумен о вас со слезами молится и бодрствует. Что же одолеет: ваш ли ропот или его молитва? Знайте, что в сердцах ропотливых не почиет смирение и оправдание Божие». Братия, восстав от сна, пересказывали виденное и когда явились к Иоанну, не могли ничего доказать и были пристыжены. Дионисий же с честию возвратился в монастырь.
Некий Иуда, одержимый духом злым, приведён был в обитель преподобнаго. Во время совершаемаго о нём молебствия он вскричал: «Люте мне, сгораю!» — и тотчас выздоровел. Когда спрашивали его, какая причина тому, что он вскрикнул, он отвечал: «Увидел я на гробе преподобнаго Саввы стоящаго благолепнаго старца. В его руке был крест, которым он осенял меня. От креста вышел огонь, котораго пламя опалило меня всего. Поэтому я вскричал, и прогнан от меня дух злый тем огнём». Это было, догадываться можно, при игумене Каллисте (1505 год).
Инок Саввинскаго монастыря долго был болен глазами, так что совсем не мог смотреть на свет. Однажды приступил он ко гробу святаго, припал со слезами, прося исцеления, и отёр глаза свои покровом, бывшим на гробе. Один из братий, смотря на это, стал издеваться над больным, говоря: «Исцеления не получишь, а только песком глаза свои ещё больше напорошишь». Но прикоснувшийся ко гробу с верою, получил исцеление болящим глазам своим, а ругатель поражён был внезапно слепотою и слышал голос, говорящий ему: «Ты обрёл чего искал, чтобы чрез тебя и другие вразумились не смеяться и не хулить чудес, бывающих от Божия угодника». Тогда ослеплённый со страхом великим и рыданием пал у гроба Саввы преподобнаго, просил и получил прощение, но не скоро, а после многих молитв, слёз и покаяния.
Тати прокрались ночью в монастырь преподобнаго в намерении обокрасть церковь Рождества Богоматери и когда устремились к окну, которое над гробом преподобнаго, то представилась им как бы гора великая, на которую взойти им невозможно. Такой напал на них страх и трепет, что они ушли ни с чем. Есть известие, что впоследствии они омыли грех свой слезами покаяния.
Прибыл в обитель боярин Иоанн Иртищев. С ним был сын его, больной, котораго принесли на одре. От великой болезни он уже не мог и говорить. Иноки, сотворив о нём молебное пение, влили монастырскаго квасу в уста больного; больной тотчас проглаголал, освободился от недуга, вкусил хлеба от монастырской трапезы и выздоровел. Родитель его, чрезвычайно обрадованный, усердно благодарил Бога и взывал к его угоднику: «О преподобие отче! Имею в дому моём рабов и рабынь, одержимых различными недугами; верую, что если восхощешь, можешь и тех исцелить». Испросив у игумена монастырскаго квасу, он возвратился в дом свой с здравым сыном и приказал привести к себе одну из служанок, Ирину, глухую и слепую; влил ей кваса монастырскаго в уши и помазал им глаза ея. Ирине тотчас возвратился слух и зрение; все в ужасе дивились величию Божию. Призвал он также служителя Артемия, который семь лет одержим был глухотою; и этому влил в уши того же кваса, и этот исцелился. Привели слепую девицу Киликию; от помазания квасом прозрела и Киликия. Не квас сам по себе такия чудеса творил, замечает св. Димитрий Ростовский, а благословение и молитвы преподобнаго и великая вера боярина Иоанна. Чрез некоторое время и сам боярин Иоанн заболел; то же лекарство и его исцелило.
Игумен Саввинскаго монастыря Мисаил (около 1540 года) впал в тяжкую болезнь, потерял надежду на выздоровление и был действительно близ смерти. Однажды пономарь монастырский Гурий шёл благовестить к утрени и, проходя мимо церковных дверей, встретил благолепнаго старца, который спросил его: «Как здравствует игумен ваш?» Гурий рассказал ему о болезни настоятеля. Благолепный старец повелел ему: «Иди и скажи ему, да призовёт на помощь Пресвятую Богородицу и начальника места сего, старца Савву и получит здравие. Ты же, брате, отвори мне двери церковныя, чтобы мне войти в церковь». Гурий усомнился отворить двери прежде благовеста, но не дерзнул вопросить старца, кто он и откуда. Явившийся старец, не говоря ничего более, подошёл к дверям церковным, которые сами собою отворились, старец вошёл в храм. Гурий со страхом возвратился в келью к своему товарищу и упрекал его, говоря: «Почто не запер с вечера дверей церковных, вот я видел незнакомаго человека, который вошёл отверстыми вратами в церковь». Товарищ с клятвой уверял, что запер крепко двери с вечера. Зажгли свечи, пошли к церкви, двери тщательно затворены и заперты, как товарищ Гурия затворил и запер с вечера. После утрени Гурий поведал всем виденное им и слышанное, и все говорили, что явившийся старец был преподобный Савва. Игумен, услышав об этом, велел нести себя ко гробу преподобнаго и, помолившись прилежно о своём исцелении Пресвятой Богородице и преподобному Савве, получил здравие.
Игумен Афанасий (1542—1550 годы) был муж благочестивый и крепко верующий. «Приспела память преподобнаго отца нашего Саввы, — говорит Маркелл, жизнеописатель преподобнаго, — келарь Геронтий взял благословение у игумена и пошёл сказать, чтобы готовили такую-то пищу для братии в день памяти преподобнаго. Когда принесли большой сосуд с маслом, вдруг с потолка свалился деревянный брус прямо на сосуд и сосуд разбился. Келарь тотчас поведал о сём игумену Афанасию. Игумен вопросил его, нет ли в монастыре ещё масла в других сосудах. Масло есть, отвечал келарь, но его слишком мало и никак не станет на пищу. Тогда игумен сказал ему: “Во всём этом, брате, нужно возлагать нам упование на Господа Бога и Его угодника, великаго, преподобнаго Савву, ибо он может и малое умножить. Ты пока вели готовить пищу, и что Бог даст, то и предложим братии на трапезе”. Келарь пошёл и велел готовить. Пищу приготовили, и на всякую снедь не только достало масла, но даже и оно оказалось в избытке, по молитвам преподобнаго Саввы чудотворца».
В другом рассказе повествуется о том же Афанасии, что однажды в великий пост предложил ему один князь (вероятно, Фёдор Дмитриевич Звенигородский, современный Афанасию) вкусить свежей рыбы. Афанасий уклонился к чревоугодию и вкусил рыбы. Тотчас же отнялись у него рука, нога и язык. Когда привели его ко гробу преподобнаго Саввы, он со многими слезами просил святаго простить ему грех. Милосердный Бог, ради своего угодника, даровал здравие игумену, уста его отверзлись, рука и нога утвердились. Прославив Бога и его угодника, Афанасий дал обет впредь никогда не нарушать поста. Во время сего игумена много совершалось чудес при гробе преподобнаго Саввы; и вероятно, сам описатель их Маркелл был свидетелем некоторых из них, ибо он при Афанасии был в обители преподобнаго Саввы, и здесь писал его житие, и составлял ему службу. Маркелл говорит, что и келарь Терентий исцелился однажды по молитвам преподобнаго от глазной болезни.
Чудодейственная целительная сила, истекавшая от гроба преподобнаго, его благотворный явления довольно рано убедили священноначалие церковное в том, что игумен Савва «божественнаго света светило незаходимое, чудес лучами всех просвещающее». Есть известие, что при игумене Каллисте (1505 год) у гроба преподобнаго служили молебны. В рукописи Троицкой лавры, писанной между 1534 и 1547 годами, значится, что третьяго декабря совершалась память преподобнаго Саввы. «В той же день, — сказано там, — Саввы Сторожевскаго: славословие». — В одной грамоте 1539 года Савва назван чудотворцем. В половине XVI века, по поручению Всероссийскаго митрополита Макария, инок Маркелл написал житие и службу преподобнаго Саввы. В этом жизнеописании преподобнаго Саввы и службе на день его памяти Маркелл употребляет выражения: святая рука, честные мощи, и упоминает о покрове: «иже есть на гробе святаго».